由于不同时期贵族的强力存在，在日本历史的大部分时间里，天皇在国家的政治体制中被置于无足轻重的地位。如前所述，在大和时代，倭王家原本也是列岛内众多豪族中的一员，随着其势力的增强而成为日本列岛的霸主，建立了大和政权。但是大和政权的权力并没有确立其神圣性与权威性，它一直面临着豪族的挑战。发生于7世纪中期的大化改新犹如一剂强心剂，使皇权在短时间内得到巩固。然而，天皇亲政的鼎盛时期仅仅局限在奈良时代，进入平安时代，伴随中央集权制的衰落，天皇与皇室的权威也渐趋下降。贵族藤原氏在圣武天皇时期突破皇后必须从内亲王中产生的传统与法律后，通过嫁女于天皇，自幼养育天皇成长等手段控制天皇，并作为人臣，逐渐垄断了太政大臣和摄政、关白职位，成为天皇的代理人，在长达近三个世纪的“藤原时代”独揽朝廷大权。在武家政权建立后，皇室、朝廷、公家面临着幕府的日益严重的挑战，天皇被彻底虚位。在“公武水火之世”的镰仓幕府时代，发动“承久之乱”（1221年）与“建武中兴”（1333—1336）的天皇与皇室似还有一些与幕府抗争的实力，但其结果是两次旨在恢复皇权的抗争均归于失败，皇室都受到了严厉的惩罚，势力进一步受到削弱。不仅幕府将军藐视天皇与皇室，连一般的武将也明目张胆地讥讽天皇，如南北朝时期有一名叫高师直的武将就讲：“京城有个王，虽有若干领地，在内里院有御所，其实不过是马下的从者。如果非有王不可的话，莫如以木头雕一个，或以金属铸一个，至于活着的王还是将他流放到远方去吧！”[28]战国时代，武士称雄，大名争霸，以武力决定胜负，天皇和皇室实际上已经没有任何实际权力，“天下的人心只知有武人而不知有王室，只知有关东而不知有京师”[29]。室町幕府将军自称“日本国王”，德川幕府将军以“日本国大君”作为正式外交称号就是其凌驾于天皇之上的最好诠释。

尽管天皇与皇室已经被排斥在权力中心之外，幕府仍然对皇室保持足够的戒心与监视，将其置于严格的控制之中。早在镰仓时期，幕府就在京都设立监视皇室与贵族的六波罗府。到德川时代，幕府对皇室的控制变本加厉，并将自室町时代以来就有的“武家传奏”[30]官职定制化，负责向幕府通报朝廷事务，实际是监控朝廷的手段。1615年，德川幕府面向天皇、皇室及公家颁布“禁中及公家诸法度”，把干涉皇室、公家事务推向极致。其中明确规定“天子以艺能之事为第一学问”（第1条），将天皇权力降至最小限度；还规定武家官位的任命权在幕府不在天皇（第7条），把天皇在名义上的官吏任命权也没收了；干涉朝廷官吏任免，“虽为摄家，但无器用者，不得任三公摄关”（第4条），“有器用者，虽年老，不得辞三公摄关”（第5条）；连天皇及朝廷官员的服饰都做了详细的规定（第9条）；仅仅保留了天皇更改年号的权利，“改元取汉朝年号之好例定之”（第8条）；在各项规定之外，还有一条具有威慑性，“关白、传奏、奉行职等宣告之事，堂上堂下之辈，若有相背者，处流刑”（第11条），即如有违反幕府规定者，要予以处罚。[31]理论上说，幕府本来是朝廷政权的一部分，只有专司军事的机能，而没有立法权。不论是镰仓幕府的《贞永式目》，还是室町幕府的《建武式目》，都不过是用于武家社会内的约束，不是国家的法律，国家法律只能由朝廷来制定。德川将军以法令的形式来限制天皇的权力是史无前例的犯上行为，令皇室威信尽失。天皇和皇室的生活也受到幕府的严格限制，被禁锢在京都的深宫中长期与世隔绝。德川幕府时期西国大名在参觐交代之际路过京都时，不许进入京都市内，只能从伏见经山科、大津绕道而行。以至于在“王政复古”后的1868年9月，明治天皇率领文武百官“东幸”江户途中，因初次见到大海的巨浪而惊异不已。

