自明治以来，佛教界始终把“护国即护法”作为自己的护身符，但是到19世纪末20世纪初，随着日本开始进入帝国主义阶段，佛教界开始出现要求脱离政权甚至与帝国主义相对峙的诉求。

1899年由在家佛教徒组成佛教清徒同志会（后更名为新佛教徒同志会）并发行《新佛教》（1900）杂志，提倡“新佛教运动”。《新佛教》创刊号就明确地提出以实行新佛教为己任，对当时的佛教界状况进行了批判，认为：佛教教团是旧佛教，习惯腐朽、形式陈旧，仅教人超自然的幽远和无常观而与人生本义和人类正义毫无关系，思想陈旧等等。

新佛教运动提出六条纲领[44]：

1.以佛教的健全信仰为根本意义；

2.振兴、普及健全的信仰、知识及道义，致力于社会的根本改善；

3.主张对佛教及其他宗教进行自由研讨；

4.期待根除一切迷信；

5.不认为有必要保留传统的宗教制度及仪式；

6.拒绝一切政治上的保护和干涉。

上述纲领与“旧佛教”形成了鲜明的对照，透露了新时代清新的气息，并以此来尝试否定旧佛教，树立新佛教。他们开展了诸多社会活动，诸如：与旧佛教展开论争、反对对宗教实行政治干预、针对日俄战争发表厌战言论、甚至与一些基督教教派接触，与以堺利彦为中心的平民社交往、参加废娼运动等等。新佛教运动对佛教的现代化产生了很大的影响，但是也因为这些激进的主张，《新佛教》遭到政府封杀，新佛教运动同仁也遭到了来自佛教教团的激烈迫害。

与新佛教运的社会实践相对，同时出现了从佛教自身追求树立近代信仰的“精神主义”运动，其指导人物是崇尚西洋哲学而又亲身苦行禁欲生活的真宗大谷派学僧清泽满之（1863—1903），其思想载体是1901年创刊的《精神界》。《精神界》第一号上就对“精神主义”作了诠释：“作为吾人处世之完全立脚点，依存于‘绝对无限者’，而得到此立脚点的精神发达的途径，谓之‘精神主义’。”[45]这里的“绝对无限者”指的是信仰对象的神圣，在佛教即意味着佛、如来。精神主义主张自身的信仰经验，强调要从现实的烦恼苦闷中解脱出来，就需要通过精神内省的途径来完成，无需为向外追随他人而烦闷忧苦。自身精神不足时应求之于“绝对无限者”，而不应该求之于“相对有限的”人或物。“精神主义”既是生活在通过自身与“绝对无限者”相对应而生成的内在充实的精神世界。简而言之，既是在自身有限的精神中开发无限的大境界，这是一个不断修行的结果。

上述理论属宗教性的信仰学说，过分强调了主观的绝对性，似乎显得过于消极。不过，如果观照当时日本社会的状况不难发现“精神主义”的创造性和独立精神。首先，“精神”一词是取自西洋哲学中的概念，但是其思想基础却是东洋的佛教，即从哲学复归宗教。由此，与“破邪显正”相对，迈出了佛教与西洋哲学对话的一步。清泽满之虽然以40岁生涯早逝，但他的思想为日本佛教界和思想界留下了重要的遗产，对其后创立日本近代哲学体系的西田几多郎产生的影响尤为深刻。其次，当时国家主义发展趋向军国主义化，佛教教团也大多依附于权力而被编入国家主义体制之内，一些有独立思考精神的知识分子深受压抑。而“精神主义”的特征是与教团佛教、学问佛教、社会佛教不同的精神上的“信仰佛教”。这种信仰并不是消极保守的，而是针对垄断资本主义和帝国主义时代所产生的残酷的社会弊端给人们带来的烦恼，即针对近代人的近代烦恼而提出的精神解脱的途径，开拓了一条挣脱政治束缚的近代宗教信仰的路径。因而，“精神主义”是对佛教走向政治化的国家主义的抵制，捍卫了佛教自身的尊严，显示了思想自卫、信仰自救、精神独立等文化意义。

与“精神主义”一起探索近代佛教进路的还有：近角常观（1870—1941）的求道学舍发行的《求道》，提倡实践信仰的“求道运动”；伊藤证信（1876—1936）刊行《无我之爱》杂志，倡导“无我之爱”运动等等。此外，前述新佛教运动展现了佛教积极进取的一面，佛教中部分人士积极地研究社会问题，开始接触社会主义运动，新佛教教徒同仁与堺利彦、幸德秋水等平民社成员保持着密切的关系。1910年政府以“大逆事件”为由，镇压社会主义运动，被执行死刑的幸德秋水等“十二烈士”中就有僧侣内善愚童表现得极为慷慨，同时还有两名僧侣被判无期徒刑。

然而，这些运动都没能阻止佛教与国家权力的结合。1904年日俄战争爆发，神道、佛教、基督教三教代表1500余人参加了大日本宗教大会，分别派遣随军布教使和慰问使。佛教各宗共派遣布教使60人，慰问伤员、举行招魂法会等等。日俄战争后，教团佛教堕落为国家权力的御用宗教，而且成为抑制社会主义等进步势力的工具。1911年政府明确强调宗教在抵制“危险思想”对策中的作用。佛教方面，在出席1912年由内务大臣主持的三教会议上作出决议：“吾等各发挥自身教义，扶翼皇运，以图国民道德不断振兴”；“吾等融和政治、宗教及教育，以资伸张国运。”[46] 1904年，日本佛教各宗有寺院72002所，住持53110人，檀家28131655人，普通信徒19036575人。[47]这些数字表明，佛教在下层群众中具有相当广泛的基础，由此也可以知道佛教教团的政治倾向将对日本政治，尤其是在对外战争动员中将起到至关重要的作用。

由上述可见，明治佛教分离为两个发展方向，一是以佛教教团组织为主导的通过与国家权力妥协而维持佛教的势力；二是以知识层为主的试图通过脱离政权而实现近代佛教的独立，而最终后者的呼声几乎被前者淹没。