耶稣会兴办的教会学校教育是南蛮科学传播的滥觞，这里先就教会学校的情况做一素描。当时的日本可称作学校的只有足利学校，除此之外主要是武士教育和寺院教育。武士教育基本上是灌输忠君、勇武的武士道思想和教授弓马武艺之术。寺院教育主要是读千字文、和歌、咏诗等，后演变为“寺子屋”，大致与中国的私塾相似。就是这些简单的教育设施，在战国时代也已一蹶不振。随着天主教的传播，耶稣会在日本开展了不同于日本传统的、有组织、成体系的西式教育活动。1561年，传教士在府内开设了第一所教会初等学校，至1583年这类学校约达200所，累计学生人数约1. 2万人[95]。这些学校的课程有阅读（包括罗马字）、音乐（赞美歌和西洋乐器）、礼法、绘画、谈话术、修辞法、戏剧等科目。为培养日本人传教士，1580年在范礼安的努力下，耶稣会先于有马开设了神学校，翌年又在安土建校，并在府内创办了神学院。神学校是进入神学院之前的中等预科教育，课程设置有拉丁语、葡萄牙语、日语、日本文学、历史、数学、音乐、绘画等。神学院是更高一级的学校，以神学、哲学教育为中心，是培养神职人员的学校，同时也是耶稣会的修道院。神学院的具体课程分为两大系列。第一系列有文法学、修辞学以及有关语言的其他学科。第二系列分为三大类，即自然、人伦、超自然的哲学。自然包括几何、算术、音乐、天文；人伦包括政治学、经济学、伦理哲学、世俗法、教会法；第三类又称第一哲学，即形而上学。从上述课程设置看，当时欧洲教育中的所谓自由七科（文法、修辞、辩论、几何、算术、音乐、天文）已经全部包摄其中。神学院的另一个职能是开展日本研究工作，包括出版辞书以及文法、宗教、历史等类书籍。这种兼行教学、科研的方针与当时欧洲的大学基本相似。

在当时教育事业十分匮乏的日本，耶稣会兴办的三级教育体系及其丰富新颖的教育内容所发挥的社会效益是不难想象的。它在传播宗教的同时，将西方的学艺移植到日本，更为西方科学技术在日本的传播奠定了综合知识基础。