大概是因为美国初任驻日本总领事哈里斯是虔诚的基督徒的原故，他没有忘记在1858年《日美修好通商条约》中写入了旅日美国人可在居留地设置礼拜堂的条款。于是翌年便有约翰·里金斯（John Liggins， 1829—1912）、詹宁·威廉姆斯（Channing Williams，1829—1910）、杜安·西蒙斯（Duane Simmons，1834—1889）、詹姆斯·赫本（ James Hepburn，1815—1911）等一批传教士来到对欧洲人来说阔别220年的日本。这些传教士具有很好的教养兼一技之长，比如赫本就是医生兼语言学家，边传教边行医，还完成了日本第一部日英词典《和英语林集成》[48]的编纂，并致力于女子教育活动等等。传教士们分别于1862年在横滨、1864在长崎建立教堂。实际上，此时幕府并没有解除对基督教的禁令，但是这些传教士已经开始传教了。到1865年作为传教士日语教师的矢野元隆成为日本历史上第一位新教教徒，这让赫本万分激动：“着手传教以来仅仅四年，在这严禁基督教之地，迎来了最初的受洗者。”[49]

更令传教士们欣喜若狂的是，1865年天主教传教士在长崎新建的大浦天主教堂献堂式上发现了浦上村的众多信徒竟然是在德川幕府禁教时教徒们的后裔，而且代代相传，作为地下教徒从未改变过信仰。然而，传教士们的狂喜换来的却是地下基督徒们的灾难。毋庸赘言，这件事对幕府来说并非好消息，在幕府看来，这些潜伏的基督徒是罪犯。尤其信徒们公然拒绝佛教僧侣们参加他们的安葬仪式，同时拒绝向寺院捐助，而在前述檀家制度中这是佛教最基本的权利。幕府终于“忍无可忍”，开始逮捕并迫害教徒。

号称维新的明治政府完全继承了幕府的禁教政策，1868年3月15日，太政官布告全国的《五榜告示》之第三条就明确宣布“严禁天主教”，对教徒的迫害程度有增无减。明治政府为根除基督教，逮捕并强迫信徒弃教。面对迫害出现了不少以身殉教的基督徒，这便更加引起明治政府的警觉。“更遣木户准一郎（木户孝允）以教囚士民三千七百有余人迁移至诸藩，加以告诫，令改其信仰。教徒皆不畏刑，无一人服从告诫者。”[50]

明治政府对基督徒的迫害，引起了欧美舆论的抗议，然而新政府的回答是：不论这些人是否为基督教徒，仅仅是其为害乡里之恶行就该转居。被指定接收这些村民的21个藩为取悦新政府也使尽招数迫使这些信徒弃教，甚至使用了五花八门的酷刑[51]。之后，岩仓使节团游访欧美时，屡屡遭到各国的抗议，明治政府被视为无视人权的野蛮人，根本不可能谈判修改条约问题。迫于来自欧美各国的压力，明治政府不得已于1873年停止对教徒的迫害，撤销了禁教的告示，部分浦上村民也得以回到自己的故乡。至此，自丰臣秀吉开始的近三百年的禁教政策自然解除。

明治政府仇视基督教的政策是一个致命的历史错误，从内政和外交两方面看都是一大败笔。本来明治政府试图像江户幕府初期那样通过镇压天主教而稳定自己的政权，然而却忽视了与德川幕府初期不同的国内外政治形势，开国与禁教两项政策是不可能同时实现的。加之大规模的废佛毁释运动使佛教险些断气，也很难像德川幕府初期那样在信仰领域得到佛教全力以赴的支持。

在基督教重返日本的开幕式中，新政府和教会方面都不太愉快，但毕竟还是渡过了艰难的时期。基督教对于明治政府来说是一个很棘手的问题，他们不会忘记西方教会曾经使丰臣秀吉和德川幕府伤透了脑筋，而明治天皇也会因为人们信奉基督而感到酸楚。然而，西方国家又非常看重信教自由，尤其是基督教与西洋殖民者始终合作得很愉快，禁止基督教会被西洋人看作是非开化的民族。明治政府一方面并不喜欢基督教，另一方面又非常重视西洋人对日本政府的评价，这种难言之隐成为挥之不去心理情结，预示着基督教在近代日本的艰难历程。

在解禁之前的1872年，约翰·巴拉（John Ballagh，1842—1920）就已经在横滨租界地创建了日本历史上第一个新教教会——横滨公会，有后来日本基督教的领袖人物植村正久、本多庸一、奥野昌纲、押川方义等人受洗。明治政府对基督教开禁后，西方传教士纷纷前来日本。1873年又成立东京基督公会、设立日本长老会，之后神户、大阪、弘前（青森县南部）等地也诞生了教会，到1881年教会的势力已经渗透到全国主要城市。为进一步促进传教事业的展开，基督教各教派开始筹划教派之间的合并，比如横滨的基督教公会与东京、横滨的长老会合并，组成“日本一致教会”（1890年改称日本基督教会），并在东京设立一致神学校。

