平安时代前期是日本所谓“唐风文化”的全盛期，儒学和汉诗文的教养在贵族社会中广泛扎根流行。这一时期，统治者们实行奖励贵族子弟入学、增加作为大学寮财源的劝学田、充实学科内容等一系列强化大学寮教育的手段，大学寮进入繁盛期。儒学作为律令制政治思想的基础之一，开始传播开来。大学寮作为律令制官僚体系的培养机构，也发展起来了。到10世纪后半期，随着藤原氏世袭政权的确立，律令体制进入全面解体时期。日本的早期儒学和大学寮的儒学教育，也在这一时期迅速衰落。大学寮基础课程明经道地位的下降、考试制度的废弛、教官世袭制的扩张、纲纪紊乱，都是大学寮没落的表征。

大学寮是藉由儒学教育培养国家实务官僚的场所。不过，学令本身中也有如下规定：“学生虽讲说不长，而闲于文藻、才堪秀才进士者，亦听举送。”特别是秀才出身比明经出身在仕途上更占优势，学生的兴趣自然也由经学转向文章道。文章道的学生定员为20名，经常满员。文章博士的地位也提高了。弘仁十二年（821）二月，文章博士的官位由原来的正七位下提高至从五位下，一跃而超过明经博士的正六位下。一些文章博士还应召为天皇侍读，他们除讲文史外，还讲经书。后来，还规定大学头和式部大辅为文章道的官职，立身于公卿者亦不在少数。菅原清公、菅原是善、菅原道真、都良香、纪长谷雄、三善清行、大江朝纲、大江维时等都是从文章道的教官步入仕途的。至此，大学寮基础课程明经道的地位，已经完全被文史兼修的文章道所压过。

在藤原氏专权下，律令制原有的人才选用制度遭到破坏，大贵族子弟不必进入大学寮，无需才学，通过“荫位”和“院举”即可直接得到高位或官职。这就断绝了大多数与摄关家没有关系的中下级贵族的官吏升迁之道。因此，有志于进入大学寮学习的人数减少了，支撑大学寮教育的考试制度已徒具形式。文章毕业考试的“难关”（方略试），也是如此。据《江谈抄》，大江匡衡在979年参加方略试前，已私下从出题人菅原文时那里获得试题，完成作为答案的论文后，在考试当天提交给菅原文时，然后坐等考试合格的判定结果。[49]“省试”和“寮试”也问题迭出，考试水平也大大下降。

9世纪后半期表露出的教官世袭化倾向，到平安中期至末期更加明显。各道教官的人选限定于特定的氏族人群。各道中，最早实现教官世袭化的是算道。10世纪末以后，算道博士由小槻和三善两家代代世袭。此后，明经道、文章道（纪传道）、明法道的教官也渐次氏族世袭化。明经道博士由清原、中原两家掌管；文章除菅原、大江两家外，还由藤原氏南家、北家与式家掌管；明法由坂上、中原两家掌管。掌管明经道的清原、中原两家，到12世纪末，出自中原家的教官有23名，清原家有13名。随着学问的“家业”化，学问逐渐走向停滞。这些世袭教官的讲习研究，都没有超出法定教科书及注释书的范围。学问似乎已被视为特殊人群的特殊技能，而丧失了其真正意义。

10世纪后半期，随着律令制解体速度的加快，大学寮比较重要的活动如考试、释奠等，也不再如期举行。比如，延喜式规定省试在每年的二月和八月举行，但是10世纪后半期以后，举行次数逐渐减少，最终二、三年才举行一次。此外，由于大学寮教官或式部省官员的懒惰、违规行为，省试中也出现不少问题。968年出过两次事故，一个是六月省试当天紧急变更部分考题，一个是十一月省试突然停止合格裁定。释奠仪式中，最开始崩坏的是秋天释奠翌日举行的“内论议”。11世纪初后，已经不再举行内论议，甚至释奠当天举行的讨论会也经常停止。1183年八月举行的释奠又改用“青菜类”代替中国风的供品。[50]在某种意义上，这说明佛教的影响已经深入到儒学的根据地——大学寮中了。大学寮的财政也陷入窘境。为了维持常规支出——释奠的花费，以及临时支出——大学寮的设备修理费，大学寮不得不依赖临时收费和名为“成功”的卖官制度。

给奄奄一息的大学寮以最后一击的，是安元三年（1177）四月二十八日烧起的一场大火。当晚，樋口富小路附近起火，火势由旋风催动向西北绵延，最终殃及皇宫和周围的官厅。除太极殿外，八省院不存一宇，神祇官、民部省、式部省、真言院和大膳职相继罹祸，大学寮和劝学院也被烧毁。火灾后，同时罹灾的各官厅和劝学院不久得以再建，唯独大学寮从此关门停办。这表明大学寮的历史使命已经完结，没有存在的理由。各国的国学也从10世纪起开始废绝。

大学寮烧毁后，教官、事务官、学生等在名义上暂且得存，释奠和毕业生考试等也有举行，然而已经是徒具形式。可以说，以儒学教育为核心的律令制教育体系，1177年后就完全消失了。