从西学派优越的社会地位以及皇帝的支持而言，西学的内容和历史影响本应超过兰学，然而，历史发展的结果却恰恰相反。明末西学实际上是将传教士作为修改历法的工具，而清初的顺治也没能使传教士在其他科学领域有所作为。康熙除个人研习西学和利用传教士绘制《皇舆全览图》而增强了其西方地理学方面的影响外，也没有进一步挖掘传教士们在其他科学技术领域的潜力。

明末西学派与耶稣会士们通力合作，为引入西方科学，在编制历法和翻译西书方面作出了不小的贡献。虽然这些成果与日本兰学时代相比，还有很大的差距，但从当时中国历史看，毕竟是前所未有的事业，而且显示出明确的经世致用的态度。但是，如果变换一个角度看，上述西学派的大部分精力耗费在修订历法的工作中，这是他们采纳西学的主要目标。当完成《崇祯历书》而达到预期目标时，他们便失去了学习的方向。又由于中国西学缺乏人才基础，随着徐光启等西学中坚人物的相继去世，西学失去了有力的支撑者，呈现出后继无人的状况。清代前期，虽有顺治、康熙任用传教士掌管钦天监，但是，明末那样的规模不大的西学小群体也已不复存在。支撑西学的主要因素变为传教士在钦天监内的孤军作战和康熙皇帝对西方科学的个人兴趣。换言之，西学基本上被局限于宫廷及钦天监之内。同时，对西方科学技术书籍的翻译也几乎停滞，西学规模已远不及明末。

入清以后西学转入宫廷，皇帝成为西学存在的唯一支撑，从而皇帝的态度便成为左右西学命运的主要因素。不可否认，顺治、尤其是康熙确属中国历史上并不多见的尊重科学的帝王，也正因为如此，他们替代了明末西学派，使西学在中国历史上又延续了百余年。虽然清代西学的影响已经比不上明末，但毕竟反映出他们实事求是的科学态度。不过，另一方面也不能否认，在很大程度上，康熙对西学的推崇是建立在个人爱好基础之上的。康熙虽然“几暇格物”，对西学显示了极其浓厚的兴趣，但从未想到过将西学推向社会，更没有想过扶植一个由中国人组成的西学队伍，反而将所有掌握科学技能的传教士搜罗到宫廷，在客观上阻断了西学向社会的辐射。相对明末西学而言，清代宫廷西学明显退步了。

本来，明末西学产生于内忧外患的时代，是与社会需求紧密相连的。然而，进入清代以后可以说已经基本上渡过了明末的危机，而到康乾时期，又形成了中国历史上典型的辉煌盛世。由此，大大减弱了西学与“富国之术”之间的联系。康熙对西方科学的爱好也自然不能与明末西学派们出于社会责任感的**同日而语。康熙组织测绘的《皇舆全览图》取得了很高的科学成就，虽然不能断定它的诞生仅仅是出于康熙的偏好，但是完成之后，却一直秘藏在宫廷之中，除少数特权阶层外，一般人士无从得见。乾隆朝迭次印行的《大清一统舆图》（1744、1756、1761），民间亦不易见。直到同治二年（1863），胡林翼、严树森根据内府秘藏，刊行《大清一统舆图》，才算把清初测绘的成果，辗转公布于世[151]，但距最初成图的1718年已时隔145年了。清代西学完全依赖于皇帝的爱好，一旦皇帝丧失了对科学的兴趣，西学便失去了存在的基础。康熙去世后，雍、乾两代对西学已是不闻不问。1760年，蒋友仁向乾隆进献《坤舆全图》，其中讲述了哥白尼的学说，而乾隆却将其视作珍奇玩物深藏宫中。此时，西学已陷入奄奄一息的境地，及至1773年耶稣会被解散，西学之源终于枯竭。

在日本，民间兰学家没有对幕府负责的义务，因而他们的研究是自由的。又由于从事兰学已经成为一种专门职业，兰学的职业化，也对兰学的发展起到了至关重要的推动作用。首先，他们可以有足够的时间按部就班地学习荷兰语和专心研习西方科学。其次，由于兰学家的职业专一性，不仅使兰学具备了稳定的人才基础，而且使兰学获得了以科学研究为方向而独立发展的可能性，兰学在相当程度上可以说是一种近乎于纯科学的活动。随着兰学研究领域的不断拓宽，终于出现了社会批判意识，这是近代科学发展的一种普遍趋势。

而在中国，明末西学派的主要目标是经世致用，更具体的目标则是修订历法。换言之，他们的着眼点在于实际应用，而在科学理论研究方面则显得薄弱。又由于在朝当政，他们也不可能像兰学家那样以全部精力去学习外国人的语言、做兰学家那样书斋式的学问。综观西学内容，若从纯科学的角度看，还仅仅是一些比较零星的科学知识。虽然徐光启曾有“法”“义”之论[152]，但是，终究没有形成更系统的科学方法论。总之，西学没有形成比较体系化的科学基础理论。

相比之下，兰学在医学、天文、物理、化学等主要学科都出现了系统介绍基础理论的译著和著作[153]。当然，也应该看到，兰学的内容除医学之外仍停留在书本知识阶段，没有出现中国利用西方科学制订《崇祯历书》和测量绘制《皇舆全览图》那样大规模的应用活动。但另一方面，兰学通过近百年的科学研究活动，加深了对西方科学内涵以至社会原理的体系性理解，并形成了一个独立从事西方科学研究的社会群体。兰学通过漫长的积累，为幕末大规模洋学社会实践奠定了比较稳定而广泛的科学基础和人才基础。而西学，由于缺乏独立自主的发展机制，因而一旦失去依托便难以为续。