近世以前尤其是战国时代，深陷战乱的日本人对于现世失去信心，因而把精神投向了虚幻的彼岸，佛教之外天主教也曾兴盛一时。德川幕府建立之后，日本社会稳定下来，人心渐从彼岸迁回此岸。前此传入的朱子学适应了这个时代日本社会的精神和道德需求，幕府也发现朱子学主张的伦理道德有利于其统治秩序的稳定，这是江户时代儒学盛行的重要社会根源。

德川幕府以士农工商等级秩序维持其社会统治，其中武士为最高社会等级，也象征着武力统治的基干。然而一个和平的社会在武力为背景的统治之外，不可避免地要借助某种文化力量。随着德川幕府统治趋于稳定，统治策略也逐渐转向“文治”，于是朱子学被奉为幕府的“官学”，并顺势取代了统驭中世的佛教思想，占据了江户时代思想学问的中枢，各藩也多借重朱子学家进行藩政管理。整个江户时代，儒家理念统御着日本人的伦理道德意志和学问艺术等广泛的领域。

中国宋代理学虽然早在镰仓时代（1185—1333）中叶就由中日两国僧人传入日本，但当时“禅僧们兼习宋学，其目的不在于推广儒学，而是将宋学视为‘助道之一’，借以弘扬禅宗”。[61]在禅僧那里，理学基本是作为禅学的附庸而存在的。至德川幕府建立，此前曾以五山禅僧[62]为主体统治日本思想界的佛儒一体的五山学问走向衰落，代之而起的是程朱理学从禅学中独立出来，并后来居上。

江户时代朱子学鼻祖藤原惺窝（1561—1619）从相国寺还俗而专攻朱子学，将五山禅僧用作修行的理学从禅学中独立出来并加以系统化，创立了京都朱子学派。“我久事从释氏，然有疑于心，读圣贤之书信而不疑，道果在兹，岂人伦之外哉。释氏既绝仁种又灭义理，是以为异端也。”[63]藤原惺窝曾计划到明朝求学，因风浪未能成行，后在滞日朝鲜朱子学者姜沆协助下，用日文编纂《四书五经倭训》。该书用朱子学的观点注解四书五经，标志着藤原惺窝转向朱子学。惺窝脱佛归儒的同时，还反戈一击对佛教的空虚之学进行了批判。曾有僧诘难藤原惺窝此举是“弃真归俗”，惺窝答曰：“夫戾天理，废人伦，何以谓之真？”[64]这意味着藤原惺窝从中世的彼岸观回归到此岸的精神反省。藤原惺窝还曾说：“余自幼无师，独读书自谓汉唐儒者，不过记诵词章之间，说注释、音训标题事迹耳。绝无圣学诚实之见识矣……若无宋儒，岂续圣学之绝绪哉。”[65]惺窝既抨击了禅中儒的空谈虚无，又反省了汉唐旧派儒者们埋头注疏之小学的无用，并试图建立植根于社会人伦的新儒学。这种学问观的实质是去虚就实，可以说是江户时代思想学问区别于中世的一大特征。

藤原惺窝为江户日本的思想史开辟了新的天地。荻生徂徕曾说过：远古日本“泯泯乎罔知觉”，有了王仁日本才开始识字，有吉备真备后“经艺始传”，有菅原道真后“文史可诵”，有惺窝后知“天语圣”。并称此四人为四君子。惺窝还培养了一批优秀的儒学家，其门下以人称藤原四天王的林罗山、松永尺五、那波活所、堀杏庵为首，俊秀辈出，“师其说者凡百五十人”[66]。从“四君子”到“四天王”，足以证明藤原惺窝在日本文化史尤其是思想史上的耀眼地位。

藤原惺窝在日本思想史中的影响可归纳为：第一、使宋明理学脱离禅学而自立；第二、推崇朱子新注并脱离依赖于宫廷博士家们的旧注儒学，使朱子学在日本自成一家；第三、培养了一大批儒学家，使儒学在整个江户时代繁盛不衰。

