至元禄时期，儒学界打破了朱子学的一统天下，出现了诸多新学派，各派在相互论辩中深化了儒学研究，其中古学派表现突出。古学派又可分为伊藤仁斋（1627-1705）创始的古义学和荻生徂徕（1666-1728）的古文辞学。伊藤仁斋主张排除一切后世的注疏，直接回朔到孔孟，以《论语》《孟子》两书作标准，继承先秦儒家精神，对后世经典进行批判。荻生徂徕则广泛涉猎先秦古典，试图归纳说明古语，因此以古文辞学而与伊藤仁斋的古义学相区别。伊藤仁斋侧重生发古义，荻生徂徕侧重阐释古文，他们对古学的研究虽然侧重不同，但都对朱子学提出了质疑和批判。江户中期以后，两派占据着儒学界的中枢，古学这种追溯古典的精神，还对后述的国学产生了直接的影响。

古学实际上是对朱子学的扬弃，排除了佛教思想的影响，实现了较为彻底的儒佛分离。朱子学虽然与佛家分手，自立门户，但受佛教影响仍然较深，如静坐、静思、摒弃各种欲望等。在古学派看来，朱子学仍然属于脱离社会现实的坐而论道，为证实官方朱子学虚理虚义的谬误，古学派极力通过考证来确立符合社会生活需求的学问体系，从而在学问的世界兴起了经世致用的实学思潮。

伊藤仁斋否定了正统朱子学“理在气先”的唯心主义命题，认为：“非有理而后生斯气，所谓理者，反是气中之条理而已。”[73]他又说：“理字与道字相近，道以往来言，理以条理言。故圣人曰天道、曰人道，而未尝以理字命之。易曰，穷理尽性以至于命。盖穷理以物言，尽性以人言，至命以天言。自物而人、而天，其措词自有次第。以理字属之事物，则不系之天与人。”[74]在此，伊藤仁斋割断了天与人之间的锁链，将“理”限定于“事物之理”。

荻生徂徕也提出：“盖先王之教，以物不以理。教以物者，必有事事焉，教以理者，言语详焉，物者众理所聚也。”[75]徂徕认为儒学的本质应是一种“技术行为”，具体说是体现先王统治政治学的“作为之道”。狄生徂徕除研究儒学之外，学问领域还涉及兵学、律学、经济、史学、文学等领域，尤其关心经世济民之学问，充分显示出实学性质。有研究者对此作了简洁的生发，提出：“荻生徂徕学孜孜以求的是儒家最高真意‘道’的实现。……此道有理念与现实双重意义。理念上的道在徂徕学中被定义为‘先王之道’‘圣人之道’，内涵即‘安民’。……道的第二层意义也就是现实意义的道，即是荻生徂徕在《太平策》《政谈》《铃录》中具体谈论的政见。……包括治安、刑罚、移风易俗、婚姻家庭、财赋、官制、任贤、军事、教育、公武等十个方面。”[76]

总之，在古学派眼里，朱子学中思辨抽象的“理”已经转义为“作为之道”的行动原理。如果说古学派设定了“理”的内涵，那么其后的怀德堂学派[77]的合理主义儒学家们则进一步明确了“格物穷理”的目的和途径。五井兰州直言：“真、实二字乃穷理之神明也。”[78]中井履轩更提出：“格物谓往践其地、莅其事、执其劳也……此知行并进之方也。”[79]

本来在正统朱子学中，“格物致知”“即物穷理”的目的在于“穷天理、明人伦、讲圣言、通世故”，从属于道德伦理范畴。而古学派们将“格物穷理”改造为以事物之理为核心的科学认识论，从而顺应了元禄时代前后经世实学和经验科学的需要。其实，日本的朱子学家们推崇朱子学中“格物穷理”的命题，也不仅仅是闭入书斋冥思苦想地“穷理”，他们还十分注重实践中的“格物”，并把格物穷理的功夫运用到科学技术领域。林罗山就非常关心医学和天文学，他遍读医书且注意观察病状，并编纂《多识编》五卷，其中介绍了李时珍的《本草纲目》，并撰有《浑天仪考序》一文。当时关心各类科学和实用技术的文人学者不乏其人[80]。从把“格物穷理”变成科学认识论的角度而言，古学派似乎与林罗山并无抵牾。

人们经常批判朱子学的“理”与科学思想是格格不入的，其实这种观点是过于片面了。在日本，实学思想以及后述兰学中的科学认识论正是通过对朱子学的扬弃，通过重新阐释朱子学“格物穷理”的认识论命题而形成的。日本学者对朱子学的“理”做了如下梳理：“作为认识对象的理，既有形而上学的道德性质的理，亦有经验性质的理，根据所穷之理的不同，其结果是完全不同的。”[81]国内学者也认为，这一时期儒学在日本分化为唯心论的伦理之教学和唯物主义的科学认识论。[82]在日本，以这种“理”的剥离和变异为中介，产生了作为科学思想基础的唯物主义自然观和经世致用的实学思潮。用日本学者的话说“日本的儒教文明，其学问之表现虽然经历了不同的过程，但最终结晶为实学这一点是不容否定的”。[83]

