佛教自从6世纪进入日本，始终与政权关系密切，也是日本人重要的精神依托，这可以从古代神道对佛教的依附关系得到证明。佛教虽然在战国时期曾一时成为织田信长的死敌，但是随着丰臣秀吉逐渐统一日本，佛教也重新屈从于世俗政权。“1595年由天台宗、真言宗、律宗、日莲宗、净土宗、一向宗、五山等各派百名僧人参加的大佛殿千僧供养仪式，意味着秀吉对整个佛教界统治权的确立。”[31]及至江户幕府建立，1635年幕府设立寺社奉行，管理寺社一般行政事务和裁判等，并监督僧尼和神官，将佛教和神道纳入了幕府的行政管理体系。此外，为了剿灭天主教的精神影响，开始借助佛教势力，甚至把佛教寺院当作幕府的一级行政单位。这就是所谓的檀家制度，即所有家庭必须要与特定寺院结合在一起，各寺院要拥有一定数量固定的檀家（施主），檀家要承担檀那寺（即檀家们归属的寺院）的经济和礼仪等方面的义务，同时也有任免住持等权利。檀那寺俨然是幕府行政体系中的基层单位。当时为证明自己不是天主教徒或者已经放弃天主教信仰，必须得到寺院僧侣的花押证明。1664年又建立“寺请制”，即凡结婚、供职、旅行、转居等必须要有寺院颁发的非天主教徒的证明。简而言之，整个江户时代幕府对佛教采取的是利用、限制和统制管理的政策，甚至严禁佛教界在佛学论争中发表“异说”，尤其严禁破坏其他宗派秩序的理论。佛教也乐得趋附于幕府的管理体制，以换取自身的安定。由于佛教完全依附于政权，因而迅速走向世俗化、伦理化，成为幕府的政治工具。总之，“可以说在日本从未有过脱离世俗的宗教……佛教反映出对世俗的关心”。[32]本来日本文化中的宗教信仰心就很弱，加之幕府的“宗教行政化”政策，可以说江户时代几乎是没有宗教的时代，至少是很少迷信的时代。

至于江户时代佛教本身的发展，主要体现在各宗派复兴戒律和护法思想，因而于佛学理论方面的建树远不如镰仓时期的佛教。