以上侧重分析了日本统治者与天主教势力发生冲突的政治经济背景。另一方面也不可忽视这种对立冲突的文化原因，当然它并非单纯的两种文化形态的自然冲突，而是与深藏其中的社会政治根源相互缠绕在一起的。在封建社会里，对某一异质文化的态度往往会因阶级的对立而分解为两种不同的取向，即统治阶级与被统治阶级的文化需要是不同的，有时甚至是正相对立的。因而前者为保证其统治系统的稳定，总是要竭力防止一切文化越轨行为。依据这条线索，当日本的军事强人统治者站稳脚跟后，异己的天主教文化就在劫难逃了。

另一方面，耶稣会的文化适应传教策略也是有其限界的。尤其是传教士们看到传教过程进展顺利，并逐渐意识到“大日如来”与天主绝不可同日而语时，为避免“同名异神”的尴尬局面，将Deus改音译为“デウス”。也正因为这次改译，留下了与日本统治者在信仰层面上发生正面激烈冲突的隐患。正如一位法国学者指出的：“天主教是一种要求移风易俗、怀疑成规的宗教，这首先预示着有冒破坏现存秩序的危险。”[75]天主教只信仰至高无上的天主，不允许崇拜任何其他偶像，在天主教看来，没有哪一种神灵能享受与天主同等的荣光。在日本世俗最高主宰者尚未确立的社会状态下，统治阶层还无暇顾及天主的地位。加之，耶稣会在当时仍具有无以代替的利用价值，因而统治阶层暂时承认了天主的存在。但是，随着集权政治趋向稳定，日本的本土神与天主的对立便公开化了。

在信仰领域，日本已非一张白纸，它通过奈良时代“神佛习合”及平安时代“本地垂迹”[76]理论的整合，已经将天照大神与大日如来熔铸为一体，即“神与佛其名异而其趣一者”[77]，由此创造出自己的崇拜偶像。同时，统治者还引进了儒家思想中维护封建体制的社会伦理，组成三教合一的“正法”，从而模造出抵御异己文化的思想武器。丰臣秀吉曾在给印度总督的信中宣示了以日本神为中心的三教一致原则：“吾日本国乃神国……支那称此为儒道，天竺称之为佛法，而日本尊之为神道。吾人坚守此道，无需其他说教。”[78]而传教士“不知仁义之道，不敬神佛，不分君臣，唯以邪法破正法为事，自今以后不得妄言。”[79]德川家康在给西班牙总督的信中则宣布：“吾国乃神国也，尊神崇佛始自日本肇国，佛即神，神亦佛，两者同一。固君臣忠义之道，坚守国家统一，乃吾日本向神誓忠及崇仰神之明证也……仁义礼智信之理，亦皆含于神意之中。此乃与贵邦实为相殊也。”[80]这两段议论似乎表明了丰臣秀吉和德川家康坚决保卫本土神的志向。然而，从中可窥见，他们对神佛的解释极其空洞，而对儒教中的君臣大礼等说教却作了具体说明，前者只是为后者蒙上神秘的权威色彩，而后者才是问题之所在。换言之，天主教在日本的真正对手并不是虚幻的神，而是世俗的最高统治者。由此看来，天主与日本军事独裁者之间争夺绝对信仰权威的冲突便势所难免了。

丰臣秀吉和德川家康何以如此热衷于神？进而分析一下就会发现一条清晰的线索。日本的神始终是为君权神授服务的，它与人同属一个系列。其逻辑公式为：天照大神是天皇家族的祖神，天皇以天照大神后裔的资格统驭日本，而自幕府政治以来，将军们往往借助天皇的“天威”来神化自己。一代枭雄丰臣秀吉为稳固其统治，曾努力使自己神格化，甚至编造神话故事，说他母亲是受孕于太阳，因而他就是天照大神的后裔。他极力鼓吹作为“神国”的主宰者不单单是凭借武力，还在于他被授予了神的权威。丰臣秀吉曾明确地说：“在神国日本不可奢谈基督，所谓神乃日本之统治者，而天主教损及统治日本之神的尊严。”[81]按照这种逻辑，神就是他自己。之后的德川家康被称为“东照大权现”，实乃一脉相承。当时的“黑衣宰相”崇传秉承幕府的旨意，作了如下结论：天主教“实神敌佛敌也，若不急禁，后世必为国家之患。”[82]可见，只要传教士不放弃对天主的绝对信仰，无论怎样适应日本文化也不可能得到统治者的真正认可。除非传教士肯把天主“垂迹”为日本的神，并像佛教那样使信仰趋附于世俗统治者的**威之下，而这又超出了耶稣会适应政策的最终界限，是绝不可能成为现实的。

