对日索赔计划历经磨难大体确定后，离实施赔偿计划尚有一段艰苦历程。问题倒不在于实施赔偿时需要大量复杂的技术性工作，也未必在于日本政府如何狡辩陈情，而是由于在赔偿物的分配问题上，各索赔国意见不一，争吵不休，迟迟不能达成协议。这是其一，其二，问题的根本症结则是以冷战为背景的美苏间的争夺，结果使这一问题错综复杂，以致贻误了时机。

赔偿问题的焦点之一，是日本在中国东北资产的处理。苏联出兵打败日本关东军后占领中国东北，随后苏军将该地区日本留下的重要机械设备尽行拆除，运回国内。苏联的做法引起许多国家不满，美国政府也于1946年二三月间接连续向苏方提出抗议，要求苏联在有关各方达成协议之前不得擅自行动，但苏联置之不理。到鲍莱受命于同年4月再次赴中国东北视察时，苏军的拆除工作已经完成，所到之处一片狼藉。据鲍莱估计，被苏联运走的机械设备价值约8亿美元。[13]苏方坚持认为，日本在满洲的资产系苏军的战利品，不能视为赔偿，并要求实施日本赔偿计划时，苏联应获得日本国内赔偿物的一定份额。美国及一些盟国则认为，苏联在中国东北的“战利品”只应限于武器，其他机械设备应引渡给对东北拥有主权的中国。该问题虽经长期争论，最后仍然不了了之。日本在中国东北资产的归属问题长期悬而未决，直接影响了索赔国之间赔偿分配额谈判的进程。

美苏间在赔偿问题上的对立，只是战后两个政治大国间展开冷战的一个侧面。早在对德国的战后处理问题上，美英等国便与苏联出现严重分歧。1946年3月5日，英国首相丘吉尔访美时发表了“事前无疑得到杜鲁门总统支持”[14]的“铁幕演说”，影射苏联实行警察专制。进入1947年后，由于美国推出对共产主义实行“封锁”的杜鲁门主义，实施援助欧洲、旨在抵御共产主义浸透的马歇尔计划，苏联封锁柏林，美苏冷战已由唇枪舌战变为剑拔弩张。与此同时，中国内战爆发后革命势力的迅速增长及日本国内工人阶级的发展壮大，亦使美国政府坐卧不安。在美国国内，在野的共和党在中期选举中获胜，抨击政府对共产主义抵制不力，对日占领加重了美国公民的负担，一时间，所谓“冷战理论”和“纳税者理论”甚嚣尘上。正是在这种背景下，美国逐步改变了对日占领政策，其证据之一就是出尔反尔，无视由自己提案并经远东委员会审议通过的日本赔偿计划，单独行动，减轻日本的战争赔偿。

1947年1月28日，美国将陆军部副部长斯特莱克为首的日本赔偿特别委员会派往日本，以“重新研究整体赔偿计划”。一个月后，该委员会便向美国陆军部及日本占领军总司令递交了一份报告（即“第一次斯特莱克报告书”）。报告书从“日本是资本主义的民主主义与共产主义决战的战场，美国如不能在这场决战中取胜，将永远失去在远东的有利地位”[15]的观点出发，建议彻底修改鲍莱赔偿计划，大幅度缓和日本赔偿，1947年4月3日，在日本赔偿问题上已另有他图的美国政府，运用其手中掌握的对日占领“中间指令权”，单方面宣布立即实施30%赔偿计划（后述）。这一行动的公开理由，一方面是迫于多数索赔国的压力，一方面则是出于尽快解决赔偿问题以便让日本放手复兴经济，进而减轻美国的财政压力。实际情况则是，美国此时已抱定“不搞大规模赔偿”[16]，部分实施赔偿计划，只是为了作出姿态，掩人耳目，暗地里正在为进一步缓和赔偿作准备。

果然，同年7月末，第二次斯特莱克赔偿调查团再赴日本，但调查报告却秘而不宣，迟迟不予发表。1948年初，美国陆军部长罗亚尔在旧金山的长篇演说中声称，美国的对日占领目的已经实现，今后的目标是加快日本经济复兴，使其成为“对付远东今后可能发生的其他极权主义威胁的屏障”[17]。这表明美国的对日占领方针已经转变。在这种背景下，美国已不需要在日本赔偿问题上遮遮掩掩。1948年2月18日，“第二次斯特莱克报告书”发表。报告书“从正面否定了鲍莱方案的基本原则”[18]，将日本赔偿计划规模一下降到原鲍莱赔偿计划的67%。

但是，大大倒退的“第二次斯特莱克赔偿计划”仍不能满足美国的远东政策及对日政策的需要。1948年3月20日，名义团长为民间人士琼斯顿、实际是以另一位美国陆军部副部长道莱帕为首的使节团又被派往日本。5月18日，“琼斯顿报告书”发表，由此日本赔偿计划再降至鲍莱方案的26%。

有关研究资料表明，根据鲍莱的最终赔偿计划方案，日本的赔偿总额为24.7亿日元（1939年价格），“第二次斯特莱克赔偿计划”总额降至16.5亿日元，“琼斯顿赔偿计划”总额再降至6.6亿日元。[19]由于美国政府于1949年5月12日单方面下令停止“中间赔偿”，日本的实际赔偿额比“琼斯顿赔偿计划”额还要少得多。

无需讳言，围绕日本赔偿问题，各索赔国间的分歧延缓了赔偿的进程。但最根本的原因则在于两个大国的争夺。一个大国的自私行为和消极态度，影响了索赔谈判的进展，另一个大国实际掌握着对日索赔的主导权，但却同样不顾各索赔国的利益，出尔反尔，把缓和日本赔偿当做扶植日本复兴、对抗共产主义的一个砝码。结果，只有蒙受日本侵略巨大灾难的索赔国被剥夺了对日索赔的权利。