在日本，阳明学没有中断过，并且没有形成具有明显师承关系的学派，可以说是日本阳明学的第一特征。这一点和中国的阳明学派形成了鲜明的对照。中国明代中期思想家王阳明的出现是中国思想史上值得大书特书的一个事件。中国思想史上，陆（象山）、王（阳明）二人并称，和程（颢）、朱（熹）相对抗，成为中国明清时代互相对立的两大儒家学派。将这两派进行比较的话，程、朱学派是主流。但是明代后期王阳明学说也曾风靡一时，不仅盛行于知识分子当中，还广泛渗透到了民众中。王阳明殁后，又出现了浙中王学（王畿、钱德洪、张元忭、张岱等）、江右王学（邹守益、欧阳德、聂豹、罗洪先等）、泰州学派（王艮、何心隐、罗汝芳、李贽）等，作为阳明的后学代代相传。尤其是以王艮为代表的泰州学派主张“百姓日用即道”，对民众产生了很大影响。
日本阳明学者出现于17世纪中期，但实际上日本人在室町时代就已经接触过王阳明。1510年，禅僧了庵桂梧奉幕府之命作为遣明使赴明。1511年了庵率领292人抵达北京。之后，明武宗皇帝颁布诏书，命其住在育王山广利寺，并赐予金襕袈裟。1513年，王阳明和其门人徐爱游览四明山之后，前往宁波和了庵会合。同年5月了庵归国之际，王阳明作序相赠。王阳明在《送日东正使了庵和尚归国序》中，写有“与之辩空”，“论教异同”，[1]记录了与了庵谈起儒佛教义之事，但谈话的具体内容未做记录。当时王阳明42岁，即“龙场大悟”后的第5年，《传习录》还未刊行，也未提出“致良知”一说，尚未形成王阳明完整的思想体系。因此并不能说了庵是最早将阳明学传播到日本的人物。
一般认为中江藤树（1608—1648）是日本阳明学之祖。但33岁以前的中江藤树，基本上可以说是朱子学者。33岁时中江藤树读到了明末钟人杰编的《性理会通》和王阳明的高徒王畿（龙溪，1498—1583）的《语录》，开始了从朱子学到阳明学的转向。他写道：“吾久来受用格套，近来渐觉其非。受用格套之志与求名利之志，虽不可同日而语，失真性活泼之体均也。”[2]但是他直到37岁才入手《阳明全集》。他曾这样描述读后感想：“读此书后，触发印证之事甚多，甚悦。其学弥进。”[3] 从那时起，中江藤树开始为阳明学所倾倒。
藤树的门人中最优秀的是在藤树34岁时入门的熊泽蕃山和37岁时入门的渊冈山。藤树死后，以这二人为中心，门人分成了两派。以蕃山为中心的被称为事功派，冈山一派被称为存养派或者省察派。前者认为不一定盲目相信师说，应该有独到的见解；后者则忠实地继承了藤树的思想。
但是，熊泽蕃山（1619—1691）也并非一生都忠实于阳明学。熊泽蕃山醉心于阳明学，只限于在冈山藩仕于池田光政时期。当时幕府儒官林罗山和大老酒井忠胜等人，对冈山藩心学隆盛的状况感到不悦。罗山诬陷蕃山是由井正雪事件的黑幕，说：“熊泽乃备前羽林之小臣也，以妖术诬聋盲。……此草贼等，皆为闻熊泽之妖言者。”[4]酒井忠胜招来光政，告诫他“众势力集结，情况恶劣。”[5]其结果导致熊泽蕃山39岁时致仕冈山藩。致仕后30年的生活对于蕃山来说逆境重重，同时也是其作为思想家的后半生。但是，从蕃山后半生重要的著作《集义和书》《集义外书》来看的话，醉心于阳明学的熊泽蕃山提道：“吾不取朱子，亦不取阳明”，“圣经贤传皆为我心之注”，[6]采取“朱王兼修”[7]或者“朱子学和阳明学的中间立场”，[8] 对两者均提出了批判。
熊泽蕃山死后，日本阳明学进入了沉默期，几乎一百年间都未产生过具有很大影响的阳明学者。三轮执斋（1669—1744）被称为日本阳明学中兴之祖，他的主要业绩有1712年对《传习录》的标注、刊行，以及1727年《四言教讲义》的出版。他“信王固深，尊朱亦不浅”，[9]表明了自己的立场。正如大盐中斋所说：“我邦，藤树、蕃山二子，及三轮氏之后，关以西良知之学既绝。故无一人可讲之。”[10] 三轮执斋以后，日本阳明学的影响几乎不复存在。
