在“大政奉还”和“王政复古”后，武士由新政府接管。对于明治新政权来说，首先要解决的是旧幕臣的处理问题。原德川将军的家臣团号称“旗本八万骑”，而实际上有布衣（叙六位的旗本）872人，御目见（有资格觐见将军者）以上5972人，御目见（无觐见将军资格者）以下26000人，总计32000多人。[1]新政府对这部分人采取了不同的处理方式：第一，对交出政权的德川将军家没有实施彻底的剥夺，只是对最后的征夷大将军德川庆喜实施“谨慎”（一定时期内禁止外出）处分，同时，令御三卿之一的田安德川家年仅五岁的田安龟之助作为德川庆喜的养子继承德川家（德川家达），并将其移居静冈藩，将原有的德川将军家臣团700万石的领地削减至70万石。旧幕臣的一部分追随旧主成为静冈藩士，此部分人有6572人。[2]第二，眼见幕府大势已去，在戊辰战争之前将归顺新政府的旗本、御家人编为“朝臣”，分别给予“中大夫”“下大夫”“上士”的身份，由新政府负责其生活。“中大夫”为一万石以下旗本，“下大夫”为领地一千石以上者，上士为一千石以下一百石以上者。第三，一部分既未移居静冈，也未归顺政府者，直接归农、归商，从此成为平民。

相对于旧幕臣，各藩藩士的数量更多，他们是士族的主要构成部分。1869年6月17日，明治政府在宣布“奉还版籍”的同时，废除了“公卿”“大名”之旧称，改称“华族”。6月25日，发布行政官布告，令“一门以下至平士，皆称士族”[3]，在幕藩体制下居于被压迫地位的农、工、商和贱民一律称为平民。过去的士农工商“四民”身份制度被废除，代之以皇族、华族、士族、平民这样的新“四民”。虽然新政府标榜“四民平等”，而士族居皇族、华族之后这样的身份定位是不言而喻的。

将士族做出“中大夫”“下大夫”“上士”这样的区分，说明明治初期政府对武士的处置仍然考虑到武士原有的等级。1869年12月，新政府再次发布太政官布告：“废中下大夫士以下诸称，改称士族与卒族”[4]，据此，过去的旗本及“谱代”御家人被编入士族，大部分御家人及足轻被编入卒族。

表2-2 1872年士族人口数字[5]单位：人

维新伊始，将近270个藩情况不一，错综复杂，将数量庞大且区分严密的武士即刻划分为士、卒二族绝非易事。各藩往往不严格执行，而是各行其政。如广岛、福冈、秋田三藩，将士族分为上士、中士、下士；名古屋藩将卒族分为一等、二等；德岛藩将士族分为九个等级。此藩被编入士族者，彼藩可能被编入卒族。实施情况颇为混乱。[6]针对这种情况，在1871年完成“废藩置县”后，明治政府乘政令出于一途之机，于1872年1月29日发布太政官布告，宣布废除卒族之称，原属世袭卒族者编入士族，仅一代者则编入平民。[7]据此规定，卒族或被编入平民，或被列入士族。到1875年，卒族的户籍重编大体结束，17000户卒族被编入平民。据《补正明治史要》统计，至1877年，共有士族407883户，连同其家属1482628人，士族阶层人口共有1890511人。[8]

在从武士到士族的蜕变中，除了原来的藩主大名被作为华族之外，从大名家臣团中地位最高的家老，到下级武士，全部被列入士族。对于武士来说，不要说从此要和平民百姓平起平坐，即使在本来等级森严的武士阶级内部，上级武士与区区小卒间也被扯平，这不啻于一场革命，意味着武士阶级的等级秩序首先从内部被彻底摧毁。它体现了明治政府破除身份制度及对“四民平等”的追求，尽管这种平等并不可能彻底实现，但毕竟体现了新政府及其领导人的改革气魄。从武士的角度而言，仅仅几年时间，就从数百年的统治地位上跌落下来，而且昔日威风凛凛的旗本之类高家格者，也不得不与足轻之辈为伍。他们首先受到了精神重创，此后，各种打击和失落便接踵而来。