奈良时代佛教与国家政治的关系非常密切，弘扬佛法被作为国家的政治事业来推行，寺院也多建在接近政治中心的地方，佛教具有国家主义的特征。平安时代初情况有所变化，当时最有力的教派，如最澄开创的天台宗和空海开创的真言宗，都相继在远离朝廷的山中建寺，与国家政治的关系已不那么直接，十世纪以后，随着律令体制出现颓势，国家对佛教的控制进一步削弱，这时净土教发展起来。净土教信仰阿弥陀佛，说阿弥陀佛在远离众生所居的娑婆世界十万亿土的西方，建立了极乐净土，信仰者死后可得救而往生净土。净土信仰开始向民间扩展，传教者也走出寺院，在街头村尾漂泊说教。其中最著名的代表是空也（903—973年），他在京都街头宣讲念佛，还背负佛像行脚奥州教化世人，被称为“市圣”“阿弥陀圣”。稍后源信（也叫惠心，942—1017年）著《往生要集》，系统地整理和阐释了净土教义，吸引了更多的信仰者。

原来，自十二世纪中叶的保元、平治之乱（宫廷内部利用武士争夺权势的斗争）以后，连续不断的战乱导致人心惶惶，于是佛教所说的“末法”思想大盛。人们普遍对现世绝望，转而求救于来世。此外，兴盛一时的天台宗、真言宗等旧佛教已陷于仪式烦琐，教义艰深，加之广蓄僧兵，飞扬跋扈，和广大民众的距离越来越远。于是镰仓时代出现了简素化、大众化，也更进一步日本化的新佛教，如净土宗、净土真宗、时宗、日莲宗、临济宗、曹洞宗等都是。

净土宗由法然（源空1133—1212年）所开，认为修寺、造佛、供养、读经都是次要的，只要念阿弥陀佛的名字就能往生极乐。不论智愚、不问贫富、不分男女、不计老幼，只要专心念佛，即可赖他力（佛力）遂其往生净土的心愿。由于其实践简单易行，又绝少排斥性，信者极多。

净土真宗（也叫真宗或一向宗）由亲鸾（1173—1262年）所开。亲鸾进一步发展了乃师法然的教义。他曾在东国的农村生活了二十年之久，对下层劳动群众的生活和思想有深切的了解，他们贫困无知，不能以自力修行，迫于生计又不得不从事打渔、狩猎之类的“杀生”职业，这些人能否往生净土，是他必须回答的问题。他开创的净土真宗认为，不必靠自己的修行，靠他力（佛力）就能得救。所以，他认为“恶人”也能往生极乐。他本人也过着吃肉娶妻的超戒律生活，自称“愚秃亲鸾”。但是，他认为必须过着感谢佛恩的日常生活，这就是念佛，一心念佛就能往生。由此，他使世俗生活和宗教生活自然地融合起来。净土真宗在农民中间广泛传播。

时宗由一遍（又名智真，1239—1289年）所开，系净土教的一个宗派。主张无念无他，一心念佛，死后即能往生净土，也是一种绝对他力信仰（不强调自己修行）。一遍声称他得了神谕，须发展信徒六十万。于是他举着“南无阿弥陀佛决生往生六十万人”的牌子游行化募，故也称“游行宗”。念佛时伴随舞蹈，并和神道的伊势信仰、熊野信仰相结合，表现出很强的庶民性和民俗性。一遍的足迹遍及全日本，农民信徒很多。

如前所说，早在公元662年，日本已出现了第一座禅院，但禅宗在当时影响不大，直到公元十二三世纪，入宋僧荣西和道元先后将临济宗、曹洞宗传入日本，并受到以将军为首的武士阶级的信奉，禅宗才真正兴盛起来。禅宗如道元所教导，“不烧香、不礼拜、不念佛、不修忏、不读经，只管打坐”，其简素性已简到不能再简的程度。这大概也是其大受驰马疆场，来去匆匆的武士们欢迎的重要原因之一。

其他新教各宗兹不一一述及。但是，所有这些新佛教都是在当时日本社会历史的具体条件下产生并发展起来的，无论在教义观点及其阐释上，还是在普及传播的手段上都不同于中国，具有十足的日本特色，完全成为日本式佛教。