除上述日本各地的兰学塾外，在长崎还存在着独具特色的兰学塾，即由荷兰商馆医生西保尔德开设的鸣泷塾。
1823年，德国籍医生西保尔德（Philip Franzvon Siebold，1796—1866）作为荷兰商馆医生前来日本。西氏家族为德国医学界之名门，西保尔德的祖父、父亲、叔父皆为大学医学教授，西保尔德本人于1820年从大学医科毕业。西保尔德不仅在医学领域，而且于其他诸多科学领域也具有广博的学识。1824年12月，荷兰商馆长在给长崎奉行的推荐信中称：“西保尔德在医术尤其是外科手术、眼科、产科及植物学、物理学、地理学等领域经验丰富，即使在荷兰也属名家。该氏居长崎近一年中，从事内外科诊疗、手术，拯救诸多病人于笃危。”[40]可见，西氏的知识结构和功底是相当广泛而深厚的。他的来日使兰学又获得新的发展。
西保尔德在学生时代就曾雄心勃勃地立志要对东洋进行全面的综合研究，到日本的翌年即在长崎郊外的鸣泷开设学塾，称鸣泷塾。鸣泷塾既是学塾又是诊疗所，西保尔德在鸣泷塾做过腹水穿刺、肿瘤切除及其他外科手术和眼科、产科、妇科手术[41]，由此丰富了塾生们的临床经验。西保尔德的教学不仅限于医学，还包括其他西洋自然科学。此前兰学家们学习、研究兰学的主要途径是翻译、阅读兰书，而鸣泷塾的兰学家们则有幸直接受教于西洋人，他们能够随时请教，得以更深刻地体会西方科学的奥义。当时从学西保尔德的塾生们，年龄多在20—30岁之间，而且都已经具备了相当的兰学知识，因而鸣泷塾的教学水平是高层次的。西保尔德一改埋头翻译的日本兰学传统，把他自己研究日本计划中的课题分派给学生们，并要求学生用荷兰语提出研究报告。据板泽武雄统计，塾生们提交的有代表性的主要论文有：美马顺三的《日本产科问答》、高良斋的《生理问答》《日本疾病志》、高野长英的《日本茶树栽培与茶叶制法》等15篇。[42]
上述方式不仅使学生们提高了运用荷兰语的能力，而且有利于学生们直接学习西方近代科学试验观察的理论和方法，进而提高了对西方科学实际应用的能力，为日本人独立进行近代科学研究奠定了基础。这种教学与研究有机结合的教育方式，改变了学生单向接受的传统形式，在日本建立了类似近代大学的教育新范。它不仅在兰学史上具有重要意义，而且在日本学术、教育史上也具有划时代的意义。高野长英可算是鸣泷塾中的佼佼者，他通过向西保尔德提供包括日本地志、历史、民俗、艺术、医药、渔业等多方面的报告，深入而多方面地掌握了近代科学研究方法，成为当时公认的“超一流”兰学家。在京都大地震后，他及时著成《泰西地震说》，介绍了欧洲的地震理论。1836年遇全国大饥馑，又著《救荒二物考》，试图将兰学知识真正变成致用的科学。通过高野长英的事例，也可以窥知西保尔德的教育成果。
更可贵的是，经西保尔德教诲的兰学家们，皆以拯救黎民为己任，如二宫敬作的信条是以施治贫者为天职。又如高良斋在其提供的论文报告《日本疾病志》中，向西保尔德提出要求说：“花柳病在我国也逐渐蔓延，若先生返国后将充分治疗此症之书籍赐下，则不唯我等之幸福，亦乃全体日本人之幸福。”对此，西保尔德慷慨应允：“我志信守约言，每年予阁下最新、最佳之作。”[43]可见师徒二人作为医生的使命感何等强烈。高野长英为避西保尔德事件，曾寄寓广濑淡窗之门。淡窗评价高野长英说：“出入吾门者甚多，然须臾不忘国家者唯长英先生。”[44]
西保尔德为日本培养了一批具有西方近代科学精神的兰学家。当时在鸣泷塾就学者凡百余人，其后多为著名兰学家。诸如后述蛮社主要成员高野长英、小关三英、开设象先堂的伊东玄朴、幕府蕃书调所教授伊藤圭介、黑川良安、参加《厚生新编》翻译的凑长安、竹内玄同等。鸣泷塾生不仅人数众多，而且如前所述他们还遍布日本各地。诚如西氏所说：“鸣泷成为尊崇欧洲学术之日本人的集聚地……由此区区小天地将科学的新曙光辐射四方。”[45]
西保尔德在实行兰学教育之外，还开展了与日本学者之间的学术交流。1826年西氏结识了作为幕府天文方的优秀地理学家高桥景保，并将当时国际航海学名著《世界周航记》《荷兰王国海外领土全图》《拿破仑战史》等西文原著赠与景保。景保则回赠了由其学生伊能忠敬通过实地测量而绘制的《日本沿海舆地全图》《虾夷地图》，并借给西保尔德一些贵重资料。其后，高桥景保与另一位兰学家青地林宗，据《世界周航记》摘译成《奉使日本纪行》，而西保尔德回国后也撰写了《日本地图海图图谱》，是为日本与西方民间学术交流的滥觞。幕府侍医、当时日本著名的眼科专家土生玄硕为了得到西保尔德的兰方开瞳剂，竟然不顾幕府的大禁，把将军赐予他的绘有将军家徽的葵纹服赠与西氏。玄硕不无悲壮地说：“将葵纹服赠与外国人乃国禁，犯之难免死罪，然此乃奇方，今日不传，何日可得以济同胞之疾。虽触刑捐躯，将此方传于子孙，以拯救万民疾苦，足矣。”[46]在与西保尔德交往的人物中还有鹿儿岛藩主岛津重豪、岛津齐彬、中津藩主奥平昌高、福冈藩主黑田齐清等“兰癖大名”。由此也可以想见西保尔德对日本兰学所产生的影响，以至当时有“西保尔德旋风”之说。
然而，西保尔德在当时并没有得到应有的回报，反而因“西保尔德事件”被幕府驱逐出境。但是，他在日本科学史上却留下了光彩夺目的一页。日本人没有忘记这位传播西方科学的使者，他们对西保尔德的评价是“日本科学史上的大恩人”。明治十二年于长崎所立西保尔德纪念碑铭云：“致今日之文化者，其功竟不得不分诸施（西保尔德旧译为施福多）君也。”[47]