与上述线索相关联，按照德川幕府儒官林罗山的推理，甚至传教士传入的地球仪也被列为“异端”。以下是他与日本人神父巴毗庵面对地球仪进行的一场对话：“春（林罗山法号道春）曰，有无上下乎。干（巴毗庵亦作巴鼻干）曰，以地中为下，地上亦为天，地下亦为天。吾邦以舟运漕大洋，东极是西，西极是东，是以知地圆。春曰，此理不可也，地下岂有天乎。观万物皆有上下，如彼言无上下，是不知理也。”[83]如所周知，儒家理论中的天地概念是与人伦相关联的，讲天地之理的目的是要引申出人伦秩序。因此在林罗山看来，巴毗庵之说无异于釜底抽薪，为此不得不“上纲上线”了。林罗山的结论是“侮圣人之罪，是可忍，孰不可忍也。若又以是惑下愚庸庸者，则罪又愈大也。不如火其书。”[84]不难看出，这场争论已然超出天文学的范围，林罗山对地圆说的恼火，是因为他认为，这种理论将会成为否定日本上下有序的等级身份制度的依据。这实际上是一次“风马牛”的对话，巴毗庵“无上下”的地圆说理论无意中触痛了儒家“上下有序”的社会政治伦理原则。

林罗山之论虽属吹毛求疵，却也的中要害。天主教信仰与日本上下有序的封建伦理观念确实是水火不相容的。在当时的日本社会，臣下对主君尽忠是日本武士道的主要内容之一，而信奉天主教的武士们却不能无条件地遵从这一伦理。耶稣会传教士虽然努力适应日本的忠君从父等传统伦理，但前提是“不悖天主”，并提出：“对天主的敬奉应在主人、父母之上，如主人、父母违背天主之教诲，则不可服从，以至不惜生命。”[85]日本信徒们援引这一信条，公开向主君提出了挑战。曾为丰臣秀吉立下卓著战功的高山右近就回绝了丰臣秀吉要求他弃教的劝诫，而甘愿丢掉封地，后又因不肯弃教而被德川幕府逐出日本，最终客死马尼拉。当时还有更令统治者不能容忍的“逆臣”，大名福岛正则曾规劝几名部下放弃天主教信仰，但遭到拒绝，其理由是：“如果不严守对最高主君基督的忠诚，那么对世间主君的忠诚就无从谈起。”[86]

天主教的许多戒规也与统治者要求的伦理风习发生了激烈的摩擦。当时日本流行着主君对臣下赐以切腹的惯例，武士伦理还要求臣下履行“切腹殉主”的义务。即如果主君武运不济而战死，或因战败而自杀时，近臣就要为其殉死。受命切腹显示着主君对臣下的绝对权威，而“切腹殉主”则是臣下对主君效忠的最高形式。如果“该死”而不死，则被视为惜命的“弱虫”而遭唾弃。它反映了日本武家社会典型的主从关系，是统治者维持其绝对权威的主要工具之一。针对这种非人道的恶习，耶稣会依据天主教教义提出了逆反的义理，认为生命来自天主的恩赐，因而自戕生命是对天主的亵渎，是不可饶恕的罪孽。他们在教义书《咎罪规则》中，明确规定“严禁自杀”。据此，信奉天主教的武士们公然抵制上述武家伦理，天主教大名小西行长就拒绝切腹而甘愿被斩首。小西行长解释说：“予并非企望偷生，若无天主教禁制，予可从容切腹。”[87]这种表白并非为胆怯而辩护，正如日本学者所说：“在当时的武士之间，拒绝被认为是赐予荣誉的切腹，而甘愿蒙受斩首耻辱的行为，如果不是出于信仰，无论如何也无法解释。”[88]殉死的主从义务也遭到了教徒们的抵制。丰臣秀吉死时，服侍他的侍童们一致决意为他殉死，惟有一位少年天主教徒为固守信仰而坚决反对[89]。而在当时日本人的人生价值观中，坚守宗教信仰比殉死需要更大的勇气和意志。

参照前述在日耶稣会的适应主义传教策略，传教士们不但不想触怒日本封建统治者，而且还要力求得到他们的关照。然而，天主教的信仰、伦理、教义、教规以及信徒们的实践，却在客观上动摇着作为日本集权统治系统主干的君权神授原理、忠君思想、主从关系等上下有序的“和风伦理”，成为与日本统治者“正法”对立的“异端”。换言之，只要传教士不放弃上述“异端”思想，无论怎样适应日本文化也不会得到日本统治者的认可。而放弃这些“异端”又超出了适应主义的界点，使传教之举变得毫无意义。由此看来，禁教悲剧实乃历史的宿命。