与同时期欧美国家相比，明治初期日本的教育水平并不逊色，但维新改革派及新政府成员仍然感到本国教育的不足，尤其是教育内容、教育体制及学校数量上远远不能适应“富国强兵”这一明治维新总目标的要求。1871年7月，新政府成立最高教育行政机构文部省，将建立近代教育体制作为自己的重要任务，并开始关注女子教育问题。12月，文部省颁布设立女子学校公告：“人所以能昌其家业者，端赖男女各知其职分也。今虽有男子学校，而女子之教未备，故此番雇西洋女教师，开官立女子学校。自华族至平民，若纳资费皆可许其入学。”[9]这一公告表明女子教育被纳入近代学校教育体系，使日本成为东亚国家中女子教育起步最早的国家。在文部省的积极推动下，东京女子学校、京都府立的新英学校及女红场（后改称京都府女子学校）、开拓使女子学校三所女子学校在1872年内相继成立，这是近代日本最早的一批官立女子学校，从此拉开近代日本女子教育事业的序幕。

1872年8月，参考欧美国家的教育制度起草的日本近代史第一个教育法令——《学制》正式颁布。在《学制》及与学制有关的一系列法律、法令中，女子教育被摆在重要位置。如1872年6月向全国公布的《学制施行计划书》中指出，要“兴小学之教，洗从来女子不学之弊，期兴女学之事与男子并行也”[10]。

《学制》否定了封建时代的等级制度与男尊女卑观念，体现了男女平等实施初等教育的原则。《学制》颁布后，各级政府从办小学开始大力兴办近代教育，到1876年，在全国已设置了24947所小学。但是，在近代教育起步的时候，女子教育发展得并不顺利。从入学率来看，1873年为15.1%，1879年仅为22.5%，始终没有达到男童入学率的一半（男童入学率1873年为39.9%，1879年为58.2%）。[11]地处偏僻、经济落后的秋田、青森、宫城、长崎等县甚至在10%以下，[12]离既定的“邑无不学之户，家无不学之人”的预期目标相去甚远。造成这种现象的主要原因，一是发展教育操之过急，忽视了现实的教育基础及人们的传统观念，全盘模仿欧美教育体制及教育内容，大量采用翻译教材，脱离了实际需要，因而受到民众的排斥；二是根深蒂固的男尊女卑观念阻碍了女子迈向学校的大门，不少人宁可把女孩子送入民间私塾学习，也不愿让其进入男女共学的学校；三是学费较高，当时小学学费为25—50钱，对民众来说是不小的负担，如果一家有几个孩子，一般都优先让男孩子上学；四是劳动力因素，当时农村人口占80%，农业生产以家庭为主，女孩子要帮助家里劳动，尤其是要照顾弟弟妹妹，这就使很多农民家庭不愿意让女孩子上学。

针对《学制》体制超前，教育发展并不理想的情况，明治政府及时调整教育政策，1879年9月，宣布废除《学制》，同时颁布《教育令》。有关女子教育的内容，首先是改男女共学为男女别学，规定“凡于学校之内，男女不得处于相同教场”，虽然允许小学校中可以男女同校而学，但在中等教育中实施严格的男女别学体制，男女双轨学校体系由此产生。原来在男女共学制的中学里就读的女学生或退学，或转学，到1884年，在普通中学里女学生的身影彻底消失，这种现象一直持续到日本战败。此外，为适应女学生的特点及社会需求，吸引适龄女童入学，《教育令》将裁缝课列入小学校的正规课程中，增加了教育的实用性。但是总体看来，女子教育的发展仍不尽人意，到1890年，女子的小学入学为31.13%。[13]

日本女子教育真正得以发展是在《学制》制定20年之后的19世纪晚期。一方面，由于日本在中日甲午战争中获胜，刺激了产业革命的发展，女子就业的机会大大增加，社会对有文化的女性的需求也随之增加，女子小学入学率迅速提高，1897年已超过50%。另一方面，经济的增长也促进政府加大教育投入。从1872年颁布《学制》以后，教育经费一直是“受益者负担主义”，即由学生的父母、监护人缴纳学费。1890年颁布的《小学校令》规定实行三年到四年的义务教育，同时规定市町村有设立小学并负担包括小学教师工资在内的教育费用的义务，即由“受益者负担主义”向“设置者负担主义”转化，但学生入学仍然要付学费，因此影响了学生入学。这种情况的彻底改变是在19世纪末期，1899年，日本政府制定了《市町村立小学校教育费国库补助法》，由国库支付小学教师工资的不足部分。同年，制定《教育基金特别会计法》，以甲午战争后清政府赔偿金的3%约1000万日元设立教育基金，其利息用作每年普通教育费的补充，这就明确了国家对教育费应负的责任。有了政府的财政支持，1900年，日本开始实施四年制免费义务教育，这是促进女孩入学的最根本的措施，当年，女子的小学入学率达到71.7%（男子为90.55%）。到1907年，又将义务教育的时间延长到六年，当年女子的小学入学率就达到96.14%（男子为98.53%），几乎达到适龄儿童全部入学的程度。

小学入学率提高了，希望进一步学习的人也随之增加，发展女子中等教育成为必然趋势。在“学制”时代，明治政府对于女子中等教育基本上持放任自流的态度，也出现了少量实施中等教育的女子学校。直到1891年，通过《中学校令》的颁布，规定“高等女学校对女子进行必要的高等普通教育，归入寻常中学校之列”[14]，女子中等教育始被纳入国家教育体系之中。1899年2月，根据日益增长的女子教育的需要，明治政府颁布了《高等女学校令》，规定高等女学校是以“传授女子必需的高等普通教育知识”为目的的四年制女子学校，[15]教育对象是12岁以上高等小学二年级以上的女学生。同时还规定到1903年之前，全国各府县至少要设立一所公立的高等女学校。名曰“高等女学校”，实际上是女子中学，意味着对女子实施的最高教育。在《高等女学校令》颁布的1899年，日本全国只有7个县设有高等女学校，到1903年，所有的县都设立了一所以上高等女学校，完成了“高等女学校令”的预定目标。1907年，日本已经有官办高等女学校108所，在校学生33776人。[16]中等家庭竞相把女儿送入高等女学校，以至于入学竞争相当激烈。[17]在战前日本，尽管后来也出现了一些女子专门学校（相当于大专），但对大多数女子说来，高等女学校实际上是最终教育机关。到1925年，高等女学校达到806所（其中包括一部分实科高等女子学校），在校学生301447人，首次超过了普通中学的男学生人数（296791人）。[18]