明治初期，传播西洋学术的知识分子们的知识结构和传播内容多为百科全书式的，而且和着时代的节奏将学术与当时日本社会需要连接在一起。最典型者如福泽谕吉，他在介绍古典自由经济学、宣传个人主义伦理学、阐述基佐和巴克尔的文明史观的同时，又出版《文明论概略》，其目标即在于全面移植西洋各类人文社会科学。明六社成员也都具有这种特点，如加藤弘之可谓典型的学者政治家，又如西周既著有跨越百科之作的《百学连环》，同时又提出“民选议院尚早论”，还是“军人敕语”的起草人。另有田口卯吉可谓明治初年又一位著名学者，他撰写《自由交易日本经济论》、创刊《东京经济杂志》鼓吹自由贸易经济学，同时又著《日本开化小史》，成功地吸收了巴克尔的文明史理论和斯宾塞的社会学理论，而且是一位为实现这些理论而身体力行站在舆论前沿的政治家。中江兆民则是学者兼政治活动家的一面旗帜，所著《理学钩玄》颇得西洋哲学之大要，同时又是自由党的“导师”、自由民权运动中著名的政论家，尤其是其晚年阐述其独特唯物主义哲学的《一年有半》《续一年有半》，在日本哲学史上留下了不可磨灭的业绩。总之，百科全书式的功利主义是明治初期移植西洋学术的一大特征。

自幕末乃至明治一朝，在不同阶段对西洋学术思想有过不同的侧重。幕末和明治前期接触的主要是英美新兴资本主义文化的自由主义，并以此对抗传统文化，在学术思想界占据优势地位。究其原因，一方面是基于对西洋社会学、政治学等人文学科的关心，另一方面也是明治初年学者们要为日本寻求政治上的发展方向。穆勒的学说影响了一大批知识分子，如后来的众议院议长河野广中就是读过穆勒的《自由之理》后，改变政治观点而投身自由民权运动的。

中村正直翻译的穆勒著《自由之理》和松岛刚翻译的斯宾塞著《社会平权论》曾是日本自由民权思想的指导性理论著作。斯宾塞的社会进化论也在日本大行其道，与自由思想一起成为明治前期各类西方社会思想的根脉。明治初期法国的社会学和实证主义社会学创始人孔德的思想也曾随穆勒思想一起传入日本，但更吸引日本知识界的是法国的人权思想。孟德斯鸠、卢梭等具有革命性的思想，对自由民权运动产生了深刻的影响，尤其是卢梭的《民约论》曾风行一时，有中江兆民等翻译的三种译本。[1]法国思想的影响还表现在法学方面，《法国民法典》对日本发挥了指导性的影响，日本编纂法典初期也多请法国专家参与，还在法国学者的建议下，废除了刑讯拷问。不过，岩仓使节团一行访问在普法战争中获胜而如日中天的德国首相俾斯麦之后，便倾倒于当时的德国文化，尤其钦慕德国政府的保守主义和国权主义思想，以至于把普鲁士宪法作为制定明治宪法的楷模。明治政府以德国的集权主义对抗民间宣传的英美等国的自由主义，镇压民权运动。19世纪80年代中期以后，德国的思想文化以及学术取代了英美法等国的文化而占据了统治地位。然而，英美思想和文化在日本社会各阶层都不同程度地扎下了根基，政府的选择并不能彻底扫除英美文化的影响，尤其是英语的普及充分证明英美文化影响的持久性，甚至德、法、俄等国的文学作品几乎都是通过英文转译为日文的。

可以说明治初期的学术思想界是以天赋人权、个人的自由独立及其国家政体论为核心的，诸如福泽渝吉的《西洋事情》《劝学篇》，西周的《百一新论》等一般启蒙读物都涉及这些问题。更有1868年铃木唯一译《英政如何》（五册），对英国的政治组织结构作了详细的说明，翌年铃木又与后藤谦吉合译《英国刑典》，同年福泽渝吉出版了他的《英国议事院谈》。又有加藤弘之的《立宪政体论》《真政大意》《立宪政体起立史》，箕作麟祥翻译的《万国政体论》，安川繁成的《英国政事概论》，井上毅的《王国建国法》等。这些译述书籍否定封建社会压抑人性的制度和思想等，提倡西方资产阶级自由主义者们主张的天赋人权、主权在民等进步思想，并主张建立“公明正大”之政体，而为保证“公明正大”则需要制定宪法。

然而，明治初年的这类思想普及具有相当的局限性。其一，当时的人们虽然醉心于欧美文化，但并不十分清楚欧美各国的实情，只不过是暂且先介绍欧美政治的外在形式。其二，如前所述，诸多启蒙思想家多是在以“王政复古”为基础而建立起来的明治政府中服务的官僚学者，这就注定了他们的社会存在与他们思想之间的悖论，当明治政府要建立以天皇为主导的独裁政权的时候，他们便宿命地从民权主义者转变为国权主义者。