早在明治初年，明六社成员森有礼、西周等人就曾宣传信教自由，佛教界也有考察过欧洲宗教状况的岛地默雷提倡信教自由、政教分离，并提出“神道非宗教论”，即日本国民无论信奉哪种宗教都是自由的，而敬神是国民的义务。但是，岛地默雷的信教自由论中却包含着排斥基督教的内容，认为基督教是“国家之祸害”。这种“基督教国害观”反映了当时整个佛教各派的共同意识。佛教大难不死之后，在佛教的启蒙运动中出现了一个结社办刊的高峰。

明治初年到19世纪80年代后期与佛教有关的主要结社和杂志[42]

《报四丛谈》的宗旨是报四恩，即父母之恩、圣贤之恩、四海兄弟之恩和国君之恩（也就是佛教讲的父母、三宝、众生、国王四种恩德）；《明教新志》宣传佛教精神、自由平等思想、国家主义的三者结合；《令知会杂志》提出引导世间文化走向开明之极点是佛教的任务；《能润会杂志》的目的是扩张佛教之真理，以祈求日本国之文明进步和国民之幸福，为此僧侣应积极与文明开化风潮相协调，以此来显现佛教的时代性；《反省会杂志》主要是从事矫正风俗的宣传。此外，大内青峦还加入1874年9月由小野梓、马场辰猪、口田卯吉等人创办的《共存杂志》，从佛教的立场论证人民的权利与义务、人类共存等观点。

这个时期佛教还向海外派遣留学生，表现了自身的进取性。19世纪中叶在英法等国兴起了搜集、研究梵文和巴利文经籍的风潮，这对日本佛教界产生了巨大的刺激，各宗派纷纷派员赴欧美取经。如：真宗西本愿寺1872年1月派岛地默雷等巡游欧美，分别于1873年和1874年归国；东本愿寺于1872年9月派法嗣现如等赴欧洲，翌年7月回国。此后， 1876年东本愿寺又派南条文雄、笠原研寿赴英国专门学习梵语，而西本愿寺分别于1875年派今立吐醉赴美、1881年派北畠道龙赴欧美、1882年加派藤枝泽通和藤岛了稳赴法国、菅了法赴英国。其中藤枝在法国滞留约10年、菅了法滞英两年半学习梵语，藤岛在法国9年，用法语从事日本佛教的介绍。这些归国留学僧，在校勘出版佛经等领域，为日本近代佛学研究留下了诸多业绩，南条文雄除佛教研究业绩外，还就任真宗大学（后来的大谷大学）校长[43]。总之，这时期的佛教僧人留学潮为近代日本佛学研究和佛教的发展做出了重要贡献。

由上述可见，从废佛毁释灾难中苏醒过来的佛教，为自己的生存展开了进取革新运动，并向社会宣传佛教也参与到文明开化中来，显示出积极向上的姿态，同时也在实现佛教向近代的转型。

19世纪80年代后期，是日本国家权力的确立时期，随着《大日本帝国宪法》和作为国民精神和国民道德准则的《教育敕语》的颁布，形成了对此前欧化风潮的反动。之后，佛教界虽然仍在进行结社活动，但之前的启蒙性质逐渐褪色。岛地默雷、井上圆了与三宅雪岭、志贺重昂等人结成政教社，发行机关刊物《日本人》；以大内青峦为中心的一批僧俗两界同道结成“尊皇奉佛大同团”，发行《大同新报》杂志，旨在以尊皇奉佛的形态实现佛教与国家主义的结合。

这一时期佛教界的主要精力还集中在“破邪显正”运动。所谓“破邪显正”即是在反对基督教的基础上显示佛教的“正道”。1873年明治政府被迫废除对基督教的禁令，明治宪法规定的信教自由又进一步承认了基督教的合法地位，实际是把基督教与佛教放在了同等的位置。这意味着佛教好不容易与神道委屈言和，又迎来了基督教这个新的竞争对手。

真宗大谷派僧侣井上圆了（1858—1919）可以说是这个时期“破邪显正”的旗手，他于1885年毕业于东京大学哲学科，对西洋哲学也颇有研究，著述多达百余部。井上代表作《真理金针》《佛教活论》（由《佛教活论序论》《破邪活论》《显正活论》《护法活论》四编组成）颇具影响力。井上圆了从哲学的角度对佛教进行了诠释，并证明佛教可对国家发挥作用，同时认为基督教是反哲学、反国家的，佛教能经得住哲学的批判所以是真理，而基督教与真理不合所以应该排斥。1887年井上圆了创立哲学馆（今东洋大学），教育内容是囊括神、儒、佛的东洋学，校训是“护国爱理”。然而，井上排斥基督教并不是要排斥西洋思想，这也可以从他于1903年为祭奠世界哲学四圣（释迦、孔子、苏格拉底、康德）开设哲学堂得到证明。

为向政权靠拢并争取民心，佛教各派在甲午战争中积极配合战争，进行从军传教，慰问士兵和野战医院伤员，以各种方式祈祷战争胜利等等。可以说，佛教在完成了与时代相适应的过渡期后，逐渐失去了启蒙时代的近代性，转向狭隘的国家主义。另一方面，面对基督教在日本兴办的慈善事业尤其是在教育等领域的影响，佛教也不得不被迫跟进，诸如设立孤儿院和慈善医院、从事防止溺婴运动、设立感化院、兴办护士培养所等等，志在扩张佛教的影响。