孙中山和日本人的接触是多种多样的。他不仅与政界、军界、财界和大陆浪人接触，而且和日本的知识分子也有来往。

孙中山结识的日本知识分子中，有一位叫南方熊楠。南方熊楠（1867—1941），和歌山人。他是世界上有名的大生物学者。17岁入东京大学预备校，1886年渡美上大学。他是一位黏菌专家，提出有关黏菌的报告150余篇。同时又博学多才，除生物学外，还研究民俗、考古、天文，会英、法、德、俄、意、汉等多种语言。他撰写的《远东的星座》一文，1893年在英国获得伦敦学会的一等奖，一举成名。

孙中山于1897年3月16日，在英国的大英博物馆东方图书部主任道格拉斯的办公室初次见到南方熊楠。[10]而南方熊楠早在1896年11月9日，通过孙中山被囚禁于清驻英使馆之事，便闻知孙中山的大名。[11]

据南方在伦敦时的日记，孙中山与南方会晤二十四次。两人不是在大英博物馆，就是在南方住所会晤，或者一道去参观，或者游园，或者一起去餐馆用餐，关系密切。南方同情孙中山的革命事业，对孙热心相助，在孙中山即将离开伦敦经加拿大赴日本时，设法协助孙中山。6月29日，南方偕孙访镰田荣吉，请镰田把孙介绍给日本的冈本柳之助。镰田写道：“持有此信的中国人孙逸仙去东京，请接洽。”[12]同一天晚上，又访田岛担，请他把孙介绍给日本的菊地谦让。翌日，又把将孙介绍给佐藤寅次郎的信交给了孙。南方的这种热情协助，无疑是孙中山赴日，把日本作为革命活动基地的一个因素。

孙中山对南方的同情、协助颇为感激，离伦敦前夕，即6月27日，挥笔写下“海外逢知音南方学长属书香山孙文抒言”一词，赠送给南方，表达他对南方的谢意。[13]

孙中山与南方熊楠的此种友谊，是有思想基础的。南方在美国大学中途退学，作为马戏团的职员周游中美、南美、墨西哥、西印度群岛、古巴等地，还在古巴当过革命军的士兵。这种经历对南方的思想是有影响的。1897年孙中山初次见南方时问他：“一生之所期为何？”南方答：“愿我东方人一举将西洋人悉逐于国境外。”[14]南方是民族自尊心很强的人，对西洋人入侵东方，深觉厌恶。1897年11月，德国以教案为借口侵入山东。南方认为：“有德国人占领胶州湾之事，东亚民族为之气焰不昂。”[15]其时大英博物馆里有人轻侮南方，南方一怒之下，在500余名读者面前痛殴其人。这表明，南方有东洋人的正义感，性情刚直豪迈。

孙中山于1897年7月2日离开伦敦，8月16日抵东京。南方于1900年10月15日回到日本。南方得知孙中山居住在横滨，即致书约见。此时正是惠州起义失败，孙中山刚从台湾回横滨不久。但是，12月11日孙中山复函南方：“欣闻回抵故乡，至为快慰。至盼尽早与君相见，互相诉说近数年来个人情况。我于上月甫自台湾归来，可能不久又将离此他往，但如君不能前来东京，我在启程前当前往拜访。”[16]孙中山于翌年2月13日，偕兴中会横滨分会干部温炳臣，同往和歌山拜访南方。南方设宴招待孙。两人欢谈数次。15日孙中山离和歌山。南方特到车站握手话别。

同年4月9日，孙中山离日本赴檀香山。因念念不忘南方，在檀香山采集地衣标本，赠送给南方。南方获得这一珍奇植物，欢喜若狂，立即致书孙，询问地衣生长的环境。孙中山6月17日回到日本后，7月1日致函南方，告其生长的环境。

1911年10月10日武昌起义爆发。南方获悉起义消息后，于10月14日致书柳田国男，谈及此事，说如形势稳定，想去中国看一看。[17]南方和孙中山曾有约定：“如他（指孙中山——笔者注）的事业成功，把广州的罗浮山搞成世界性的植物园。”[18]为实现这一约定，南方表示“如他的地位早日稍微稳定……想去他的国家”[19]，并致书友人，多次表示去中国的意愿。这表明了南方对孙中山革命事业的同情和对革命后中国的期待。

饮水不忘掘井人。1913年2月孙中山访日，致谢曾经协助其革命事业的日本人士。此刻，孙中山也没有忘记南方这位学者，他通过伊东代知转告南方：到和歌山看望老友。但这时南方患眼病，行动不便，因此两人未能重逢。

孙中山与南方熊楠的友谊和交往，表现了孙中山对日本人民的深情厚谊，以及他尊重科学、尊敬科学家的精神。