日本初期基督教有一个显著的特点，即大多是旧幕臣和幕末佐幕派藩士，如植村正久、奥野昌纲都是旧幕臣，平岩愃保（1875年入教，曾任日本美以美教会的第二代主教）祖上则是德川家康的侧近旗本（具有讽刺意义的是平岩祖上曾长期担任镇压天主教的官职）。曾经作为“新撰组”成员的结城无二三，失败后加入基督教，终身以传教为业。另一位基督徒今井信郎曾是“巡视组”的成员，与暗杀坂本龙马有关。[52]“戊辰战争中政府军方面的战死者，被隆重地供奉在招魂社；而在会津若松战斗的白虎队、让出江户城后掀起叛乱的江户的彰义队的战死者，就连土葬都不允许，唯饮心酸悔恨之泪。”[53]佐幕派成为“失败组”，这批“时代的弃儿”只能慨叹在变幻莫测的历史风云中站错了队。面对爱憎分明的明治政府，“弃儿们”的个人前途必须随着幕府倒台而重新设计，其中的年轻人或为重新出仕或为海外留学都需要学习西方语言和西洋新知识，于是便聚集到传教士们开设的学塾。可见，这些人原本并不想在研究圣经中度过一生，但是传教士们的热情使他们投入到耶稣基督的怀抱。传教士们将教授英语的学塾扩展为宗教教育和人文教育的机关。

这些政治上失意的教徒们把明治维新看作是物质的、政治的维新，而他们要进行精神领域的“二次维新”。基督教解禁之初，在日本的不同地区很快形成了三个基督教重点地区。

首先是前面提到的横滨派，他们多为传教士学塾出身，在教义上大多遵从正统神学，在组织上主张超教派主义，即不隶属于任何教派，代表人物是植村正久、本多庸一等人。

其次是北海道札幌农学校（北海道大学前身）出身、深受克拉克（首任校长，原美国马萨诸塞州农科大学校长）基督教精神影响的札幌派，代表人物有内村鉴三、新渡户稻造等人。内村鉴三强调独立自尊的日本式基督教精神，标榜“无教会主义”，另一方面他又希望基督教与日本传统价值观达成统一。

再次，是聚集在熊本洋学校和新岛襄创立的同志社的熊本派。这一派具有明显的民族主义倾向，具有较自由的神学观，主张建立日本式教会。代表人物有小崎弘道、海老明弹正、德富苏峰等人。

初期基督徒的动机，与其说是发自纯粹的基督教信仰，毋宁说是认为基督教是先进国家的宗教，加之被传教士们个人的人格魅力吸引，基督教一夫一妻、神前平等以及清教徒式的虔诚圣洁的宗教伦理精神也产生了相当的魅力。

在民间对待基督教也分成了两个阵营，首先是以明六社成员为代表的启蒙思想家们大多主张信教自由，对基督教抱肯定的态度。中村正直甚至匿名撰写《外臣某奉天皇陛下之书》，提出：“朝廷既采用欧美诸邦之制度文物，宜公认其文明无形之要素，许以耶稣教之宣传且奖励之。”[54]首任驻美公使森有礼撰《日本宗教自由论》极力主张信教自由，津田真道也提出雇用传教士以教化国民的主张。与基督教的激烈对抗主要来自佛教，他们在“破邪显正”的同时，还大量重印江户时代神佛两道的“破邪”和“护法”论著。此类批判之声占据了明治初期日本人对基督教态度的主流，在日本民众中影响颇深。看来，明治初年基督教的传教事业不容乐观。

那么，为什么在以西化为目标的文明开化时代，作为西洋文化根基的基督教反而举步维艰？其实这其中的原因也不难理解。首先，自丰臣秀吉以及德川幕府初期以来残酷的禁教政策，使人们对基督教有一种政治恐怖感；又由于近三百年对基督教的妖魔化宣传也造成了民众对基督教文化的抵触。其次，在整个江户时代，檀家制度下的民众生活已经与佛教难解难分，没有对其他信仰的需求。第三，更重要的是明治政府的态度成为传教士们布教事业的瓶颈，明治初年来日本的传教士们比起沙勿略等先辈们，可谓生不逢时。

这一时期的日本人信徒主要发自对传教士人格和基督教伦理的崇敬，而对基督教信仰尚无较深入的了解，甚至对基督新教与天主教的区别也还不清楚。日本信徒们多是从“仁”等儒家思想出发而接受基督教“爱”的理念的。小崎弘道就具有深厚的儒学修养，他后来在提及自己接受基督教的时候曾说过：“不是弃儒信耶，而是为了实现儒家精神才接受了基督教。”[55]