从时间上看，明治史学是与王政复古联袂登场的。明治天皇为建立皇室的权威，志在续写《六国史》[17]以后的正史，其旨意明言：“修史乃万世不朽之大典，祖宗之盛举，三代实录以后绝而无续，岂非大缺典乎？”[18] 1868年4月明治天皇命太政大臣三条实美统管续修《六国史》之后的正史。同年在昌平学校设立国史编辑局，1872年又在太政官正院设立历史和地志两科，后几经重组更名，1886年改为“内阁临时修史局”，一直延续到1888年。明治初年官修史稿是用汉文书写的编年史，如官修《明治史要》等。这种追随传统史学之古风，在民间也很盛行，诸如椒山野史著《近世史略》、宗国夫著《大日本史略纲目》、龙三瓦著《皇朝小史》、北川舜治著《明治新史》等。

1888年文科大学开设了国史学，教授有重野安驿、久米邦武、星野恒等。1895年在帝国大学[19]设立史料编纂所（当时称史料编纂挂）一直延续至今，开展了大规模的搜集、整理史料的事业，1900年开始陆续出版《大日本史料》《大日本古文书》等大型史料集。《大日本史料》涉及时间范围始于上接“六国史”的公元887年，下到明治维新开始前的1867年，内容以政治史为主，编纂体例采用编年体。《大日本史料》是作为政府事业施行的，从其收录史料的起始时间看，便明确了明治政府以皇家为线索续写正史的意图。但客观上说，大规模的资料建设促进了建立在真实史料基础之上的实证的“国史”研究，至今日本史学界仍受益良多。

大藏省还编纂了诸如：《大日本货币史》《旧典类篡田制篇》《大日本租税史》《驿递史稿》《日本教育史资料》《德川禁令考》《大日本财政经济史料》《大日本农史》《农政垂统记》《商事惯例类聚》等。

上述之外，大森金五郎编纂的《日本读史年表》（1903年）、黑板胜美的《国史的研究》（1908年）成为当时被广泛利用的工具书。此外，田口卯吉主持的经济杂志社于1897年开始刊行《国史大系》，到1901年完成了《日本书纪》等17卷，1902—1903年作为《续国史大系》完成了《续史愚抄》等15卷。除上述著作和史料整理之外，早稻田大学出版部出版了由久米邦武等执笔、堪称日本史标志性成果的《大日本时代史》（1907—1909）的系列通史，全书按时代顺序从《日本古代史》到《维新史》共10种。

明治史学中的东洋史研究可谓是一大领域，其中有关中国历史更是自古以来日本文人必备的知识，儒学中经史并重相辅相成，在日本一直受到尊重，直到明治初年中国历史仍然是知识人必备的常识。但是，明治以后，随着西洋史学的传入，日本史学界不再满足《通鉴纲目》《十八史略》等传统的中国史知识，于是日本史学界开始运用西洋史学的理论和方法重新建立中国史研究体系。在这个领域，首开先河的仍然是《日本开化小史》的作者田口卯吉。1888年他的《支那开化小史》出版发行，脱离了传统的儒家史论，开创了中国史研究的新局面，被日本史学界认为是真正改变了江户时代中国史研究传统的标志性著作。

明治以来学院派中国史研究的先驱当属那珂通世（1851—1908）于1888年开始出版《支那通史》（1890年出版第五卷，截止到宋），是近代日本学者撰写的中国历史概论之名著。中村正直在序文中概括了该书不同于以往中国史著述的特点：“今世所行支那史之简易者，如十八史略、通鉴览要，非不良善，但止于记事实，而不及典章法度，此为可憾。那珂通世氏之此书，记事实而及制度，略古代而详近世，不独采于支那史，而兼收洋人所录。简易明白，一览了然。”[20]在当时以西洋史为中心的日本史学界，将目光投向东洋各国，显示了那珂通世的见识。该书在当时的中国史学界也产生了影响。那珂还提出“外国史可分为东洋史和西洋史……东洋史中应以中国史为中心”[21]，之后日本史学界分为三大领域，即西洋史、东洋史、国史（日本史）。日本社会逐渐开始关心东洋史，尤其是甲午战争之后，中国史研究与日本人对中国大陆的“关心”同步进行，甚至“有极而言之者称，我国东洋史学的发展是与侵略中国相关联的”[22]。1904年东京帝国大学“支那史学科”从史学科独立出来，原来的史学科改称西洋史学科，这时的中国史领域带头人是白鸟库吉和市村瓒次郎。当时还有市村瓒次郎和泷川龟太郎合著的六卷本《支那史》（1888年—1893年），该书虽无明显特色，但作为教科书多次再版，尤其是在甲午战争之后，影响较大。

白鸟库吉（1865—1942）毕业于东京大学，研究领域为朝鲜历史和中国周边民族史，多采用欧洲式的语言学方法。发表《突厥阙特勤碑铭考》《匈奴及东胡民族考》等多篇论文，其中若干译成德文在德国发表。另有狩野直喜、内藤湖南等人采用了在传统的中国研究的基础上，引入欧洲学风的研究方法。此外，这一时期专攻朝鲜史的有币原坦、林泰辅等；佛教史研究领域有松本文三郎；考古学民俗学方面有鸟居龙藏；而桑原骘藏则以宋史研究闻名。这一时期的中国研究有一种倾向，即如白鸟库吉，将研究目标指向中国边远地区和民族，反而疏漏了对中国史主体的研究。

这一时期还出现了一批概论性的著述，如：高桑驹吉《东洋大历史》（1905年）、《东洋历史详解》（1908年）；市村瓒次郎的《东洋史要》（1897年，1912年修订）；田中萃一郎的《东邦近世史》（1900年）等。20世纪初，《史学杂志》还发表了一批东洋地区民族史的论文，诸如：白鸟库吉的《蒙古民族的起源》、内藤湖南的《蒙文元朝秘史》，西域史有白鸟库吉的《乌孙考》《关于大秦国和拂菻国》等等。