海南学派，简称南学派，其活动中心是四国的土佐，开创者为南村梅轩。梅轩的生卒年、出生地及家系学统等均不详，仅知他曾作大内氏的家臣，后于天文年间（约当16世纪30—50年代）来到土佐，成为守护大名吉良宣经的宾师。梅轩为宣经论儒学讲政治，对宣经的国政贡献很大，颇为宣经所尊敬。梅轩学风亦颇与桂庵同趣，半禅半儒、阳禅阴儒。他说：“三纲五常之道，足以维持天地。诸子百家弗能改变之。但明晓此心，莫若禅。”他承认儒学对政治的效用，但认为禅学才是安心立命之道。[18]梅轩极力推崇《四书》，主张真儒之学即道义之学，认为这在《四书》中已详备无缺。吉良宣经死后，由于种种原因，梅轩不得不离开土佐。此后，“南学三叟”即忍性、如渊、天质成为海南学派的中心。天质门下谷时中成为江户时代儒学勃兴后的南学派的先驱。

萨南学派和海南学派等地方儒学流派的兴起，除有赖于禅僧们的活动外，还得益于偏僻地区的大名已经注重文教，相比禅学更倾向于儒学。大内氏、菊池氏与岛津氏等不仅利用禅僧的文学知识和海外见闻，代他们起草外交文书，协助外交活动，还欲利用禅僧们的儒学教养为其政治统治服务。随着领国的扩大和安定，大名们需要能为其稳定地实行政治统治即“治国平天下”提供理论依据的思想工具。这样，力主武士“若能空一念，一切皆无恼，一切皆无怖”，驱使他们驰骋战场“击碎生死关头”忘却生死的禅学便不再能满足他们的需要。较之贵族佛教和禅学，儒学尤其是宋学能够更好地支持现世的政治规范。地方大名之所以渴求禅僧的儒学教养，正是基于这样的政治需要。

这些地方大名中的典型是大内义隆（1507—1551）。他是西国最大的大名，兼为周防、长门、安艺、石见、备后、丰前、筑前七国守护，并掌握着与明和朝鲜的贸易大权。他利用地理优势，于天文三年（1534）遣使朝鲜，要求“四书”“五经”的注释书，天文七年（1538），又致书朝鲜，要求“朱子新注五经”。天文十年（1541），使节从朝鲜送来了《诗经》和《尚书》二经的新注。随着与明的交通贸易的频繁，他不仅输入书籍，还曾经将纸张运往明，委托明人印刷。天文十六年（1547），大内义隆制定《渡唐船法度条约》，说：“进贡意趣、公仪等事，对唐人等，不可及言语，同私笔谈停止也。但到医学儒学等练习者，非制限之事”，[19]禁止赴明的日本人与明人有公事上的交谈或笔谈，但修习儒、医二学的人在学问上的谈话或笔谈则不在限制之列。要之，就是鼓励学问交流。大内义隆还从京都招聘了很多经学博士派的名儒，并集合有名的五山禅僧，令他们讲释经书。前述的桂庵和梅轩都曾在大内氏的领国内讲学和供职。大内氏等地方大名支持宋学，是江户幕府尊崇儒学的先声。