18世纪末到19世纪初日本阳明学再次出现复兴的势头。其代表人物有佐藤一斋和大盐中斋。佐藤一斋（1772—1859）34岁成为林家的塾长，70岁成为幕府官立学校昌平坂学问所的儒官。他从年轻时就很关注阳明学，在当时的学界、教育界处于中心地位，内心信奉阳明学，表面上却不得不讲授朱子学。因此他经常被称为“阳朱阴王”。但是佐藤一斋的阳明学受谁的影响却不清楚。佐藤一斋和同时代的大盐中斋相比，在思想的敏锐性和独创性以及行动力方面均无法企及。但其思想影响力，比其他阳明学者要大。幕末思想界广泛流行行动主义的阳明学，原因在于中央学界的一斋起到了很大的推动作用。拜入一斋门下的有渡边华山、佐久间象山、大桥讷庵、山田方谷、安积艮斋等青年俊秀，受到其著述影响的有吉田松阴、西乡隆盛等杰出人物。
日本阳明学在特定时期受到少数知识分子的推崇，但是整个江户时期几乎没有对社会产生过持久的思想影响力，也没有形成连续性的学派，对于民众的影响也没有中国那么大。沟口雄三说过：“中国阳明学参与民众道德教化，形成民众秩序，掀起肯定欲望的社会秩序等一系列社会思潮。与此相对，日本阳明学只限于知识分子当中，而且只是以确立特定个体自我或者确立变革主体的形式出现，具有不向民众扩散的特征。”[11]
李氏朝鲜的阳明学自传来之后就受到朱子学派的压制，之后又仅仅作为郑霞谷（1649—1736）的家学而苟延残喘于朝鲜一隅，没有力量同朱子学相对抗。日本阳明学虽然没有受到像朝鲜一样的严酷打击，但是也没有像中国阳明学一样始终处于在野地位，也没有风靡一世。
日本阳明学的第二个特征是具有“非体制性”。中国阳明学自身也孕育着社会批判精神的可能性。中国朱子学和阳明学为了儒学的伦理说以及其规范而寻求本体论依据这一点是一样的。不同的是，朱子学以“理”为本体，更加强调“理”的外部超越的、先验的规范性质，而阳明学以“心”为本体，更加强调“心”的内部的、超越的、感性的主观精神和意志特征。作为伦理哲学的阳明学，强调“心”作为本体的地位以及其主体性，将“良知”提高到判断是非善恶标准的高度，这并非是近代“自我”的确立，仅仅是个人的道德主体性表现。但是同时还具有降低外部礼仪、规范，既成的圣贤先哲思想权威地位的可能性。王阳明“求之于心而非也，虽其言之出于孔子，不敢以为是也”[12]之说，就是最好的体现。一旦出现革命思想家、激进人物时，他们便会借助主观的“心”或者“良知”，突破礼教规范，转化为异端，激起他们对抗权威。泰州学派颜山农、何心隐、李贽等就走上过离经叛道之路。但是他们仅仅是中国阳明学的一支，并非是全部。[13] 相对于中国，日本阳明学者从其整体来看，从中江藤树到大盐中斋、吉田松阴，他们的思想多少都带有“非体制”的批判精神。
关于中江藤树的评价，大多数学者认为他和拥护幕藩体制的林罗山、山崎闇斋形成了对比。相良亨认为，藤树“批判（林罗山等）对封建秩序的模式化赋予理念格法主义的儒学以及儒教的武教化，形成了更加个性化的内省的儒教”。[14]尾藤正英将中江藤树和山崎闇斋进行对比，认为中江藤树“彻底坚持跟随心情本性，对于外部规范采取相对自由的态度”。[15]玉悬博之进一步明确指出：“如果林罗山的思想是‘体制思想’的话，藤树的‘中期’思想就可以说是‘非体制的思想’（不是反体制思想，而是非体制思想）。”[16]古川治也认为中江藤树“只认可社会规范或者制度的相对价值”，[17]木村光徳赞同“藤树试图批判幕藩社会体制”[18] 的观点。
