佛一开始就是被日本人作为“外国神”来接纳的。[24]也就是说，在日本人眼里，佛和神之间不存在不可逾越的界限。相反，他们逐渐以不同的形式互相接近和渗透，乃至融为一体。奈良时代初期，开始在神社境内附设寺院，出现了由僧尼供奉神祇的神宫寺和别当寺，如气比神宫寺就是有名的一个。而且这种神道与佛教混合组装的神宫寺在全国普遍盛行。从奈良末到平安初，又出现了叫做“神分度者”的非常稀奇的度僧制度，就是把僧侣派往神社，让他们在神前诵经，并特地为神度僧。比如“大比睿神分度者”“小比睿神分度者”“贺茂明神分度者”“春日明神分度者”等都是。850（嘉祥三）年这一年为神度僧达七十人。凡是这一类得度者，名前均有“神”字。

除了派僧为日本的神服务外，还开始给日本神奉加佛的称号，如奉宇佐八幡神为“护国灵验威力神通大菩萨”，奉大己贵、少彦名为“药师菩萨名神”，奉菅原道真为“天满大自在天”，等等。另外，在创建寺院时，还常常把当地的神或与该寺院有关系的神也“请”到寺院内加以供奉，把他们作为寺院的守护神。如京都的太秦广隆寺内供奉了鹿岛、香取等三十八个神社的神灵。

以上这些都是佛教方面所采取的积极向神道渗透的行动，而神道方面也表现出了接近佛教的意图，尤其是宇佐八幡的神官集团，为了得到中央政权的垂青，他们为征伐隼人而在神宫内修建三级塔，安放最胜、法华二经。后来又对东大寺的修建进行积极支持，假托八幡神意，表示“吾神欲助修造大佛”，并让巫女大神杜女（神附体者）受戒为尼。由于一系列向佛教靠拢取悦天皇的行动，使宇佐八幡神宫取得了和伊势神宫并列而具有国家宗庙资格的地位。[25]

神与佛的互相渗透和接近，最后导致了神佛同体说和本地垂迹说的出现。所谓“本地”是指不受时空限制的绝对的佛，所谓“垂迹”是指佛幻化为神出现。意思是说，佛为了普救众生，便以神的面目在各处显现。这样，原本是彼此无涉的佛和神一下子巧妙地联系起来了。本地垂迹说大体是在藤原时代发展起来的。当时佛教各宗中以真言宗势力最大，继之，净土宗也勃兴起来。真言宗的本尊是大日如来，他具有综合统一宇宙的资格；净土宗的本尊是阿弥陀佛，他既主宰一切，又是一切的根源。这两尊最有权威的佛，分别找到了两尊最有权威的神作为自己的化身，即天照大神被认为是大日如来的垂迹，八幡神被认为是阿弥陀佛的垂迹。总之，“本地垂迹”说的发展过程可以归纳为三个阶段：在较早的第一阶段中，神也被看做众生，他们和人一样是佛救助的对象；在第二阶段中（大约在十世纪前后），神被加上了菩萨的称号，并被看做是佛的转世；而到第三阶段（大体在十一二世纪），特定的神被与特定的佛联系起来，并把前者看作后者的化身。[26]这样一来，佛便散发着日本的泥土味。神佛混合一直贯穿在日本的宗教中，以至于明治初年维新政府特地下了神佛分离令，试图将二者判然分离。虽然在表面上有所改变，但在日本民众的心理中神与佛仍有着难解之缘。笔者想顺便指出，中国民众也有着类似的观念，如笔者幼时在家乡河南农村所见，神庙中往往住有和尚，奉祀着“娘娘”之类的神明。