明治政府成立之初，完全继承了作为德川幕府“祖法”的严厉禁止基督教的国策，只因列强强硬要求取消对基督教的禁令，明治政府才被迫承认基督教在日本的合法性。这并不愉快的序幕注定了日本基督教会的坎坷命运。