根据1875年7月29日内务卿大久保利通向政府递交的《关于商船掌管实际着手方法之议》及明治政府颁布的相关文件、命令，参照有关史实，海运政策的实施有以下要点。
一是精心挑选扶植保护对象。当时日本海运界多系零散经营的小船主、小水运公司，规模较大的海运公司只有两家，一为官民合办的日本邮政轮船公司，一为土佐商人岩崎弥太朗私营的三菱公同。明治政府选择了后者。
三菱公司创立者岩崎弥太郎，生于土佐藩破落武士之家，早年在土佐藩改革家吉田东洋麾下任职，二次到长崎，一次去大阪，为土佐藩开成馆货殖局在两地开设的商馆效力，积累了不少“洋务”经验。1870年版籍奉还后，大阪土佐商社与藩分离，先后改称土佐开成社、九十九商会、三川商会。岩崎弥太朗继续作为藩代表实际操控该商会，后陆续买下商会财产，将商会改名为三菱公司，全力经营海运业，并在与日本邮政轮船公司竞争中，逐渐取得优势地位。
明治政府选择三菱为扶植保护对象，是在总结吸取以往开展海运业的教训，并对日本邮政轮船公司与三菱公司进行一番比较后决定的。政府认为，“以前靠政府劝谕诱导建立之公司，皆过分依赖政府，无自力更生之志，终未见成果”，而“通观其他一般经营轮船业者，亦难找出有能力坚持此业、较有经验、可独立承担此业者”。[14]相比之下，三菱公司组织严密，制度健全，虽“未特别依赖政府劝谕诱导，未曾依赖政府，全然独立经营”，其事业却已呈“效验”。特别是在日本侵台期间，该公司积极应征，对政府托管的13艘轮船，“使用上大尽其力”。[15]因此，三菱深得大久保利通、大隈重信和驿递局长前岛密等人赏识，他们所需要的正是岩崎弥太郎这样的“士魂商才”人物。
二是全方位扶植保护措施。其方法和手段包括：政府无偿下放船只，发给补助金，无息或低息贷款，廉价处理实物，颁布有关法令等。
例如，1875年9月15日，明治政府将侵台时购入的13艘轮船及所属器械，连同政府用32.5万日元收购的原日本邮政轮船公司18艘轮船，全部无偿交付三菱使用（后批准三菱申请，允许三菱交付120万日元后，船只归其所有）。从该年起，政府发给三菱每年25万日元补助金共15年。1875年9月，明治政府以年息2分、15年还清的条件，向三菱贷款81万日元，供其收买美国太平洋邮船公司横滨至上海支线上的船只及物资。1876年西南战争期间，明治政府以年息5分、14年还清的条件，向担任运输任务的三菱公司贷款70万日元，使三菱再购新船10艘。据载，截止1882年，前后八年时间里，明治政府向三菱公司下放的船只折价达190万日元，补助金294万日元，各种贷款342万日元，共826万日元。[16]
最典型的扶植保护私人海运业的法令，是1875年9月15日和1876年9月15日明治政府下达给三菱公司的“第一命令书”和“第二命令书”。其中明文规定了三菱享有使用政府下放船只、接受政府贷款和补助金、开设某某航线等各种特权，保证了三菱在日本海运业中的垄断地位。对比，岩崎弥太郎曾直言不讳地宣称：“政府现已将收复内外航权之重任委托于我、我非昔日之我，公司亦非昔日之公司。”[17]又如，1876年，当三菱与英国PO轮船公司展开竞争，处于危机之时，明治政府颁布《搭乘外国轮船规则》，严格使用外国轮船的批准手续，并征收手续费；同时提供贷款支持三菱开办货物汇兑金融业务，人为地扭转了双方的竞争态势，使以前同PO公司开展业务的货主，纷纷改弦更张，投向三菱公司。
三是监督检查，规定义务。这一点在大久保有关海运问题的几个意见书中均有明载，特别是在《商船掌管实际着手办法之议》第五条意见中，指令驿递寮（后改为局）设置商器科，专门负责制定有关商船的规则条例，办理有关业务，监督检查私人海运公司的船只、船械、财务等。下面根据“第一命令书”和“第二命令书”的有关条款，以窥一斑。
关于下放船舶的使用：如事先未申明理由，不得转卖、典当和拆毁（“第一命令书”第一条）；必须及时维修船只，保持清洁，接受致府主管部门检查及有关指令（“第一命令书”第四条）；如经营不善，有损国家的利益，政府有权收回下放船只（“第一命令书”第十四条）。
关于补助金：不得以补助金为抵押向他人借款（“第一命令书”第一条）；补助金专款专用（“第二命令书”第三条）；如经营不善，有损国家利益，政府有权停发补助金（“第一命令书”第十四条）。
关于财务：要精简财务，减省冗费，每月做出月报表，交政府主管部门检查（“第一命令书”第七条）。
关于业务范围：不得以三菱公司名义经营海运以外的事业（“第一命令书”第十二条）。
关于义务：为培养海员，三菱公司应承办商船学校及水手、火夫经办所（“第一命令书”第十一条）；不论政府何时征用，须无条件地尽所有船只应征（“第一命令书”第十三条）。
上述特点表明，明治政府在实施海运政策时，是从国家整体利益考虑的，即认为私人海运业的发展，也就是国家海运业的发展，体现了国家权力和私人资本的紧密结合，并以“护身符”与“紧箍咒”并用的两手策略，对海运业“放”而不弃，旨在夺回国家的海运权，开辟国内外市场，战时承担军事运输，适应“兵商两事”“富国强兵”的需要。[18]