耶稣会的传教活动以及纵横捭阖的外交活动轰轰烈烈，有声有色，以至于有传教士梦想日本很快就会成为天主教国家。然而，就在传教士们踌躇满志之际，继承了织田信长霸业的丰臣秀吉突然于1587年7月24日（天正十五年六月十九日）颁布了“驱逐传教士令”，勒令传教士“须于二十日之内准备行装归国”[58]。

传教士们对这突如其来的晴天霹雳极为震惊而又迷惑不解，后来的学者们也对此众说纷纭，他们寻找到两条理由。其一，丰臣秀吉曾经向传教士透露他要渡海征服朝鲜和中国，并提出希望得到葡萄牙新式船只。“他（丰臣秀吉）自己决意去渡海征服朝鲜和中国……希望传教士协助调拨两艘装备齐全的大型帆船，并希望挑选优秀的船员……如果能成功地使中国人归服，将在中国各地建立教堂，而且在日本也会有半数或大多数人成为天主教徒。”[59]然而，由于传教士们不相信丰臣秀吉能够征服中国，再加上当时传教进展顺利，丰臣秀吉提出的条件没有引起传教士们的充分重视，这是传教士的致命错误。其二，据弗洛伊斯记述：1587年丰臣秀吉在征讨岛津氏而进驻有马时，欲在当地寻民女作乐，这在当时是天经地义的“义理”，但这一地区的妇女几乎都是天主教徒，她们为遵守贞节戒规，竟无一人从命。丰臣秀吉得知后，顿时燃起对教会的怒火。[60]这不能不使丰臣秀吉产生联想，边鄙下女尚敢如此，如果信奉天主教的大名、武士们起而抗命，则不堪设想。由于这一事件发生在丰臣秀吉发布禁教令前夕，因而学者们推测，这可能是秀吉猝然禁教的导火索。其后，天主教在日本虽曾几次回光返照，但终被赶出日本列岛。其实，这既是一场政治斗争，也含有深刻的文化冲突的因素，当然二者又是相互关联的。

丰臣秀吉于1582年继承了织田信长的霸业，加速了武力统一日本的步伐，并于1585和1587年先后平定了四国和九州。佛教僧团也承认了丰臣秀吉的权威，并重新得到扶植。从而日本由织田信长的“天下布武”时代走向“宇内静谧”时期，逐渐接近全国统一。在这个历史时点上，除少数残余割据势力外，天主教会成为丰臣秀吉统一事业的主要异己势力。耶稣会经过近40年的经营，至1583年已拥有教堂约200所[61]，信众近20万。此外，耶稣会开设的教会初等学校，至1583年约达200所，累计学生人数约12000人。[62]这些自幼接受教会学校教育的少男少女，成为天主教在日本的重要社会根基。传教士还以天主信仰为纽带，把信徒们结成具有极强凝聚力的“组”或“讲”[63]。更使丰臣秀吉无法接受的是，耶稣会还占有大名们奉献的领地，尤其是大村氏奉献的长崎，开港之初，人口不过二三百户，之后每年有数千人前来入教，到1575年教徒达到1. 8万—2万人，甚至有50余名佛教僧侣入教。[64]长崎不但是天主教传教的据点，同时还引聚了日本各地的商人，逐渐发展为与外贸相联系的商业城市。教会还得到了长崎的行政、司法权和收取来港船只停泊费的权益，并与许多大名往来密切。天主教会俨然形成一种独立于丰臣秀吉统治体制之外的不可忽视的社会势力。这一切在丰臣秀吉看来，已经构成对他正在努力建立的集权秩序的威胁。尤其是传教士们还颇具蛊惑人心的本领，这不得不使丰臣秀吉考虑到，一旦传教士煽动起反对自己的狂热，将是比一向宗更可怕的敌人。据弗罗伊斯记述，丰臣秀吉在发布禁教令的第二天，召集大名**了这种恐惧心理：“关白（丰臣秀吉）与昨夜同样怒不可遏……说传教士狡猾而知识广博，欺瞒大批上层和贵族……如果不抑制这种企图，他们就会像大阪的和尚（一向宗）那样，用说教聚集人众，然后杀害领主、夺取领地，而他们自己就成为大领主，重演大阪和尚与织田信长对抗的局面。”[65]这是丰臣秀吉禁教的最根本原因之一。