德川幕府与朱子学的联姻是从1603年德川幕府建立开始的。是年还是建仁寺僧人的林罗山（1583—1657）在京都公开设坛讲解朱熹的《论语集注》，而当时没有朝廷准许是不得讲授儒家经典的。据此，明经博士清原秀贤向德川家康告发了林罗山，德川家康非但没有惩处林罗山，反而承认了公开讲学的形式。由此，原本只在公家、僧侣等特殊身份的人群之间传承的儒学，开始对社会开放，开创了江户时代公开讲学的先河，而朱子学也旋即成为江户时代之显学。林罗山由其师藤原惺窝推荐给幕府，深受德川家康礼遇，1607年开始出任幕府的政治顾问，并先后担当德川家康至德川家纲四代将军的侍讲，颇得重用。“罗山于国家创业之际，大受宠任，起朝仪、定律令、大府所需文书，无不经其手。”[67]林罗山还担当着幕府文教政策的规划、武士教育理念的制定等方面的指导者，并在古书搜集出版、史书编纂等方面做了大量的工作。可见林罗山在幕府创业之初修订祖法过程中发挥了重要的作用。也正因如此，林罗山所崇尚的朱子学也贯通了德川幕府的始终，这也说明朱子学是符合幕府的需要才得到重视的。

幕府全力扶持林家的学术权威，1630年三代将军家光赐地给林罗山兴建林家私塾。两年后尾张藩主德川义直又在江户藩邸内为林罗山建造了先圣殿，此即后来儒学圣堂的前身。林罗山殁后，三子鵞峰承继家业，林家的家塾开始招收官费学生。鵞峰请求幕府改造先圣殿获准，并被授予弘文院学士称号，加赐俸禄200石。1680年鵞峰次子凤冈（林信笃）继承林家，1690年五代将军纲吉命在江户神田的汤岛为林家兴建新的圣堂。翌年历史上著名的仿中国孔庙的汤岛圣堂落成，同时凤冈也受赐从五位下大学头，并成为圣堂的主祭，之后这份荣誉由林家世代世袭，圣堂中的仰高门经常讲经聚集众多听众。之后林家几经盛衰，到1793年第八代传人林述斋受命为大学头，趁势建议圣堂立法，1797年将圣堂学舍改为昌平坂（孔子的出生地）学问所。从此林家私塾变成幕府官立学府，作为旗本、御家人子弟教育的场所，一直活跃到幕末。其间学问所始终聚集着优秀的学者，吸引着众多倾慕者前来受教，保持着官学的地位。明治维新之初，昌平坂学问所改为昌平学校，1871年因设立文部省，结束了由林家私塾到昌平坂学问所的漫长历史。作为官学象征的学问所虽然不复存在，但汤岛圣堂的开放讲学之风和传播汉文化的传统却一直延续至今。[68]

朱子学是通过思辨建立起来的道德哲学体系，于自然、政治、道德伦理等领域都贯通一个“理”字。它以思辨得来的“天理”统驭封建政治道德秩序，并使这种秩序合理化。所谓“未有天地之先，毕竟也只是理，有此理，便有此天地”[69]，“宇宙之间，一理而已……其张之为三纲，其纪之为五常，盖皆此理之流行，无所适而不在”。[70]林罗山根据朱子学“天人一理”的原则提出：“如天尊地卑天高地低有上下之别，人又有君贵臣轻定其上下次第……无此差别，何以治国。”[71]由此引出了日本朱子学的天道、人道、格物穷理三环相扣的逻辑关系。而这种逻辑关系又顺应了幕府文治统治政策的需要，从而使朱子学在整个江户时代占据傲视“异学”的官学地位。

在日本，朱子学被进一步生发，认为“天道”具造化之功，主宰着世界，所谓“人类蕃息，花开果落，五谷丰登，皆天道之所为”[72]。天道不仅可以造物，还主宰着“君臣之义，父子之亲，男女之别，长幼之序，朋友之交”等社会道德规范，此即“人道”。初看日本朱子学的天道观似多有宗教信仰色彩，但是它与此前流行于日本的天主教和佛教大相径庭，朱子学的本质在于理性地诠释现实此岸世界的合理性。即，佛教以“人伦为幻妄”，天主教也只以天主为唯一，而朱子学则是以天道解释人道，着眼于现实社会。

由上述可见，朱子学旨在论证当时日本社会的合理性，从君主到士农工商的存在都是基于天道而产生的人道，并要求社会各阶层的人们都各安其位，以维持社会的稳定。这种思想受到幕府统治者的激赏也自然是顺理成章了。正因如此，人们往往以此来批判日本朱子学的保守落后性，甚至称其为“还俗的宗教”。然而，另一方面也应该看到朱子学者们摒弃了佛教空无的宿命论，而且也向统治者提出了政治上的要求，诸如要秉承天意，以苍生和“天下利益”为重的理念等等，这就在客观上使统治者的权威相对化，实际上也为统治者在社会政治领域做了定位。