中江藤树以“时、处、位”论和“权道”思想，表明了其非体制精神。如第一章所述，德川幕府的支配者们为维护幕藩体制以及其身份、等级支配制度，制定了诸多仪礼和法度。一部分朱子学者，比如林罗山等，将这些仪礼、法度看作是绝对的，也就是“上下定分之理”的客观表现，将其作为人们所不能违反的行为规范。中江藤树在32岁时的著作《论语乡党启蒙翼传》中，已经提到过“时、处、位”论，说明了“心”和“迹”的区别以及“时中”思想。他说过：“凡经济所遇谓之时，时有天地人三境：曰时、曰处、曰位”，也就是说对经世济民之道进行实践化的现实状况称为“时”，将此依照天地人三才进行分解的话，可以看作包含有时、处、位三元素。他还借用《中庸》（“君子之中庸也，君子而时中”）里“时中”这一概念，主张根据时处位的境遇以及各自场合不同，应采取适当的行为法则（“天则”或者是“神理”），适应人的行为。他和孟子一样，认为只有圣人才可以完全践行“时中”，并将此称为“圣之时”。根据藤树的说法，学问的目的在于对“圣之时”进行“慎思”“体认”。另外，藤树将圣人的行为和其内在意义，即“心”和外在表现的“迹”进行区分解释。“迹”只不过是在各自具体的场合（时处位）中表明圣人的行为，因此其自身并不拥有永久的、规范的权威。藤树认为，儒者根据“迹”来把握圣人采取行动的本意，即“心”，并将其作为行为规范。他说过：“乡党一篇，夫子画出德光之影迹，以求得后学圣心，以之开示筌蹄。……故唯描画影迹，以寓圣心于其中。学者宜期至善，而袭其迹，得圣心以为师范。”[19]中江藤树接受了阳明学后，在其33岁的著作《翁问答》中，进一步对“时处位”进行了说明。他指出：“儒书所载礼仪作法，因时、所、人之异，不会尽按其行之。……如与儒书所载礼法，无丝毫不同，皆依其行之，则其所行，与时处位无相应适当恰好之道理，则非行儒道，乃异端也。”[20]中江藤树认为儒道虽然通行于一般情况，但儒书上的古代礼仪、作法根据状况（时处位）会发生变化，不是必须严格遵守的。因此古代礼仪、作法（具体的外部规范），首先被中江藤树相对化。在具体场合中，成为判断标准的不是既成礼法，而是圣人“心法”。他认为“其所行，与儒书所载礼仪作法不一，其事遇中庸之天理，其心无私，实现圣贤之心法，为行儒道之君子。”[21]
《翁问答》中在上述“时、处、位”论的基础之上，提出了“权”的思想。中国儒学为说明既定根本原则和经常变化的现实情况之间的关系，提出了“经”和“权”这一组范畴。“经”为根本原则，“权”为根据现实情形需要，在不违反根本行为准则的基础上，加以灵活应对。孔子最初提出“权”的范畴，“可与共学，未可与适道；可与适道，未可与立；可与立，未可与权”（《论语·子罕篇》）。孟子举例说明“经”与“权”的关系，“男女授受不亲，礼也。嫂溺，援之以手，权也”（《孟子·离娄上篇》）。后汉赵岐对《孟子》所作的注中，继承了《春秋公羊传》恒公十一年之说，认为“权者，反经而善者也”。程颢反对此汉儒之说，主张“权便是经”。朱熹进而对两者进行折衷，“权只是经所不及者”，“权与经亦当有辨”，“权自是权，固也，然不离经也”，“经是万世常行之道。权是不得已而用之”，“权是最难用底物事，故圣人亦罕言之”，“非圣贤不能行也”（《朱子语类》卷三十七）。孔子以后，汉、唐、宋、元、明、清各代儒学者对“权”的解释，大体上没有超过上述范围。中江藤树和宋儒一样，反对汉儒“反经适道为权”之说，主张：“权为圣人之妙用，神道之惣名也。大有尧舜之禅让，汤武之放伐，小有周公之吐握，孔子之恂恂便便。一言一动之征皆为权之道也。然反经适道为权，乃大过也。”但是中江藤树进一步详细论述了“权”，其论证具有明显的特色。他不赞同宋儒“权为道之变”“权不在常用事物”之说，认为：“儒者之道专以权为主本，不凝滞于物，不泥于迹。知示活泼泼地事，为解惑，不言道，论权也。”