由吕万和开创的该项研究到新世纪逐渐形成规模。赵德宇《西学东渐与中日两国的对应——中日西学比较研究》（世界知识出版社2001年）以西学东渐为线索，在相互对比观照中论述了中日两国对西洋态度异同及其对各自历史所产生的损益，并认为这是两国近代走上不同道路的重要原因之一。于桂芬《西风东渐——中日摄取西方文化的比较研究》（商务印书馆2001年）涉及16世纪中叶至战后长达四个多世纪的历史，作者立意明确，即：从中日两国摄取西方文化的异同比较入手，探寻两国现代化进程迥异的缘由。专论16世纪中期开始的天主教东来传教的著作，有戚印平《日本早期耶稣会史研究》（商务印书馆2003年）和《远东耶稣会史研究》（中华书局2007年）。戚著的突出特点在于运用海量一手资料和“传统—情境—需要—变异”的理论模式还原了这次传教过程的历史场景，为中国学界在该领域课题研究扩展了史料范围和问题意识。陈景彦《19世纪中日知识分子比较研究》（吉林人民出版社2006年）通过对19世纪两国知识分子对西学东渐的回应、西洋观的异同等问题的个案对比研究（如佐久间象山、渡边华山与冯桂芬、林则徐），反思在过去的历史进程中的缺憾与不足。郑彭年《西风东渐——日本崛起的历史考察》（人民出版社2008年）阐述的也是日本自16世纪中叶至战后接触西方文化历史发展进程之间的关系。李少军《甲午战争前中日西学比较研究》（湖北人民出版社2007年）对中日被打开国门至甲午战争前西学传入的过程进行比较研究，可以看作是与前述赵著的对接，认为两国导入西学的不同格局是两国现代化拉开距离的重要原因。李虎《中朝日三国西学史比较研究》（中央编译出版社2004年）把研究范围扩展到东亚三国的西学历程，指出三国西学呈现很大的差异，从而证实了一个观点，即东西文化交流和选择过程，就是通过注入外来文化因素实现主体文化新生的问题。上述研究都把目光聚焦于中、日、朝文化与西洋文化的接触碰撞及其与东亚三国近代史的关联，形成了一个不约而同的研究机理，体现出中国日本文化史研究思考方式的特色。