安藤昌益对儒学展开了全面而激烈的批判，但是，安藤昌益的思想作为日本思想史的重要一环，不可能不从先行思想中自觉或者不自觉地继承一些东西。其中当然包括对儒学的继承。

首先，他使用了较多的儒学概念和范畴。比如“太极”（“转定为一神气太极之进退”）、“气”（“五行为一气之进退”[34]）、“五行”、“道”（“道为转定之气，人之情，感发于性，非率性者”[35]）、“性”、“情”、“中”（中，真之名也[36]）、“和”（“和者，气退之名也”[37]）、“中庸”（“自然中庸”[38]）、“用”（“权为用也”[39]）等。安藤昌益在使用这些概念和范畴时，经常会给出新的定义，使其具有与原来儒学概念不同的意思。比如，他说过“太极即五行自然之异号”。[40] 也就是说“太极”不是《易经》中所说的天地产生之根源，而是一元气的自我运动的表现形式“五行”之别称。安藤昌益在使用他创造的新概念、新范畴（“转”“定”“互性”“活真”“直耕”“自感”等）以及变化了的儒学概念和范畴的过程中，构筑了他的思想体系。

多数学者指出，安藤昌益思想体系中的宇宙论继承了儒学的气一元论思想，这是确凿的事实。安藤昌益说：“道为无始无终，感自然真之一气，自进退，自成转定，转含日、月、星、宿、辰，是一气之进退，进退之凝成也。故此一气满转，无非一气之生成，无一气之不满。故自然、转定、人、物中，唯一气满也。”[41]他认为宇宙中天地、人、物都是通过一元气无始无终的运动而生成的。但是，安藤昌益气本论的具体构造和之前儒学的气本体论思想具有很多差异。他对气在运动中所形成的万物的“通、横、逆”三种运动方式进行解释，除强调“五谷”具有“精气”，“自然、转定、日月、星辰、万民之妙体”[42]以外，最大的差异是，在这之前的气本体论是“气有阴阳”，阳气表示天上升浮散的特性，阴气表示地下降沉积的特性，主体行动和被动，主和从，尊和卑的价值差异。比如，中国思想史上将物质的“气”作为宇宙本体世界观的张载说过：“太虚之气，阴阳一物也。然而有两体，健顺而已。亦不可谓天无意，阳之意健，不尔何以发散和一？阳之性常顺，然而地体重浊，不能随则不能顺，少不顺即有变矣”（《易说·系辞下》）。他认为阳气是性“健”的、能动的，阴气是性“顺”的、被动的，因此构成了天尊地卑的秩序。但是，安藤昌益提出，“阴阳者，即一气进退之异号，而非有二气二物之别也”，[43] 反对张载及以后儒者的“阳健、阴顺”“天尊地卑”的宇宙秩序论和以此为基础的不平等社会秩序论。

除此之外，安藤昌益重农轻商的社会观，和儒学的传统农本主义以及江户时代十七世纪末的“武士归农”论（以熊泽藩山为代表）也有继承关系。但是不同的是，在商品经济日益腐蚀并瓦解着日本的封建农业经济时，熊泽蕃山等站在封建武士阶级的立场，反对商品经济及其代表者——工商阶层，试图维护封建武士剥削农民的制度。而安藤昌益则站在农民阶级立场上，反对商品经济的同时还反对武士阶级的封建剥削，要求回归小农自给自足的自然经济。

安藤昌益的伦理观具有非伦理的倾向，但是，他继承了儒学以人欲为恶的思想。他指出“奢和欲一恶合为一欲，为万恶之根”。[44]他还继承了儒学的“以修身为本”的思想，不反对修身→齐家→治国→平天下的方程式。他说过：“若一身尚不能修，何以治国家、治平转下？”[45]但是，安藤昌益所谓的“修身”和儒学者的个人道德修养有所不同，指的是“直耕”，即以一己之力来维持生活的农业生产劳动。他还说过：“直耕止于转定，身则常修也。”[46]

另外，他认为非凡的人物（“圣人”或者“正人”）决定社会历史发展过程的历史观也明显继承了儒学的唯心主义历史观。儒学者认为出现了“先王”“圣人”的尧舜等人物，明确了“庶物”，“察人伦”，“依仁义而行”后才得以从近乎鸟兽的生活中摆脱出来，进入“礼仪”文明社会。安藤昌益不同意此观点，认为如上所述，正是伏羲之后的诸“圣人”的出现导致从美丽的“自然世”堕落为恶贯满盈的“法世”。但是在非凡人物（“先王”或者“圣人”或者“正人”）决定历史发展这一点上，他和儒学者是一样的。在安藤昌益看来，人类将来势必会从“法世”回归到“自然世”中去，这也要求必须等待“正人”出现。他提道：“若上有达活真妙道之正人，改之，则今日亦成直耕、一般，活真之世。”[47]

从思维方法来看，安藤昌益继承了追求儒学传统“天人合一”的思维模式和形式整合性倾向。中国和日本的儒学者几乎都认为人类和自然有差异，同时还具有不可分的、密切的联系，承认人类和自然界的统一。比如孟子说过：“尽其心者，知其心也。知其性，则知天矣”（《孟子·尽心上》）。汉代董仲舒提倡“天人合一”（《春秋繁露·阴阳义》）。宋代张载最初明确说明了“天人合一”，认为人的本性和天地本性是一样的。董仲舒还提出“人副天数”，主张人体小关节有365个，和一年中的天数是一致的。董仲舒及之后儒者的五行说，都试图将自然、社会及人类相关的所有事物与统一为一体的宇宙论范式进行匹配。比如，五方、五形、五色、五味、五声、五脏、五常、五德等和五行相关，认为这些分别都是五行的性质。这种天人合一的、形式统一的宇宙论范式包含对经验知识的组织和概括，但整体上不是实证和归纳的产物，而是思辨和演绎的结果。安藤昌益也认为“天道”和“人道”都是“合一”的。他批判孟子“不知天道、人道、合一之妙序”。但是在安藤昌益看来，“天道”和“人道”的共同本质是“直耕”。他认为：“转之万物生生，为转之直耕。人食之而生生。故人之直耕为转之直耕也。故直耕者为转子也”，[48] 以“天人合一”说论证了农民阶级是最值得尊重的“天子”。安藤昌益也从五行（后改为“四行”）出发，尝试演绎性地建构形式统一的，贯穿自然、社会和人类的宇宙论范式。比如，稿本《自然真营道》“大序”中的四行、四隅、四方、四时、四类、四体、四肢、四脏腑以及八气、八节、八转、八门（颜面）等。