与政治上的无权俱来的是经济上的潦倒。在中央集权制强大的奈良时代，作为国家的最高权威，天皇掌握着大量皇室领地及财富。随着皇权衰落，皇室的经济地位也开始下降，不过，直到南北朝之前，皇室还有各种名目的领地，生活尚有保证。从南北朝时期起，幕府、大名、武士愈加不把天皇放在眼里，并肆意侵吞皇室的领地。例如皇室领地中著名的“长讲堂领”（为后白河天皇在居所六条殿内建立的读经堂，为此给予庞大的庄园及领地）在镰仓时代初期还有200多处，到室町时代就剩下20处了，而且能够确保的年贡很少。[32]到室町时代末期，皇室的领地收入只剩下3000石左右。战国时代，天下大乱，诸国疲惫，天皇与皇室更是无人问津，皇室经济处于前所未有的窘困之中。1500年9月28日，后土御门天皇去世，因无钱举行葬礼，其尸体一直放置到11月11日才草草下葬。后继的后柏原天皇（1500—1526年在位）的即位大典也因经济拮据，一直拖到21年后的1521年才举行。后柏原天皇的皇子知仁亲王践祚，为举行即位大典不得不向全国大名募捐，最后还是后北条、大内、今川等几位大名出了钱，直到十年后才得以正式即位为后奈良天皇（1526—1557年在位）。这位后奈良天皇生活贫困到卖字画补贴生活。他去世后，其子方仁亲王践祚为正亲町天皇（1557—1586年在位），拖了三年未举行即位礼。战国大名毛利元就拨了一笔款子，才让正亲町天皇的即位礼得以举行。作为回报，正亲町天皇特授毛利元就从五位下的位阶和右马头的官职，并允许毛利家使用皇室的**章做家纹。由于皇室经济拮据，与天皇即位不可分割的大尝会[33]也从后土御门天皇（1464—1500年在位）起到东山天皇（在位1687—1709）这近两个半世纪里不得不中止，天皇立后仪式也从南北朝时期不再举行。[34]

到丰臣秀吉时期，为树立自己在诸大名中的威望，有了一些对天皇与皇室示好的举动，如恢复一些因经费问题停止已久的仪式，划拨7000石领地归皇室等等，让皇室生活有所好转。德川家康在取得关原之战胜利后，立即于1601年将1万石领地作为“禁里御料”进献给当时的后阳成天皇，这一举动或许是为自己建立幕府做准备，以保证自己地位的合法性。随着幕藩体制的稳固，幕府对公家与皇室实施了有效的控制，偶尔也有将军对皇室有所“奉献”。1623年，借幕府第二代将军德川秀忠的女儿和子成为后水尾天皇的女御（后晋升为中宫即皇后），又向朝廷进献1万石。此后，第五代将军德川纲吉再向朝廷进献1万石，皇室的生活稍有改善。尽管如此，直到幕末，皇室只有“禁里御料”3万石，加上上皇的“仙洞御料”1万石，仅相当于一个不起眼的小大名，而且皇室的“禁里御料”要由幕府的代官支配。堂堂一国之君，竟沦落成幕府的食客。

在日本古代史上，天皇亲政的历史不过200年。尤其在幕府时代，天皇已经失去对国家的控制权，政治上无权，经济上窘困，任何一代幕府将军若取代天皇乃易如反掌。但是他们却并未触动过天皇“万世一系”的根基，相反，却无一例外借助天皇的权威以证实自己存在的合法性。之所以如此，其根本原因在于在战乱横生的时代，某种精神权威是十分必要的，具有古老而神秘外衣的天皇便成为幕府将军权威的源泉。不仅历代幕府将军都要从天皇那里得到“征夷大将军”的任命，地方大名也非常渴望获得朝廷的官位，借以提高自己的地位。在权威和权力隔离的同时，两者还保持着政治上的关联。所以，天皇即使是虚君，也一直作为最高家长居于日本社会的顶端。在日本历史的绝大多数场合下，天皇不是作为权力的代表，而是作为最高权威的象征性存在。直到幕末“大政奉还”，天皇才从“云上”走向民间，重新回归政治中心。

综上所述，天皇制的兴衰与贵族势力的消长相辅相成，是日本古代史的基本特点之一。自日本古代国家形成到明治维新，不同历史阶段的贵族——大和时代的豪族、律令时代的公家贵族、武家社会的军事贵族居于政权的核心，使天皇制自古就具有了“象征”意义。并非一脉相承的三个阶段的贵族有一个共同特点，即实行强权统治。从这个意义上说，幕府时代以武力为基础的军事贵族更接近于古代的豪族，而在律令官僚制度下成长起来的文官贵族受中国文化的熏陶趋于文弱，这并非日本贵族的本来面貌。平安时代后期律令贵族的衰落及幕府军事贵族的崛起乃是贵族向武力、强权统治的回归，因此日本学者称以武艺和战争为职业的武士的出现是氏族社会尚武精神的“复活”与“古代氏族制度的复活”。[35]