同年六月二日，日本政府（时称正院）向左院下达旨意，内称：“琉球历来附属萨摩，修觐礼、献币帛。然而，彼又奉中国正朔，接受册封，我亦未问其携贰之罪，因循数百年之久。今者，适值正名义、张纲纪之时，须纠正如斯暧昧之事，如何处理为宜，当在审议后上陈。”[11]于是，左院就井上馨的前述建议，以及来自日本外务省的意见，进行了全面审议，并作出如下答复。[12]内称：

（一）琉球国两属于我国与中国，乃是从前其国形势所致，无需再论。

（二）琉球国自明代开始，以至清代，受其册封，奉其正朔。但名为受其册封、奉其正朔，而实为岛津氏累世支配，不仅派遣士官镇抚其国，而且使之率使臣来朝，是为幕府以来之制。由是观之，琉球依赖于我，远胜于清。清以名义使之服从，而我以实务使之服从。

（三）琉球国之两属，名义不正。今若纠正，使之属我一方，则将与清国开启争端。纵令不致如此，也手续纷纭，归诸无益。因名义乃是虚文，而实为要务，接受清之册封、奉中国正朔，乃虚文之名义，而岛津氏派遣士官，镇抚其国，乃要务之实。我得其要务之实，而予清以虚文名义，故而可以不必纠正之。

（四）有如大藏省另纸所述，接待琉球使者，不可视如接待西洋各国使节，这无需再论，但也不可与国内地方官之朝集同日而语。维新之后，现今使者方来朝见，其事件不比地方官更为重大。故而，可权且由熟悉各国接应，且官员齐备之外务省掌管此事，较大藏省为便。

（五）外务省接待琉球使者，应尽量以国内事务规则待之，与接待欧美各国太平特派使节加以区别，不用对等国之礼，当按属国为之。

（六）外务省所呈报之三条处理琉球的意见中，有关停止琉球与外国之私交，可昭然实施。至于宣布琉球为藩王及叙列华族，则不可无有异议。现揭载如左：

不可宣布叙列华族，系因国内形势沿革以来，人有族类之别，确定皇族、华族与士族之称，乃是基于国内之人类，不得不自然设立如斯名目之形势。而今，不可宣布琉球国主为华族之称谓。琉球国主乃琉球之人类，不可与国内之人类混同，可封为琉球王或中山王。琉球藩王之藩号不妥，内地既已颁布废藩置县，再授予琉球藩号，就名义而言，也与前令不符。且琉球兵力单薄，不堪为皇国之藩屏，世所知之。以实际而论，也无授予藩号之理。故而，可删去藩号，宣布为琉球王。

（七）皇国乃东洋、西洋皆知之帝国，其下有王国、侯国，乃当然之事。封琉球为王国、为侯国，尽在我之所欲，删去藩号，宣布其为琉球王，也无碍我帝国之所属。

（八）如上所述，我封之为琉球王，也可准其更从中国受封王号，可分明看作两属。

（九）琉球历来由岛津氏派遣士官镇抚，可循其例，由九州镇台派出哨兵。我对东洋、西洋同盟各国，以信义公然交际，彼等也无毁信义、犯我所属土地之道。故而，前述哨兵不在防备外寇，而在镇抚琉球国内，人数无需众多。

上述日本左院的审理意见，是为面面俱到。其中，承认并主张保持琉球的“两属”地位，可谓含有正视历史的成分。从手段上说，或与井上馨直接占有琉球的建议有所不同，但在本质上，仍是要把琉球变为日本所有。而日本政府也正是在这个意义上，经过权衡之后而采取措施的。