西周是明治时代哲学的启蒙学者，人称“近代日本哲学之父”。西周早在幕末蕃书调所任教时代就已经了解到西洋哲学，但那时对西洋哲学（Philosophy）理解尚浅，因而只能将其音译为ヒロソフル（Hirosofuru）。1863年到荷兰留学时期，西周已经开始在书信中使用“哲学”一词了，及至《百一新论》出版，将Philosophy一词正式译名为哲学。此外，诸如：主观、客观、归纳、演绎、现象、实在等诸多哲学概念也是由西周译定的。西周的另一大学术贡献是对哲学作了如下分类：致知学（逻辑学）、性理学（心理学）、理体学（本体论）、名教学（伦理学）、政理学（政治学）、佳趣学（美学）和哲学史。从上述对西方哲学诸多概念的译名和哲学所辖分科名称，明显反映出在移植西方哲学过程中的东西文化融合的印记，即日本人通过传统中国思想完成了对西方概念的理解，而且西周译定的哲学词汇大多被中国人所接受。这种整合不同文化间不同概念的复杂方式在人类文化交流融合史上可谓一奇特景观。

西周在荷兰留学期间主要受到约翰·穆勒的功利主义和孔德的实证主义哲学的影响，并将这种思想传播到日本，成为明治前期影响较大的西方哲学思想的主要流派。西周秉承实证主义“哲学乃科学之科学”

的论断，提出“哲学者，百学之学也”[27]的观点，将哲学置于统辖诸多学科的至高位置。西周强调观察、实验才是人类知识的基础，不考虑主观经验之外存在的世界。鉴于此，西周认为实证主义以外的其他西洋诸家哲学派别是“无形理学”，因而加以排斥。毋庸置疑，对于百业待兴的明治前期的国家目标而言，功利和实证是再适合不过的思想了。关于这些内容已经在明治启蒙思想中接触过的福泽谕吉等人的呼号中得到理解。然而明治后期，德国唯心主义哲学开始逐渐取代前期英法的功利和实证哲学，这也反映了明治后期反西化运动的民族主义盛行的社会气氛。

其实西周早在《人生三宝说》（1875年）中就曾提到过康德的《纯粹理性批判》，但西周并非康德的崇拜者。最初真正把德国唯心主义哲学传入日本的是菲诺罗萨，他在讲授穆勒和斯宾塞思想的同时，讲解了康德、费希特、谢林、黑格尔等人的哲学思想。根据井上哲次郎的回忆：菲诺罗萨的哲学讲义是以进化论为主线的，生物进化依据达尔文的理论，精神进化则取自黑格尔，将两者融于一体来解释人体和精神的进化过程[28]。然而，日本似乎并没有完全接受菲诺罗萨的体系，而是将德国观念论哲学置于主流地位。由于菲诺罗萨钟情于日本美术而兴趣转移，之后英国人库贝尔于1879—1881在日本大学专门讲授康德哲学。又有竹越与三郎于1884年编译出版《独逸哲学英华》，简要概述了德国哲学的情况。1886年中江兆民著《理学钩玄》[29]也用相当篇幅介绍了康德等德国哲学。直到德国学者布希（Ludwig Busse）1887—1892年来东京大学任教鼓吹德国哲学，才开始系统地将德国观念论哲学移植到日本，并占据了主流地位，造成日本哲学界一次转变。

明治后期德国唯心主义哲学之所以上升为主流地位，是与当时政治动向和社会思潮密不可分的。从政治形势看，此时的日本为建立不容动摇的天皇崇拜，亟需有利于帝国的“精神哲学”。从社会思潮看，日本主义开始反击全盘西化思想，并且呼声日渐高涨。尤其是国粹主义开始盛行，政教社和他们的杂志《日本人》，开始从学术角度反思明治前期为西洋文化马首是瞻的偏颇现象，呼吁保留和弘扬包括传统道德在内的东洋文化。应该说政教社同仁的论题有相当的合理部分，而且也并非全盘否定西洋文化。但是，国粹主义之风客观上引领了日本主义的潮流。在这种状况下，日本似乎不再需要功利和实证思想，因而转向注重观念的德国哲学。

东京大学毕业的井上哲次郎1880年登上母校讲堂，成为哲学教授，由此开始出现“讲坛哲学”。井上虽然对儒学、佛教、武士道等东洋哲学思想多有论及，但其专业是德国哲学，以其《现象即实在论》论述形而上学问题，把德国哲学推向主流位置。这是与启蒙哲学思想家们完全不同的“学院派哲学”，井上本人也被称为日本“学院哲学之父”。

然而，井上哲次郎是具有浓烈政治倾向的御用学者，1891年著《敕语衍义》，对前一年公布的《教育敕语》作了全面的解释，简而言之就是要建立以天皇为中心的家族主义的国家观和国体论，以及与此相呼应的忠孝道德伦理。作为官方学者井上的议论是一个明确的信号，宣布了明治前期本来就先天不足的近代民主思想在日本的终结，不少文人学者也开始论证日本主义的合理性。可以说，这也是明治以来思想变化的一个宿命的归结。作为“学院派”哲学代表的井上哲次郎借助德国观念论哲学，形成了他的唯心主义哲学。尤其是在伦理学领域，井上哲次郎的《敕语衍义》《国民道德概论》等著述，确立了适应天皇制国家主义的“道德论”，其影响延及明治、大正、昭和三个时期。

大西祝（1864—1900）可谓明治哲学史上的一名骁将，被称为“日本的康德”。他虽曾在东京大学受教于井上哲次郎，但其哲学历程与其师大相径庭。他虽以36岁壮年早逝，却留下了《大西博士全集》七卷。1891年到早稻田大学前身的东京专门学校任教，其间著有《伦理学》《西洋哲学史》等哲学著作。大西在大学期间多受布希影响，而布希则受德国“目的唯心主义”者洛采（Rudolf Hermann Lotze，1817—1881）的影响颇深，大西还在读研究生期间即开始钻研“良心论”，之后著《良心起源论》。大西主张理性思考，否则就达不到康德所说的“尊重真实”，因而不承认自身之外的权威，而是从自身内面寻求权威。这显然是一种自由主义的主张，不承认将个人的伦理规范置于社会统治之下。可见大西哲学带有浓重的伦理成分，似乎与井上哲次郎如出一辙，然而大西哲学的生命力在于其具有较强烈的批判性，而批判甚至破坏是为了重新整合以建设新思想。即：“无论是西洋主义，还是日本主义，无论是激进还是保守，都只是看到事物的一个方面。思想界必须站在更高层次上，对之进行综合。”[30]基于此，大西就井上哲次郎的《敕语衍义》进行了批判，认为学术研究不应与政治相混淆，并对井上的“敕语伦理体系”中“忠孝是日本道德之根本”的命题进行了批判，指出忠孝不具备人类道德的普遍性，应该提倡能适用人类普遍原理的道德。可以说大西的思想在当时日本思想界趋于保守的形势下，保持了一位哲学研究者应有的冷静和睿智。然而，即便是坚持批判主义哲学的大西也没能摆脱“国家至上的爱国主义”。