南蛮文化时代传入日本的科学技术涉及医学、天文学、地理学、药物学、农学、数学、测量学、兵学、航海造船技术等领域。对此，难以一一言及，因而从中选择影响较大的前三个领域做一扼要概述。

日本的医学至战国时代一直沿用汉方医学，即中医。耶稣会传教士来日本后，带来了西方医学，时称南蛮医学。如前所述，耶稣会在日本各地设立医院，以南蛮医学救治了众多疑难病患者，使耶稣会成为现世的救世主。以至于当时日本首屈一指的名医曲直濑道三也被传教士的医疗活动感动而接受了洗礼，并带领弟子们加入了传教士的该项活动[96]。传教士为上述成果所激励，遂将医疗福利活动作为传教的重要渠道之一。他们在长崎建立了“慈悲屋”（慈善医院）、圣地亚哥医院等九所医院[97]，并以此为辐射源，在京都、大阪、堺市、有马、和歌山等诸多城市和地区设立了许多大小不等的医院或诊所。由此，“南蛮医学”迅速传播。

耶稣会的医疗设施对各类疾病治愈率很高，尤其是外科手术更受到了极高的评价，不但患者大量涌来，而且日本医生也接踵而至。为此，耶稣会士阿尔梅达（Almeida Luis，1525—1583，此人持有葡萄牙王朝签发的外科行医许可证）于1558年开始临床教授指导日本人使用西药，施行手术[98]。府内医院遂成为培养西医人材的基地，使日本人开始接触、学习西洋医学，实为日本医学史上一大界碑。耶稣会创办的上述医疗设施很快在日本造就了一个西医流派。如粟崎道喜、中条带刀、坂本养安等人都是当时杰出的西医师。他们吸收和传播了重视实验的南蛮外科医术，为当时日本医学界所瞩目。现存最古之南蛮医书为山本玄仙所著《万外集要》（1619），而影响最大的当属泽野忠庵（Christovao Ferreira，1580—1650）[99]所著《南蛮流外科秘传书》。值得注意的是，泽野忠庵的著作中系统介绍了因文艺复兴而重新受到推崇的古希腊名医希波克拉底的**（血液、黄胆汁、粘液、黑胆汁）病理理论。据《本朝医考》评价，在当时诸多医书中，泽野忠庵的著作享有绝对权威。就连主张剿灭天主邪教的代表人物林罗山也不得不在《外科万粹类编》的序言中承认了南蛮外科的优越性。

在天文学领域，自沙勿略来日之初，就开始向日本人讲述显示宇宙构造和天体运转的自然神学，以证明创世主信仰的绝对性，并极大地诱发了日本人的好奇心。沙勿略在给会友的信中描述了当时的情况：“日本人不知道地球是圆的，也不知何为太阳轨道。他们对流星、闪电、雨雪等自然现象提出了种种疑问。由于我们对所有的质问作出了充分的解答，使他们得到了满足，因而把我们称为学者。由此，我们的说教也使他们深受感动。”[100]为此，沙勿略在给耶稣会总会长罗耀拉的信中提出：“来日本的神甫必需具有可以解答日本人无数疑问的学识，希望他们应该是哲学家（这里也包含自然科学），最好能精于宇宙现象。因为日本人热心于天体运行、日食、月亮盈亏的原因等问题。此外，对于雨水从何而来以及彗星、雷鸣、闪电等万般自然现象的说明，有利于获取日本民众的心。”[101]可见，从沙勿略开始耶稣会就已经把介绍西洋科学知识作为传播天主教的重要手段。

1594年耶稣会代理日本管区长高麦斯（Gomez Pedro，1535—1600）依据古希腊托勒密的天文学理论编成《哲学神学提要》，用作教会学校的教科书。该书叙述了行星、银河、地球、日食、月食及复杂的天体运动理论，并解释了气象及地震等自然现象。当然该书的天文学理论还属于哥白尼以前的地心说体系，而且最终目的在于证明上帝是宇宙运行的“第一推动力”。但是应该看到，如果抛开其哲学本体论，这个体系在科学上的基调是“地圆说”，即认为地球是一个圆体。这是基于自然哲学原理的合理思辨的解释。这种地圆说体系明显地进步于当时日本人在该领域的认识水平。当时日本人对宇宙的认识基于两种原始理论：其一是佛教的“须弥山天界”说[102]；其二是中国古代的“天圆地方”说。前者显系神话，后者也被环球航行的实践证明为谬误。欧洲的天文学在日本很快得到承认，以至于“世间一般认为，有关天文地理之说以天主教之学问为最优”。[103]传教士传来的欧洲天文学第一次把日本人的视野扩大到宇宙。1605年耶稣会士斯比诺拉还专门在京都的“南蛮寺”开设了一所叫做格里高利学院的机构，专授数学和天文学。另外，为吸引日本人对教会的兴趣，各主要教堂也都备有天体观测仪等欧洲天文仪器。

日本的地理学也是在西方知识的刺激下开始起步的。葡萄牙人来日本以前，日本人对自己国土的知识仍相当原始而粗略。当时通用的日本地图称作“行基图”，一般认为它不过是根据行基和尚等云游僧们的经历而集成的不确切记录。[104]“行基图”仅绘有五畿七道及所属地方国名，因之只不过是简单的行政区划图。1590年，葡萄牙传教士摩莱拉（Moreira Ignacio，1538—？）使用观象仪首次测定了西日本的纬度，开始绘制科学的日本地图。日本的世界地理学也是传教士来日以后才开始形成的。此前日本人的世界地理知识极度贫乏，传统的“三国世界观”[105]可证明这一点。通过与欧洲传教士的交往，并观看他们带来的地球仪，才使日本人认识到传统世界地理知识的狭隘性。织田信长曾屡次请传教士在地球仪上指明来日本的航路。1590年天正少年西游使团归国时，向丰臣秀吉进献了一部当时新制的、由53页分图组成的奥尔特里乌斯世界地图集[106]，使日本人第一次比较完整地了解了世界。丰臣秀吉对此爱不释手，因命画师狩野永德将其中的一幅放大绘在屏风上，甚至丰臣秀吉的扇子上也绘有远东地区的地图。以至有日本学者认为，丰臣秀吉的对外扩张野心很可能是受到了新的地理知识的刺激和影响。至1603年，深田正室终于完成了第一幅由日本人自己绘制的世界地图，成为日本世界地理学研究的开端。

随着世界地理学的传入和南蛮贸易的刺激，西方先进的航海技术也逐渐为日本人所掌握。1618年池田好运根据其世界地理学知识和随葡萄牙商船航行马尼拉的亲身经历著成《元和航海记》一书。该书介绍的天文、地理、数学、航海仪器、气象海潮观测、测量纬度、海深、风位等诸多航海技术，都是当时最先进的葡萄牙航海技术的精华，因而被誉为“天下第一之珍书”[107]。其后1671年岛谷定重的小笠原群岛探险以及1688年“快风丸”的北海道探险等活动都是以《元和航海记》为技术依据的。航海技术的更新，又刺激了造船业的发展。当时的统治者出于军事、经济的需要，都对西洋式船只表现出极高的热情。1578年织田信长曾命部下在葡萄牙技师指导下建造了铁甲船。德川家康也因对外贸易的**，在传教士的帮助下建造西式帆船。更令人惊异的是，庆长遣欧使一行横渡大洋的旅欧船只就是日本人自己制造的。由此也可知当时日本的造船技术已达到相当高的水平。