[22]“权外无道，道外无权”，[23]“权即道，道即权”，[24]将“权”提高到“道”之“主体”乃至“同体”的地位。也就是说，他强调了“权”的恒常性、普遍性、绝对性。另外，中江藤树不赞同只有“圣人”才开始用“权”的宋儒之说，认为普通人，也就是说“初学者”也应该“以权为目标”。“初学受用和圣人妙用为天地之悬隔，以权为准的，不费工夫则无明明德之道。”[25]由此，“权”不是“圣贤”之特权。同时，中江藤树认为“不落法不泥迹，权之景象也”。[26] 这也为普通人超越与变革礼仪法度的主体性提供了理论依据。不仅仅是古代礼仪作法，对于当时之法度，他也提道：“礼仪法度有本末。明君心以行道，定国中规范，乃为政之根本也。法度条文，政事之枝叶也。”[27]因此，某学者指出，中江藤树“经”和“权”的关系不仅仅是伦理学的“理念伦理”和“状况伦理”的关系，还如玉悬博之所指出的那样，也是“变革法度之理论”，还是“超脱法度之理论”。[28]古川治也认为：“中江藤树的‘权’具有从现实社会规范和秩序中‘超脱’出来以及‘变革’的功能。”[29] 总之，可以说中江藤树的“权”思想具有日本阳明学非体制性的特征。但是在藤树晚年的著作当中，具有非体制性的“时、处、位”论，几乎销声匿迹。而且中江藤树并没有将“变革理论”推向变革行动。思想上或政治行动上从“理论”到“行动”的转变，到大盐中斋和吉田松阴时才得以实现。
日本阳明学的第三个特征是未出现向近代自然人性论发展的倾向。众所周知，王阳明将“心”“良知”提高到本体的位置，但是这毕竟不同于朱子学形而上的、超越的“理”，常常和人类感性、情感联系起来。王阳明认为：“所谓汝心，却是那能视听言动的。这个便是性，便是天理。”[30]“良知只是个是非之心，是非只是个好恶。只好恶就尽了是非，只是非就尽万事万变。”[31]王阳明的这种“心即理”说，具有感性化的可能性，“伦理非即心理，心理即伦理。伦理之规范徐徐成为心理之需求。‘心即理’之‘理’，从外部天理、规范、秩序变化为内部自然、情感以及欲求。”[32]部分学者认为：“理之天，于是就脱离天行命运之天道，内化为具有人之属性之人，任何意义上均不再是超越的天，而是包含现代意义上人的本然、自然，成为满足万人生存的指标和根据，增加了其中国式的独特性。”[33]“‘心即理’说，不分性、情（情具有转化为本性上的‘欲’的倾向）之心，通过将其理解为理，会导致肯定情→欲望（即人欲），主张‘人的自然’，轻视朱子学极其重视的“敬”，如‘六经为我心之注脚’蔑视权威，对异端表现出包容态度等倾向。”[34]如此一来，王阳明思想的发展，逐渐接近乃至到达人性，即人类自然的情感、需求、欲望等近代自然人性论。作为王门后学的泰州学派和蕺山学派明显具有这种倾向。比如，颜山农说过：“只是率性而行，纯任自然，便谓之道”（《明儒学案》卷三十二）。何心隐也主张：“性而味，性而色，性而声，性而安逸，性也。”[35]刘宗周（蕺山）的门人陈确主张：“人心本无所谓天理，天理正从人欲中见。人欲恰好处即天理也。”[36]李贽进一步提到“童心”“私”“利”，认为：“夫私首，人之心也。人必有私，而后其心乃见；若无私，则无心矣”，“穿衣吃饭，即是人伦物理。”[37]但是从中江藤树到大盐中斋、吉田松阴等日本阳明学者并不主张肯定人类的自然欲望和情感。中江藤树明确否定“人欲”，认为：“利欲与名之欲虽有清浊，损天性，陷不孝莫大之罪，同名利之欲也。”[38]大盐中斋进一步否定“人欲”“功名富贵”，呼吁：“此欲为人欲之反，乃天欲也”，“功名富贵，锦覆陷阱也。心虚则能见以避之，不虚则视而不见，踏而死者不少矣。呜呼虚哉虚哉！”[39] 江户时代的日本，首次肯定“人欲”的正当性和合理性，接近近代人性论的就是日本古学派的儒学者。