萨南学派
在镰仓和室町时代，儒学主要流播于京都的公卿、博士和五山禅僧间，形成所谓京学博士派和京学五山禅僧派，即儒学主要在中央地带传播。此外，与京都五山相对，镰仓也有五山，还有足利学校和金泽文库，儒学在关东的一角也深深扎下了根。不过，在室町时代后期，尤其是“应仁·文明之乱”后，战乱频发。博士家学者和禅僧们为逃避战乱带来的不安与贫困，纷纷离开京都，去依附地方大名和武将，于是，儒学逐渐普及于地方。
就博士家来说，在镰仓时代就已出现流往地方的现象。不过，流往地方的人不是博士家的嫡传，而是以那些即使留在京城也不能继承博士官职的博士家庶流为主。“应仁·文明之乱”后，京都几乎化为灰烬，太政官厅旧址成为农田，大学寮只剩下土坛，种了两棵树以代表孔庙。博士家在京都丧失谋生之路，于是不论嫡传还是庶流，都不得不避难地方。如上节所述，明经博士清原家的嫡传清原宣贤于享禄二年（1529）从京城前往能登，在能登守护大名畠山义总的府邸讲解《蒙求》。讲座从六月下旬开始，到八月初为止，共举行24次。翌年，宣贤又到能登，讲授《中庸章句》和《孟子赵注》。享禄五年（1532），清原贞贤到若狭小浜的栖云寺讲授《孟子》。享禄十四年（1545），71岁的宣贤去越前，并在一乘谷附近建私宅，为当地人讲《古文孝经》和朱熹《大学章句》《中庸章句》等，并终老于此，享年76岁。由于宣贤离开了京城到了地方，便从博士家的束缚中解放出来，讲解新注相当自由。如上节所述，宣贤的讲说虽仍采取新、旧注折衷的态度，但已明显倾向于新注，即倾向宋学。除宣贤外，文章博士菅原家的菅原章长和菅原长淳也分别到过越前和丰后。
图42 《古文孝经》（复制）
“应仁·文明之乱”后，一些禅僧也离开五山，在地方建禅寺，讲宋学，并以他们为中心，形成儒学的所谓“萨南学派”和“海南学派”。
萨南学派的活动中心在九州的萨摩和肥后。其开创者是禅僧桂庵（1427—1508）。桂庵9岁时进京入南禅寺，除参禅外，还师事禅僧惟正、景召学习朱熹的《诗集传》和《四书集注》。16岁剃度，后返回故里，住在长门赤间关（今山口县下关市）的永福寺。应仁元年（1467），41岁的桂庵随将军义政的遣明使赴明。1468年在北京受到明宪宗接见。后在苏杭一带游学7年左右。桂庵擅长汉诗文，并与苏杭贤大夫过从甚密。桂庵受明儒宋学的熏陶，读《尚书》用南宋蔡沈《尚书集传》，讲“四书”则用元代倪士毅的《四书辑释》和曹端的《四书详说》。文明五年（1473），桂庵返日。当时，正值“应仁·文明之乱”激战方酣，细川氏与山名氏在京都争雄，五山亦遭战火。因此桂庵离开京都，先后在石见（今岛根县）和长门永福寺短暂停留，后来渡海到九州。文明九年（1477），桂庵受到守护大名菊池为邦和菊池重朝父子的欢迎，来到肥后。桂庵向菊池父子介绍游明的见闻，他借用当时明人中流行的一句话“不宗朱子元非学，看到匡庐始是山”，说“宋朝以来，儒学如果不以晦庵为根据，学问就是不对的。因此，儿童走卒都会背诵这句话。汉以来儒者虽然很多，但都以晦庵为宗，就像山虽然有很多，但匡庐山集众山之美于一体”，[14]劝菊池父子学习宋学。
文明十年（1478），萨摩守护大名岛津忠昌慕名邀请桂庵，桂庵接受岛津氏的聘请，辞别肥后来到萨摩。此后，桂庵便一直在萨摩授徒讲学，直至1508年六月去世，享年82岁。桂庵最应称道的功绩是，经他的促进，萨摩的重臣伊地知重贞刊行了朱熹的《大学章句》。这是日本刻印宋学著作的嚆矢。在此之前，镰仓幕府的将军和执权也曾多次刊书，但多系佛经。京都五山的禅僧也曾刊书，被称为“五山板”，亦皆是禅书，未及儒典。日本刊行儒典始于元亨二年（1322）三论宗僧侣悦堂素庆刊刻《古文尚书孔氏传》，此后还有一个叫元澄的僧人在正中二年（1325）刊行《春秋经传集解》。最有名的是正平十九年（1364）堺的居士道佑刻《论语集解》，也称“正平板论语”。不过，它们都是古注书。伊地知重贞刊行的《大学章句》，又叫“文明板大学”。因需要者甚众，这本书屡屡印刷，十年余后，刻板磨损而不可用。于是又于延德四年（1492）重新制板再印，称“延德板大学”。以后，虽也有清原宣贤刊印的“天文板论语”和长州守护大名大内氏刊印的“大内板”，但都比萨摩的“文明板”和“延德板”迟40—50年。
图43 正平板《论语》
桂庵虽是禅僧，但因是在偏远的九州，便从五山学风中解放出来，极力鼓吹宋学新注。佐藤一斋曾这样评价桂庵，说他“身披禅衣，心服阙里（孔子的住所）”。[15]这确实道破了桂庵阳禅阴儒的本质。桂庵在萨摩讲学31年，其学徒除大名菊池氏、岛津氏，及其重臣鸟取政秀、伊地知重贞、平山忠康外，还有很多禅僧，如月渚、舜田、郁芳、云梦等。桂庵的门人又秉承师说而授徒，致使“国都顷兴仲尼之道，移东鲁之风”，儒学在九州一带相当普及。[16]
桂庵死后，文之成为萨南学派的中心人物。文之曾受当时到萨摩的明儒黄友贤的指导，学习周敦颐和二程的学说。文之的学问也是阳禅阴儒，据说：“公及士大夫游其门者，问禅者少，皆受朱注，自此三州（萨摩、大隅、日向）靡然成风。”由于萨南学派的努力，宋学在九州已成学界一大势力。[17]