如上所述，萨摩入侵琉球后，对其进行洗劫，强行割占琉球、奄美等五岛，强制琉球入贡，监视并成为介在中琉贸易之间的盘剥者。然而，这些对中琉之间的关系并没有发生根本性的影响。

据中琉双方记载，萨摩入侵琉球后，琉球照样对中国“遣使修贡”，只是因为“其国残破已甚……乃定十年一贡”。[1]天启二年（1622年）春，“世子”尚丰派遣王舅毛凤仪、正议大夫蔡坚等人奉表贡方物，“并以尚宁王讣告，兼请袭封”，同时，“奏乞二年一贡，以效忠顺”。[2]为此，熹宗皇帝“乃定五年一贡”。崇祯三年（1630年），尚丰又遣正议大夫蔡廛等人“奏请袭封”。崇祯六年（1633年），毅〔怀〕宗皇帝乃派户科给事中杜三策、行人杨抡为正副使，“赍诏至国，谕祭故王尚宁，封世子尚丰为中山王”，复准琉球二年一贡。[3]及至崇祯十三年（1640年），尚丰王逝世，世子尚贤依然遵从旧例，于崇祯十七年遣使“奉表贡方物，并以尚丰王讣告，兼请袭封”。[4]

如此种种，说明中琉之间的册封关系并没有改变，中国皇帝的册封仍是琉球世子即位成正统的权威性的依据（请参阅清代册封琉球年表）。中国史书记载，时至明代“两京继没，唐王立于福建，〔琉球〕犹遣使奉贡”。[5]可见，琉球对中国关系之深。因而史书记称“其虔事天朝，为外藩之最”。[6]

在此期间，尤当记述的，是前述万历四十四年（1616年），日本“有取鸡笼山（台湾）之谋”。当时，忍辱负重的尚宁王，在国家残破的情况下，依然不忘“遣使以闻”，[7]告诸中国防范日本侵略。这进一步说明了尚宁王始终没有改变对中国的态度，同时也是对萨摩入侵琉球的抗争。

大清入关之后，琉球与中国的关系，随着时势的变迁而发展。据载，清顺治三年（1646年），琉球使臣王舅毛泰久、长史金思义及前使金应元等，便“随大将军贝勒〔当时率清兵入福建灭南明隆武政权者——本书注〕入京投诚”。后因礼官奏称：“琉球国世子尚贤，前已遣使请封，而今前朝敕印未缴，乞遣通事谢必振，奉旨往谕”，故而未便受封。于是，世祖派遣通事谢必振，与琉球使臣一并归国。[8]第二年，尚贤王逝世，其弟尚质则“自称世子，遣使奉表归诚”。[9]顺治十年（1653年），尚质派遣王舅马宗毅、正议大夫蔡祚隆等，“赴京贡方物，表贺世祖登极，并缴还明朝敕印，兼请袭封”。[10]于是，顺治皇帝特遣兵科副理事张学礼为正使、行人司行人王垓为副使，赍捧诏印，往封尚质为琉球王。但因“海氛未靖”，张学礼等人未能成行。以致正副二使连同地方督抚，一并受到惩处。及至康熙元年（1662年），清圣祖“再降敕谕”。内称：

“琉球国世子尚质慕恩向化，遣使入贡，世祖章皇帝嘉乃抒诚，特颁恩赍，命使……赍捧敕印，封尔为琉球国王。乃海道未通，滞闽多年，致尔使人率多物故。朕念尔国倾心修贡，宜加优恤，乃使臣及地方官逗留迟误，未将前情奏明，殊失朕怀远之意。今已将正副使、督抚等官分别处治，特颁恩赍，仍遣正使张学礼、副使王垓，令其自赎前非……。一应敕封事宜，仍照世祖章皇帝前旨奉行。朕恐尔国未悉朕意，故再降敕谕，俾尔闻知”云云。[11]

张学礼等人于翌年七月至琉球国，“成礼而还”。但因册封迟误而“处治”册封使节及地方官员，这在中琉关系史上并不多见。它意味着大清皇帝更加重视对琉关系。同样，琉球王国也一如既往，把接受中国皇帝的册封，作为一大盛典。据张学礼在《使琉球记》中记载，琉球国对清代册封使的来临，较之前代更为隆重：册封使船（也称“冠船”）到岸，“鼓乐导引，倾国聚观”，其人数“不啻数万，欢声若雷”。是时，“王出城三里，至守礼坊下，具朝服行九叩礼”。然后，陪同使节一行，“乘轿进城，至中山殿前，将敕印供奉”，又行九叩大礼。时由副官某登左台，宣读皇帝诏书，“王〔在台下〕跪听”。诏书宣读之后，使节“将敕印并恩赐蟒袍、装花绫绸四十八匹付王收受”，王再行九叩之礼。事毕，再由另一副官登右台，宣读写给王妃的敕谕，王妃同样“〔在台下〕跪听”。然后，“将蟒缎、装花绫绸四十八匹，付王转付王妃收受，又行九叩礼……”，[12]其场面极为肃穆。而所说的“九叩之礼”，乃是当时中国封建社会臣下对君主的法制。琉球王接受中国皇帝册封之时，行三拜九叩之礼，可谓也是遵从中国封建礼法的一种体现。

清代册封琉球王年表