有清一代的中琉关系，可谓更加密切。据琉球国史记载，尚质王之子尚贞于康熙八年（1669年）即位，十九年（1680年）遣使奉表请封。此前，康熙十七年（1678年），“遣耳目官陆承恩、正议大夫王明佐等，入京奉表、贡方物，并奏乞增船一只，迎接敕书及贡使，以便往来”。对此，“圣祖从之”。[13]此后，琉球前来中国的船只，始有“进贡船”与“接贡船”之分。

据日本学者记述，琉球的进贡船为二只，头号船乘员一百二十人，二号船乘员七十人。进贡船出航的第二年，派出进贡船，乘员为一百人。琉球船到达福州后，有中国官员出迎，护送至琉球馆。全部乘员的滞在费用，皆由中国负担，且被作为“国宾”对待。前往北京的正副使节及随员（二十人），沿途也有中国官员护送，鼓乐导行。贡使一行大小官员乘轿，从者乘马或乘车，往来费用也皆由中国地方官府支付。一路之上，投宿公馆，受到异常款待。到达北京之后，则由礼部派人办理诸事。其住宿之地，另由二十人左右的士兵昼夜守护。及至使节拜见皇帝后，除在京受到款宴和赏赐外，使节一行返回福建之际，依然由经过各省地方官员迎送至福州，然后等待本国接贡船一并归国。[14]

进而，《中山世谱》记载，康熙二十七年（1688年），尚贞王派遣耳目官毛起龙、正议大夫蔡铎等，“奉表入京，贡方物”，并具疏言称：“接贡船于关上纳税，费用甚多，且明朝以来，所遣贡船二只，以百五十人为定，而海阔人少，往来不便……乞免其税，并加增人数。”“礼部议奏：琉球纳税，照荷兰国例，该应蠲免，止贡船人数，应遵会典，何必更增。圣祖曰：琉球来享最久，且吴三桂、耿精忠谋叛之时，安南归吴三桂，琉球则耿王遣使招之，终不肯服。克笃克诚，恪恭藩职。其恭顺之诚，深可嘉尚。再命礼部下议，贡船以二百人为定，并接贡船被免纳税。”[15]此后，琉球“贡船以二百人为定，接贡船一并被免纳税”，[16]进一步受到当时中国对外贸易的优惠。

从现今出版的《清代中琉关系档案选编》中可以得悉：有关免除琉球关税的数额相当可观。如乾隆二十四年（1759年），暂署福州将军兼管闽海关事副都统明福奏报：“本年七月二十八日，据委管南台税务都司顾廷机禀报，琉球国接贡摘回使者船只，拟即开驾回国。据该国通事蔡熙，将该国王发来银两及梢伴人等兑回布帛、药材等物，造具清册，缴报到关，所有头号船货，核税银二百二十两，二号船货，核税银二百零九两……。臣查琉球贡船带回货物历届俱免征输，兹摘回使者船只，事同一例，应仰体皇上柔怀远人之德意，并免征收。批行遵照去后，复据该委员顾廷机禀报，使者向永誉等，感戴皇仁，欢欣忭跃，赴关叩谢”云云。[17]根据当年萨摩藩向幕府报告的情况来看，萨摩藩为了从琉球对中国的贸易中获得巨利，从日本天和二年（1682年）至贞享元年（1684年），向琉球进贡船筹借的银两为八百七十两，翌年向琉球接贡船筹借的银两为四百二十两，而日本正德年间（1711—1716年），合计也不过九百两。[18]这中间或许有所隐瞒，但由此也可知晓，中国对琉球免税的数额，与萨摩筹措借给琉球的银两相比，所占比例不小。