为了保证传教渠道的畅通和增加天主教的权威性，在日耶稣会觊觎的另一个目标，就是处于群雄割据对峙时代的大名们。许多大名也对传教士颇感兴趣，但是，其取向却与下层百姓大相径庭。他们与耶稣会士的结合不是宗教性的，而是利益驱动，即他们的目光聚焦在战国时代最后阶段起决定作用的新式军事技术和商贸利益，以及传教士在政治上的利用价值。为在割据混战中保全自己的既得利益，大名们急需财富和战略物资，而当时国内贸易因战乱所扰已经无法正常进行，历史上与中国的传统“勘合贸易”也因倭寇猖獗而为明朝所禁。由此，便使得“南蛮胡贾”倍受青睐。尤其是九州地区的大名们，历来以外贸作为维持其经济实力的重要支柱，因此他们尤为注重“南蛮贸易”。传教士们对此洞若观火，于是与葡萄牙商人合作，为大名们准备了一份商教一体的套餐，即“福音”与贸易的硬性搭配，以贸易为诱饵（时而又以西洋奇巧之物为敲门砖），诱迫大名们认可天主教。

1550年沙勿略拜见山口地区大名大内义隆时，因两手空空而遭到冷遇，无功而退。不久沙勿略再访大内义隆，结果迥异。弗罗伊斯记载了这幕历史情节：“（沙勿略）精选了十三件进献给他（大内义隆）的贵重礼物，即：做工非常精巧又能报时的时钟、三支贵重的燧石枪、绸缎、精致的玻璃器皿、眼镜……这些礼物都是在该地不曾见过。国主（大内义隆）对它们表现了极大的满足……他愿意见到主的教诲在这个城市和领国内得到弘布，无论谁都可以自由入教而不受妨碍。他还命令他的家臣不得给神父们带来任何烦恼，并送给神父及其从者可以栖身的一座寺院。”[45]肥前大名大村纯忠为吸引葡萄牙人到他的领地以获取丰厚的关税收入，甚至接受了洗礼，成为日本第一位天主教大名。其后又不惜将长崎进献给耶稣会，其进献书曰：“我等蒙传教士多方恩惠，为此将长崎及领内田地无保留地永久赠与巡察使（范礼安）。传教士等可任意任命和解除该地区的行政长官……但所有入港船只必须向我们缴纳贸易税。”[46]最能体现商贸一体策略成果的要算鹿儿岛的例子了。该岛大名岛津贵久因初时冷淡传教士而丢掉了与葡萄牙人交易的利益，其后不得不向葡萄牙驻果阿总督“忏悔”，保证今后庇护天主教，以换取葡萄牙商船到他的领地。[47]据统计1551—1585年，5位西南大名先后13次，以葡萄牙国王、葡萄牙驻印度总督、主教为对象，或派遣使节、或致以书信，试图与传教士建立紧密的关系。[48]而这些外交姿态，几乎如出一辙，先是表示要在自己的领地内保护传教士，其后便提出具体的经济要求。丰后大名大友宗麟的书翰颇具代表性：“予乃葡萄牙国王陛下之仆人和朋友，对上帝及在予领国内之天主教徒及葡萄牙人一同予以庇护和厚待，予将在上帝赐予的一生中，始终不渝。望阁下致书总督，予具有接受大炮赠与之资格。予再次请求大炮，皆因临近敌境，需加防御。予若能保卫领地并得以繁荣，则领地内天主堂及信徒乃至来此地之葡萄牙人亦可同享繁荣。”[49]由上述事例不难看出，九州地区的大名们为将葡萄牙商船吸引到自己的领地，竞相对传教士表现出一股言不由衷的“热情”，甚至不惜向领民劝教。这股“热情”客观上造成了“大村、有马、天草等地全体领民入教的局面”。[50]九州遂成为耶稣会的传教基地。

已经统一日本大部的实力人物织田信长也对传教士采取了宽容的态度，并于1569年向传教士发放了在其所辖范围内自由行动的许可证，其中规定：“免除居住在京畿地区的传教士的一切课役及所有居民需履行的义务。在我所辖地区可自由居住……如有不法之徒虐待传教士，当坚决予以处置。”[51] 1573年织田信长又招传教士到京都，赐地以兴建“南蛮寺”，并拨款5000贯。[52]据此，传教士又在京畿地区扎下了营寨，至1579年日本信徒猛增至10万人。然而，织田信长是个现实主义者，他既不敬神（日本的神道），也不拜佛，更不信天主。他曾向传教士明确宣示：“在日本只有他自己才是活着的神。”[53]织田信长看重的是“南蛮铁炮”技术在其武力统一事业中的威力。

火枪是1543年欧洲人带给日本的第一件礼物，传入种子岛后，领主时尧即命家臣仿制，仿制品被称为“种子岛铳”。之后，迅速普及开来，至天正（1573—1591）年间，日本全国已经有火枪数万支[54]，处于战国纷争时期的大名们千方百计地争相购入。织田信长为确保火器上的优势，在自己所辖范围内积极奖励火器的生产，而要垄断火器并保证质量，就必须以传教士为媒介，得到葡萄牙人的相关援助。这才是织田信长结交传教士的直接目的，而传教士们也正在寻找有力的支持者，于是双方一拍即合。织田信长利用火器的优越性，终于在1575年运用火枪梯队战术，在长筱会战中战胜了三倍于己、并以骁勇骑兵著称的武田军。这次战役是织田信长统一霸业的关键性战役，也是日本战争史上的一大转折。此后，火枪技术更加普遍地用于战场，大大增强了织田信长的军事优势，加速了其统一日本的步伐。

此外，织田信长还敏锐地察觉到传教士在政治军事上的利用价值。当时，佛教教团已经形成一股举足轻重的政治军事势力。他们享有寺院领地，拥据大量僧兵，尤其是一向宗在各地与织田信长武装对抗达10年之久，屡陷织田信长于窘境，成为统一事业的一大障碍，因而织田信长对佛教势力采取了严厉打击政策。在这一战略背景下，织田信长看到了天主教在民间的号召力和耶佛水火不相容的状态，因而在剿灭佛教势力的目标下，与传教士结成了“统一战线”，期望以耶战佛。在军事战略上，织田信长更是淋漓尽致地利用了传教士的影响。1578年织田为胁迫天主教大名高山右近屈服，派传教士前去劝降，声言如果高山拒降，将对所有天主教徒处以磔刑，终于使高山右近就范。[55]

综观上述不难看出，日本统治阶层中护教者与传教士的关系，在客观上为天主教势力的发展起到了推波助澜的作用。但另一方面，双方的关系可谓名副其实的同床异梦，前者只是将后者当作给自己带来经济利益的“经纪人”和为己所用的“纵横家”，而对“福音”则毫无兴趣。大内氏甚至在传教许可证中认为传教士是“从西域来朝之僧，为绍隆佛法”[56]。因而，虽然号称“天主教大名”者不少，而“真正信奉天主教者不过数名而已”[57]。传教士与日本统治者的“交情”始终是建立在相互利用基础之上的，因而极其薄弱。这就预示了随着上述交易式合作基础的消失，双方必然要爆发冲突的悲惨结局。