日本神道研究又是一个迅速聚集学者们关注的研究领域，这大概是出于探寻“日本精神”基因的需要，某种程度上反映出“殷鉴论”的研究意识。范景式《神道文化与思想研究》（内蒙古人民出版社2002年）旨在以中国研究者的立场、观点和方法，探求神道文化与思想，是有关神道思想文化的综合性专史。该书探讨了神道的起源和历史上诸多重要流派及其与中国儒、佛、道各家融合的思想轨迹。

牛建科《复古神道哲学思想研究》（齐鲁书社2003年）是新世纪近世神道专题研究的开篇专著，通过对复古神道思想代表人物传承脉络的梳理，指出了复古神道思想排斥外来思想文化的狭隘民族主义等性质，以及对近代思想文化所产生的负面影响。王维先《日本垂加神道哲学思想研究》（山东人民出版社2004年）是对“儒神融合”神道的专题研究，作者认为垂加神道借助朱子学与神道思想的结合，婉转论证了天皇统治的合理性，从而把垂加神道定性为“政治哲学”。蒋春红《日本近世国学思想——以本居宣长研究为中心》（学苑出版社2008年）重在分析国学形成的社会土壤和对后世的影响，分别探讨了作为国学思想基础的“中国文化否定论”和“日本文化优越论”思想及其影响。刘琳琳《日本江户时代庶民伊势信仰研究》（世界知识出版社2009年）认为在天皇政治赋闲时代伊势信仰依然在日本社会中占有重要地位，是因为崇拜天照大神的意识与尊王思想之间存在着难以割断的联系，这种联系又对武士政权的走向以及日本现代化道路产生了巨大影响。可见，学者们不约而同地发现了神道被错用后产生的的严重的历史后果。

王金林《日本神道研究》（上海辞书出版社2007年）是从史学角度对神道及其相关思想文化进行理论研究的通史性著作。作者在全方位梳理神道发展脉络的同时，提出了诸多新观点，对学界多有启发。比如认为复古神道到幕末时期出现了从静态转向动态的趋势，这就为了解近代以来的国家神道提供了一条明晰的线索。王金林《日本天皇制及其精神结构》（天津人民出版社2001年）可视为从精神层面研究天皇制的通史，所论多有建树，也可作为深度了解日本神道的重要辅助参考。王守华、王蓉著《神道与中日文化交流》（河北人民出版社2010年）探讨了从神道起源到战后神道的变迁，所论内容涉及神话世界、神道祭祀、神道哲学以至于神道与环境保护等诸多层面。结束语虽题为“以史为鉴后事之师——关于靖国神社问题”，但却反映了期待“中日两国人民世世代代友好下去”的诉求。

上述著作之外，有关神道研究的论文集已出版三部，其中两部书名相同，王宝平主编《神道与日本文化》（北京图书馆出版社2003年）、崔世广主编《神道与日本文化》（中国社会科学出版社2012年），另一部是刘岳兵主编《日本的宗教与历史思想——以神道为中心》（天津人民出版社2015年）。

与神道研究相比，佛教研究稍显寂寞，但杨曾文《日本佛教史》新版（人民出版社2008年，初版为浙江人民出版社1995年）洋洋55万字，作为日本佛教通史，介绍了佛教在日本初传、盛行和发展的全过程，并把论述日本民族佛教格局的基本形成作为重点，是国内填补空白的经典之作。鉴于该书近现代部分较为薄弱，杨增文、张大柘、高洪著《日本近现代佛教史》（昆仑出版社2011年）对佛教在明治、大正、昭和、战后各个重要时期所产生的社会影响做了较为充分的展开，并探讨了诸如“废佛毁释”、佛教与政治文化关系等重大问题。两部著作奠定了中国日本佛教史研究的基础。张大柘《宗教体制与日本的近现代化》（宗教文化出版社2006年）对日本战败前后两个不同时期政治背景下的日本宗教体制的形成与实施情况进行了考察，并以神道、佛教和各新兴宗教为重点，揭示了日本宗教特点及其未来发展趋势，是国内对日本宗教体制研究的开拓之作。