幕末开国以来，与传统学问内容完全不同的西洋近代思想学术（这里仅限于人文社会科学领域）在日本迅速传播，这就为日后日本人文社会科学的发展方向提出了诸多需要解决的问题：传统学问与西洋的思想学术体系之间是一种什么关系？二者的区别何在、有无共同之处、西洋学问是否能取代传统、二者各自的命运如何？

江户时代学问的基调是儒学，其次是国学和兰学，这一点大概不会有人否认。一般认为儒学与西洋学问是在完全不同的文化社会背景下并行发展起来的两种类型。其实，这种习惯性的看法过于强调了文化间的差异。明治时代初期的西洋学学者们无论是否意识到，客观地讲他们的学问积淀是来自于江户时代中后期的实学。作为西洋学问的特点，从古希腊开始就打下了务实的烙印，而就这一点来说，原始儒家思想的学问目标也在于维持社会的和谐，只不过是后来的宋明新儒学才逐渐在某种程度上使儒学倾向于游离于社会之外的专为道德完善的心性之学。然而，江户时代的日本儒学主张回归原始儒学精神，并把宋明新儒学中基本概念的“理”拆分为“道理”和“物理”，后者区别于儒学中的道德学说和“心”的学问，被称为实学。其实“道理”也并不是完全脱离社会的空论，而是立足于寻求治理社会之“道”。总之，从实学的目标而言，到江户时代末期，趋向实学化的日本儒学思维方式成为较容易地接受西洋近代人文科学的基础，这也正是今天的日本文化中仍然牢固地保留着儒家思想的一个最根本性的原因。

当然，也应该看到儒学毕竟是产生于封建社会的学问，它要解决的问题与近代社会不同，因而其学术语境也与近代学术大相径庭。面对近代社会出现的种种问题，儒家学说就显得隔靴搔痒，力不从心。另外，儒学还有一个致命的弱点，即学科的混杂性使自己难以适应近代社会的需求。传统学问一般被分为“经”和“史”两大范畴，而前者属于广义的哲学，虽然涵盖了政治、经济、法制等诸般学科的内容，但从没有将他们完全分离成若干独立的学科。为克服儒学的这些弱点，明治时代开始了“学术更新”。

还有一点需要留意，那就是江户时代兰学的发达也为明治维新后日本人文科学的发展奠定了一定的基础，尤其是幕府末期蕃书调所的洋学家群担当了移植西洋学术的历史性任务，为明治初期日本“学术开国”奠定了重要的基础。