明治政府不能无视公论众议，而且还需要以此来树立新政府尊重公论的形象，因而《五条誓文》第一条即是“广兴会议，万机决于公论”，宣布了“尊重公论”的理念。对明治政府来说，如此自我约束，确属痛苦的选择，然而为稳固政权又不得不为之。《五条誓文》的又一值得留意的是最后一条“求知识于世界，大振皇基”，这里的上下句似可理解为手段与目的的关系，即开明的上句是手段，而复古的下句是目的。如果对照天皇在同日发布的《宣扬国威之宸翰》就会一目了然：“朕于此与百官公誓，续书列祖之伟业，不问一身之艰难辛苦，亲自经营四方，安抚汝亿兆。”[5]一纸宸翰已经明白无误地表示了天皇亲政的意向，为后来集权的近代天皇制以及为此服务的“皇国文化”做了铺垫。其实，这两个文件已经规定了近代日本文化的政治走向。但另一方面，后来的自由民权运动也正是要求明治政府实现“广兴会议，万机决于公论”的诺言。

由于“广兴会议”与“大振皇基”的矛盾，在明治时代的前十年，日本的国家政治组织将采取什么形式始终不明朗。激进派期盼开设议会，并主张将国家权力交给议会，这一派通过穆勒的《自由论》、卢梭的《社会契约论》论证他们的主张。与议会派正相对立的保守派主张遵从传统政治理念，国家权力应属于天皇，并依赖天皇的权威使日本人达到精神上的统一。介于上述两派之间的是君主立宪派，这一派多是政府要员。还有一派就是为单纯的复古而强烈主张树立天皇权威以统一日本精神。激进派在西方民主思想的激励下，兴起了一轮以民选议院为政治目标的自由民权运动，但最终国权主义理论成为舆论的主导。政治体制与日本精神的纠葛，使明治初期的政治分歧表现得较为激烈，结果是建立了在天皇集权下的议会向臣民交差，使日本走向了绝对天皇制，并确立了以天皇崇拜为轴心的日本精神权威。天皇亲政的国家体制，决定了近代以来日本人价值观念的主基调。随着日本的尊皇传统战胜了西洋的民主思想，学术思想也相应地朝着逆文明开化的方向发展。

《大日本帝国宪法》及其相应的《皇室典范》等的颁布刺激了学术界，尤其是政治学领域。宪法公布的1889年，如伊藤博文的《帝国宪法皇室典范义解》等一批对《大日本帝国宪法》进行诠释之作即有二十余种[6]，大部分是丝毫不加批判之作。其中引人注目的作者，有东京帝国大学的穗积八束（1860—1912）和有贺长雄（1860—1921）[7]，二人围绕《大日本帝国宪法》展开了针锋相对的论战。穗积八束首先把宪法定义为钦定宪法而不是“国约宪法”（由国会制定的宪法）或革命宪法，是立宪君主制的成文法而不是从来的君主独裁的惯例法，依据宪法日本是立宪制君主国家而不是议院制君主国家。基于这种判定，穗积八束还认为，从法理上说国家是统御的主体，实际天皇即是国家，君主制国家和非君主国家的差异实在于此。他认为，统御之主体与君主同一则为君主政体之国，非同一者则不是君主政体之国，由此认为英国等国的国王一人不能独揽大权、不是唯一的主权者，因此是议院制国家，而不属于君主制国家。由此，穗积八束承认并论证了《大日本帝国宪法》规定的天皇独裁统治权的合理合法性。[8]

鉴于穗积八束的上述诠释是关乎日本国家制度和天皇制的重大理论问题，许多学者纷纷提出异议，其中有贺长雄的理论可作为代表。有贺长雄针锋相对地否定了穗积八束天皇即国家的说法，因为“天皇之外，在国家之内还有种种机关”。可见宪法公布之初，即出现截然相反的两种对立的解释，一方是穗积八束提出的“不得用法律限制作为最高主权者的天皇”的“天皇主权说”，另一方是有贺长雄提出的“天皇是国家机关之一”的“国家有机体”学说。

穗积还从历史的角度论证了他的理论，认为人类形成国家有两种情况，“其一是家族制度发达的血族团体，其二是和平组合的共和团体”，而血族的不断扩展即是家族、民族、国家。在日本是“依据服从天祖传承主权之观念，团结一体以形成不可动摇之国家”[9]。在穗积看来，由于日本国家是在上述特殊历史条件下形成的国体，因而必须要有不同于其他国家的宪法。[10]穗积八束还出版了《国民教育爱国心》《国民教育宪法大义》《宪法提要》等著述宣传“天皇最高主权论”，影响极大。

有贺长雄除出版前述诸多社会学著作之外，还有《国家学》（1889年）、《日本古代法释义》（1893年）等诸多著作出版。有贺认为国家是谋求全体国民利益的机关，早在其《社会进化论》中就谈到：“日本开辟以来二千五百年，人民受天皇之统治，而今立宪法以国会之意定法律，依法行政，从来之统治体制不得不为之一变，此乃必然之势。”[11]有贺于1901年著《国法学》上下两卷，其对国法学的定义是：“国法学是剖析被称为国家的权力编制，明确其各部门的组织权限，属于法学中最重要且最艰深之部分。”有贺还提出，日本历史上经历了血族国家、等级身份制国家，而明治维新之后废除了等级制度，形成了公民国家。有贺运用“国家有机体”原理说明天皇只不过是协调各国家机关，以使其有机地正常运转的元首，即使承认在其他国家不曾有过的天皇地位的特殊性，天皇的行为也还是要遵从法律。可见，有贺对天皇在国家中的定位与穗积相去甚远。

伴随着上述论争，政治学开始从国家学和国法学中独立出来。1896年小野冢喜平次（1870—1944）于《国家学会杂志》15—16号上发表题为《政治学的系统》的论文，又于1903年出版《政治学大纲》。小野冢将政治学分为广义和狭义两类，广义政治学是“有关国家诸学科的总称”，狭义政治学是“对国家事实的说明和讨论国家政策之学”，前者属于纯学理研究的“国家原论”，后者是属于应用研究的“政策原论”。在小野冢的政治学中，国家仍然是重要的概念，小野冢为国家下的定义是：“国家是在一定的土地范围内拥有统治组织延续性的人类社会。”很明显，这里的国家概念，既不是“国家法人说”，也非“天皇即国家说”，而是使用了区别于国家学和国法学的独自的政治学话语。小野冢政治学的重点在于“政策原论”，而不是“国家原论”。小野冢为政策所作的定义是：“国家机关和国民为达到国家的目的而应采取的手段。”总之，这些似乎都反映出小野冢政治学是在尽量与现实政治拉开距离的趋向，虽然还未能与国家学和国法学彻底区别开来，但初步建立起日本政治学体系，成为日本政治学的先驱。[12]