近世儒学阵营中的阳明心学也是质疑朱子学的在野异端学派，由于注重“知行合一”、尤重“实行”的社会政治功利倾向浓厚，因而其经历可谓命运多舛。与作为官学教育范本的朱子学相对，阳明学在民间影响较广。

日本阳明学鼻祖中江藤树（1608—1648）初尊朱子学，后读王龙溪[84]

的《语录》大受启发，37岁时又读《阳明全书》而“豁然开悟，多年之疑始释矣”[85]。中江藤树在吸收融会王学的同时，建立起他自己的“孝本体”的学问体系。藤树秉承《大学》开篇“大学之道，在明明德，在亲民”的宗旨，认为“明德”为“万物一体之本体”，因而“学问以明明德为全体之根本”，作为万物一体的“明德”就是“明孝德”，而“孝德既明”，则万物本体便“皆在我本心孝德之中”。由此，“孝”便成为藤树哲学中的“本体”。“孝”的对象从父母、祖先到天地、大虚，现实了藤树哲学的道德伦理性。藤树还认为《中庸》之“中”即是“不偏不倚，无过无不及，天地万物，尽造化于此”的“明德”。在认识论上，藤树提出以“慎独”致“良知”，进而可明明德、识万物，而良知就在人心中。可见，这是一种通过内省功夫求得人格完善的途径。但是，另一方面，藤树很注重社会实践，即“先躬行，后文词”。通过藤树的诗可以理解其学问的宗旨：“天上无心生泰阳，人间有意嘉新政；人间天上本无异，日月良知是至诚。”[86]虽然不能猜度藤树的“孝本体”论是否意在否定武家社会以忠为大的原则，但似乎可以看出其非体制学问的方向。

中江藤树身后的日本阳明学可大分为注重内省的德教派和主张入世的事功派。后者如熊泽蕃山（1619—1691）、佐藤一斋（1772—1859）、大盐中斋（1792—1837）、吉田松阴（1830—1859）等多有独立见识，也是日本阳明学派主流的正宗嫡传。熊泽蕃山在承袭其师中江藤树之外，又有自己的建树，比如：通过天人合一、理气合一、体用一源等命题而达到致良知的目的，致良知谓之“心之圣人”才可称为圣人。此外，蕃山在认可孝为众善之源、道德之大本的同时，又主张简化丁忧三年等形式上的礼仪，而提倡“心法尽孝”。再有，蕃山反对朱子学存天理灭人欲的命题，主张应该肯定男女之情等人类与生俱来的“生欲”，反映了町人阶层的生活意愿。蕃山曾得到备前冈山藩主池田光政重用，参与藩政并多有建树。后因发表不同政见触怒幕府，在幽禁中去世。可见，蕃山已不仅仅是坐而论道的心性道德先生，而是面对社会现实的修齐治平的实践者。大概是由于蕃山的悲剧下场，日本阳明学在沉寂百年后，才又出现以佐藤一斋和大盐中斋为代表的复兴。

佐藤一斋为大学头林述斋的弟子，并为林家学塾之塾长，且晚年长期任幕府官学昌平坂儒官，当属林家系统。但实际上佐藤一斋信奉阳明学，因而被称为是“阳朱阴王”。也正因为这种在朝学者地位，使阳明学的影响多有扩展，幕末维新时期的风云人物渡边华山、佐久间象山、横井小楠、吉田松阴、西乡隆盛等人皆出其门，足见一斋学统在日本历史上的位置。佐藤一斋在哲学上主张天地万物皆气、肉体与精神皆气、心与物也同是一气，从而带有气一元论的倾向。在政治上一斋主张天下为公、尊王贱霸，后期又从反对洋学转而主张开放洋学，反映出日本阳明学事功主义的传统。同为阳明学家的大盐中斋于1837年，以武装暴动（史称大盐平八郎起义）的形式，表达了人人平等、重建社会道德的诉求。

综观上述，可以看出日本阳明学派异端、反体制、身体力行等诸多明显的特征。日本阳明学事功主义不仅引导了大盐平八郎的武装暴动，还留下了幕末维新时期吉田松阴、西乡隆盛等因主张并躬行自己的思想和政治主张而死于非命的系列悲剧。系列悲剧的主人公虽然并非都是顺应历史潮流之举，但却成为日本阳明学特征的有力佐证。