经验丰富的耶稣会采取了尽量避免一切可能刺激丰臣秀吉的做法，再加之当时丰臣秀吉为保持与葡萄牙商船的贸易关系，在禁教令第5条中规定：“自今以后，凡不妨碍佛法者，天主教国家之商人及其他人等尽可往来于日本。”[66]因而这次驱逐令并没有严格执行。信教人数仍在增加，天主教似乎已脱离危险期。然而，1596年发生的“菲利浦号事件”[67]再次引发了丰臣秀吉打击国内“第五纵队”的政策，终于制造了第一次大规模虐杀教徒的“二十六圣人殉教事件”。

丰臣秀吉于1598年病殁，不久德川家康取而代之。为垄断南蛮贸易之利，德川家康对传教士的政策有所缓和，至1605年，日本天主教教徒达75万人，长崎取代了当时的澳门和马尼拉，成为“远东的罗马”。然而，好景不长，1612年德川幕府突然首次发出了严厉的禁教令，下令驱逐所有传教士、关闭各地教堂。这同样与当时的内外形势密切相关。首先，1609年德川幕府与荷兰建立了通商关系，并在平户设立了荷兰商馆。荷兰人的目的旨在通商，与宗教传播毫无瓜葛，幕府终于觅到了理想的贸易伙伴。其次，幕府于1612年宣布以建立幕藩体制为“国是”，而全日本的天主教大名却已经多达61人[68]，而且渗透到德川家康的近侧。这一切促使德川幕府坚定了剪除天主教的决心。1615年幕府又先后颁布了《武家诸法度》《禁中并公家诸法度》《诸宗本山本寺诸法度》。这正是德川幕府确立“祖法”的时期，更凸现出天主教会的异端性质，因而，禁教政策骤然升级。德川家康的继承人德川家光采取了更加严厉的打击天主教徒的手段，通过“五人组”[69]制度揭发教徒，并对不肯弃教者施以骇人听闻的酷刑，诸如：面部烙印、吊打熏烤、切断手指、倒吊于粪坑，甚至**游街等等[70]。1612—1624年，集体屠杀教徒和被逼殉教事件高达149起。[71]另据估算，禁教期间殉教者在2000—5000人之间，其中欧洲传教士约为70人[72]，1624年仅在江户两次焚杀教徒就达87人，其中甚至包括5名妇女和18名儿童。[73]可见，德川幕府对天主教的敌视达到极点。

德川幕府残酷的仇教政策，终于在引发了有3. 7万余众参加的岛原天草天主教起义（1637—1638）。义军公开武装对抗禁教令，超越了传教士们以殉教来非暴力地表明自己虔信天主的局限。这种宗教的世俗性升华深深刺激了德川幕府，使他们痛感到“南蛮人的一向宗”已经发展为异己的武装力量，丰臣秀吉的忧患终于演成活生生的现实。幕府为根绝天主教，对起义者施行了灭绝性的屠杀，并于1639年明确规定：“禁止葡萄牙人来航，违者，破其船、斩其员。”[74]至此，幕府最终断绝了与天主教和葡萄牙人的一切交往。

前述的考察显现出如下线索，即统治阶级对天主教的态度虽然几经反复，但始终是系于其政治经济利害天平之上的。从政治上看，这一时代初期织田信长的扬耶抑佛和其后丰臣秀吉的扬佛抑耶，虽然表现出对两种宗教截然相反的态度，但其目的是完全一致的。再从经济上看，即使在禁教令发布以后，丰臣秀吉和德川家康出于对南蛮贸易的需求，仍然对传教士表现了一定程度的忍耐力，及至与荷兰建立贸易关系后，传教士才完全失去了利用价值。而岛原天草起义的最后冲击，终于促使幕府将砝码全部投向禁绝天主教一边。