下面举要介绍一下兰学各主要学科的发展情况。

医学的进步带来了药物本草学的发展。在这一领域独占鳌头的当属宇田川榕庵，他通过研究瑞典著名植物学家林耐（Carlvon Linne）的著作，拟照佛典文体撰著了《菩多尼诃经》。该书首次将林耐的植物组织理论介绍到日本。1835年榕庵又著《植学启原》，阐述了植物的构造、组织、生理及林耐的分类法，并扼要论述了植物学在广阔的科学体系中的位置和研究方法，从而在日本建立起近代植物学理论。

在天文学领域，最引人注目的是本木良永（1735—1794）引入了哥白尼的太阳中心说和地动说。他于1774年和1793年先后翻译了《天地二球用法》《新制天地二球用法记》，专门介绍了哥白尼的太阳系理论以及经开普勒、伽利略直至牛顿的地动说的发展，并指出托勒密的地球中心说是旧学，而哥白尼创始的太阳中心说为新学。本木良永的弟子志筑忠雄（1760—1806）对牛津大学教授凯尔（Tohn keill，牛顿的学生）的天文学著作潜心研究20余年，于1802年编译成著名的《历象新书》[48]。该书由三编组成，上编包括地动说、天体运动，并详细论述了太阳系各项常数及运动规则；中编提出了“众动一贯”理论，即以引力法则解释天体运动；下编阐述了上述理论的数学基础，对向心力和椭圆运动做了图解。通过本书的翻译，牛顿的天体力学体系被移植到日本。更值得注意的是，该书不仅仅是原书的翻译，其中还加入了译者的诸多创见。志筑忠雄在该书附录《混沌分判图说》中提出了与康德（1755）、拉普拉斯（1796）宇宙起源星云假说[49]相媲美的星云说理论。当时康德和拉普拉斯创立的星云假说理论象征着欧洲天文学的发展水平，恩格斯赞誉它是“从哥白尼以来天文学取得的最大进步”。[50]志筑忠雄完全依靠自己的研究，而且是与欧洲几乎同时代建立起自己的星云假说理论。[51]可见他对西方近代科学理论的理解已经相当深透了。志筑忠雄通过译著《历象新书》和自己潜心研究的成果，在日本构筑起近代天文学及天体力学的理论基础。

随着兰学研究领域的扩展，穷理学（当时对物理学和化学的总称）也开始在日本植根。前述《历象新书》虽已接触到物理学，但尚处于从属天文学的阶段。1825年，青地林宗（1775—1833）译述的《气海观澜》，描绘了19世纪初欧洲基础物理学的概况，使物理学在日本形成了一门独立的学科。1836年，帆足万里在参考10余种欧洲天文、物理、博物、地理等领域著作的基础上，撰成《穷理通》。该书凡8卷，第1卷为中国、埃及、希腊的古代历法；第2卷论及恒星、银河，明确指出太阳也是恒星之一；第3卷说明太阳系、太阳的自转以及日食和月食的原理；第4卷讲述地球形态、地势、气候、地质到海洋潮汐；第5卷以下记述了引力、大气及其有关问题。该书最大的特色在于试图将以自然科学为基础的世界观体系化，日本学者称其为日本自然科学史上划时代的著作，明治维新时代来日本的荷兰人也“为江户时代能有如此杰出的学者而颇感惊异”。至天保年间（1830—1843），化学也以舍密学的名称形成独立的学科。宇田川榕庵撰《舍密开宗》（1837）全21卷，内容包括无机、有机和分析化学，并以被称为近代化学革命的元素概念为中心，论及化学反应和试验方法，为日本化学研究奠定了基石。

从以上兰学自然科学各领域的成果不难看出，西方近代科学的主要成就已大体移入日本，以至日本学者认为兰学阶段是一个科学的新时代[56]。