清政府发出前述照会后，日本公使将之转呈外务省。同年9月寺岛宗则转任文部卿，政府参议井上馨接任外务卿。10月8日，井上馨致书宍户，26日由宍户译成中文复照，其全文如下：[30]

接中国总理衙门明治十二年八月二十二日（中国光绪五年七月初五日）照会，内叙琉球为中国所属等因，备经照阅。查琉球属于我国，不啻信而有征，前次回函，既致详悉。今惟有以一理直截了结此案。盖我国于琉球，征而服之，抚而理之，以其事实而不以其虚文。庆长以前姑[且]置之，庆长之役，举其全岛，献誓效顺，而邻近诸国环拱而视，不敢拦阻我掌管之权，于是既专矣。尔后，派员遣戎，一同内地。而尚宁之后，袭任者必立誓文，以昭信守。其任三司官者，必宣忠国之盟，世世无怠（誓文别具副单），经三百年犹一日。今者，废藩置县，仍庆长之遗举，统治之实，终始如一，彻头彻尾，断而行之，不容他人干涉。我处办琉球，如斯而已矣。

总理衙门来文，所举为属国之证者，谓册封、朝贡、正朔。然册封、朝贡、正朔，则中外羁糜之文具，而非政教之实也。从大清会典所载，则西洋诸国亦与琉球、安南等同，居四夷朝贡之一（据魏源圣武记、会典所载西洋，谓意太里亚、英吉利等）。此仍举宇内交通之国，被以所属之名，而不可通于事实矣。中国王大臣谓职责一层，不足为重轻也。盖所属之实，在于政教征调何如，而不在于名物仪文之末也。王大臣固知之矣。至谓子弟入国子监肄业及抚恤遭风船只，是凡通于邻好之常事，而何足为所属之证也。夫断案者，据其实而不以其名，是则琉球一事，确为我之内政，而果与王大臣所引修好条规不相涉也。若以琉球有与各国换约，作自为一国之证，夫特立之国可以与外国换约，而与外国换约，未必足以得特立之权。当时我国封建末势，外交之事未有统纪，岛人逾分犯义，自冒小国之列，而各国亦末及审其实，是皆由偶然，不足为一国特立之证据也。所立约款，专图海次安便，与我国现行条约不擀格，可得依以履行，而不与中国相涉也。

其他如尚园为舜天王之后，有球人蔡铎中山世谱序可据，而大清文献通考，亦两说并举。南岛入贡及足利氏以琉球加封岛津忠国，并在朱明之前。所引冲绳志序及小叙，系一家私言，非典例所存。今不逐节置辩，以省烦言耳。

要之，废藩一事，我国经审议而断行之，今不能转寰以协中国之意，亦不得已也。至谓有明白事理之人主持公道，本大臣亦未得其要领。夫立国者，自择进止，即公法所存也。两国同文友睦之谊，期之永远，区区琉球，中国王大臣固谓其不关轻重，而何至遽引他人以图办理乎？末芥微事屡屡问难，竟非邻交之美，中国王大臣谊高全宇，幸有所顾全矣。

从上述复照的内容来看，日方引以为据者，主要是所谓庆长之役（1609年）“征而服之，抚而理之”。这也是井上言称“以一理直截了结此案”的根本所在。然而，就历史事实而言，日本庆长十四年萨摩出兵琉球，乃是一种入侵行径。琉球王尚宁被俘，确属事实。但其所作誓文实属无奈，以致死前依然遗恨，不肯葬入祖坟墓地。[31]至于此后日本对琉球派员遣戍，“一同内地”，则属不实之辞。因为时至日本明治四年（1871年）七月十二日，鹿儿岛（萨摩）藩向政府报告的文书中，也只是谈道：“庆长降服以来，以至今日，鹿儿岛议政厅派遣土官，行使政务，琉球也在鹿儿岛设馆，官员交替驻在，每年差送租税”，并承认琉球“隔年对中国派出贡船”，以及琉球“称皇国和中国为父母之国”，处于“两属”地位。[32]其中所谓“行使政务”，乃是“监视”琉球，垄断中琉贸易利益，而不是代行琉球政治。

据琉球国史《球阳》记载：1609年日军入侵琉球后，“萨州太守遣高崎氏、尾张氏等，均田地正经界，始定赋税，纳贡于萨州”。是时，琉球“始授仕上世座奉行职，而专理纳贡于萨州并镇守官饭米等事”。[33]尚宁王之后，尚丰王十一年（1632年），琉球“创建旅馆于那霸（俗叫假屋）。萨州川上氏率横目一员、附众二员、与力、笔者各一员，奉使抵国，以为监守（俗称在番众，又称镇守官）。此时始设旅馆数座，安插其使者也哉”。[34]

从上述记载来看，当时萨摩藩向琉球派遣官员驻在“假屋”者，不过是为“监守”。而这种“监守”人，则是“始为大和横目”，其主要是“观察球人及镇守官员行事善恶”。后来，“日本人居住中山者，多授此职”。[35]及至尚贞王在位二十五年（1693年），琉球“创定姑米、马齿两岛遣大和横目职两员，看守贡船往来”。[36]“至于近世，本国之人奉萨州之命而任此职也。”[37]换言之，如果庆长十四年之后，日本便将琉球“并之萨摩封土，统其内政，兵戍其土，吏理其民，经其田收其税，布禁行令”的话，那么近代日本又何必“处分”琉球？又何必另行派遣兵员？又何必强行收缴琉球的文书、账薄？由此可见，所谓“抚而理之”乃至“派员遣戍，一同内地”的说法，实属欺人之谈。不过，所谓废琉罝县“仍庆长之遗举”，“不容他人干涉”，倒是恰好证明了近代日本继承了二百年前萨摩对琉球王国的强制。