谈论日本近代史学不可不言兰克史学的影响。德国史学家里斯（Ludwing Riess，1861—1928）1886年来日本协助东京帝国大学创设史学科，在日本侨居17年，将兰克的实证主义史学移植到日本。兰克提倡尊重史实的方法论，反对将历史用于说教，也反对黑格尔把自己的哲学体系嵌入历史的历史哲学，成为当时德国的主流史学。1893年于德国留学8年后归来的箕作元八（1862—1919）任东京大学教授，继承了兰克史学。此后，兰克史学在日本史学界始终占据着统治地位，影响至今不衰。

兰克史学占据主导地位，似乎符合明治政府限制文明史观批判锋芒的愿望，然而事实上体制内的学院派史学反而运用实证的方法，对传统史学，尤其是尊皇史学进行了实证的批判。由此，明治史学的发展与明治其他文化领域一样，欧洲自由主义史学的研究体系，不可避免地要对日本传统史学体系形成一种挑战，当然这种挑战也就不可避免地会遭遇到来自尊皇者们的政治性攻击。日本近代实证主义史学奠基者重野安绎（1827—1910）曾提出从事史学者其心必须至公至平，否定传统史学中大义名分的主导思想，为此被皇国史观主义者讥笑为“抹煞博士”。这似乎预示着非传统史学与“尊王史学”之间迟早会发生冲突。

著名的“久米邦武笔祸”事件终于引爆了这颗定时炸弹。《史海》1892年第8号上转载了久米邦武的论文《神道乃祭天之古俗》。论文认为，敬神源于祭天的遗俗，是日本民族固有的风俗而并非宗教，故而可与佛教并行不悖。[23]其实论文只是对神代史作了科学的解释，但即刻招来神道学家们的攻击。然而，神道学家们无力从学术上进行反驳，而是使用了诸如“对皇室甚为不敬”“误导天下后世而有损国体”“侮辱国民的历史”等政治语言。就是这样的政治大批判，迫使东京帝国大学免去了久米邦武的教授职务。这个事件发出了一个极其恶劣的信号，即科学的古代史研究几乎被定性为反国体的。对此，田口卯吉向各报刊寄送题为《告神道者诸氏》的文章，反击神道家们言论，主张古代史研究的自由：“难道今日人民就不能提出不同于本居和平田对古事解释的新说？是否提出新说就是对皇室的不敬？我坚信神代诸神并非灵妙之神灵，而是与吾人同一人种，即同样要吃饭、饮水、跳舞、做梦，这绝不会造成国体紊乱。我坚信敬皇室、爱国家，与其如彼本居、平田单单寻思古事记之语义，不如更广泛地于人种、风俗、语言、器物等领域发挥研究的功用。”[24]不用说，田口的议论又遭到新一轮的围攻，而围攻者的武器仍然是“不敬论”“乱国体、破典故”等苍白的嗡鸣，最终结论是“伤害皇室的尊严”。

久米邦武事件后，史学界较少动**。然而，就在明治时代即将结束的1911年，视南朝为正统的极端国粹主义者们又突然将长期以来作为学术问题的“南北朝正闰之争”[25]政治化，攻击当时历史教科书中南北两朝并立的观点，本来属于学术争论的问题居然被搬上了国会，成为政治热点问题。结果经明治天皇“敕裁”，从年表中删除北朝天皇，教科书中将“南北朝时代”改称为“吉野朝廷时代”（南朝），原教科书的编修者喜田贞吉受到“长期休假”的处罚。明治初年官修史学的目的即在于加强皇室在日本历史上的突出地位，之后经过民间史学为主倡导的文明史学和学院派史学的实证史学的不懈努力，初步建立起日本近代史学的体系。但是再次将学术问题政治化，而且由天皇“敕裁”学术问题，对史学界来说却是不祥之兆，它为明治史学画上了一个灰色的句号。

通观明治史学可以发现两条发展路径，其一是作为民间史学的文明史观，其二是作为学院派史学的实证史学。在明治时代的竞争中，似乎后者占据了上风。然而，家永三郎并不承认民间史学衰落，提出：“昭和初年之后迅速发展起来的唯物主义史学，在某种意义上说，是继承了由‘文明史’向‘民间史学’展开的史学的血脉。”[26]当然双方也并非泾渭分明，完全无视另一派的优越之处，正是在这种相互宽容中逐渐建立起日本近代史学的轮廓。当然，以皇国史观为政治武器极尽围剿学术研究之辈则另当别论。