1905年朝鲜政府被迫签订卖国的《乙巳保护条约》后，朝鲜人民立即展开了全民性的反抗斗争。城市的工人罢工，学生罢课，商人罢市，在善山、安东、泰仁、南海等地纷纷发生农民暴动，一部分封建官吏也弃职抗议卖国条约，提出“废除保护条约”“驱逐倭敌”“恢复国权”“处分卖国贼”等口号。

反日义兵斗争重新活跃起来，闵宗植在忠清道鸿山组织义兵，向各地活动。1906年6月占领舒川、洪州等城，一再打退围攻洪州的日军。

在全罗道，崔益铉、林炳赞于1905年组织义兵，1906年6月占领淳昌和谭阳两城，以后继续占领了泰仁、谷城，扩大了义兵的势力。

1895年领导义兵的李麟荣、李康年等也在江原道再次组织义兵进行武装斗争。

平民出身的申乭石（石或作锡）领导的义兵在庆尚道的平海、宁海、青松、义城、英阳等地广泛开展游击斗争。这支队伍勇敢善战，甚至进军到北部的蔚珍、三陟，采取神出鬼没的战术，包围和消灭敌人。

和前期一样，义兵不仅反对日本侵略者，并且与各地的贪官污吏作无情的斗争。1906年上半年义兵活动的主要地区是京畿、忠清、全罗、庆尚、江原等5道40余郡，到同年10月至1907年6月，扩大到黄海道，达到6道58个郡。这时领导义兵的已不仅是儒生，还有平民出身的人，义兵运动的人民性、持久性也比以前加强了。

1907年6月朝鲜国王李熙（高宗）秘密派遣使节三人到荷兰出席海牙第二次国际和平会议，企图否认《乙巳保护条约》，要求各国援助，结果失败。这一事件对日本自然是一个并吞朝鲜的最好借口，伊藤博文当即表示要对朝鲜宣战，同时嗾使李完用卖国内阁威逼李熙退位。李熙坚决反对，日本政府派外务大臣林董到朝鲜施加压力，朝奸李完用、宋秉畯等再加威吓，李熙终于7月18日被迫让位给太子李拓。消息传出后，京城广大人民极度愤慨，立即实行罢市、示威，群众高呼“杀死内阁卖国贼！”“肃清日本帝国主义！”“捣毁一进会的机关报国民新闻社”。爱国者激昂慷慨地在街头演说，号召群众参加斗争。19日李熙让位的诏书发表，全城秩序更乱，游行队伍袭击西门外日本警察所，与日警血战。一部分朝鲜军队（侍卫队）冲出兵营和日军开火，当晚王城附近的侍卫队进入官内，准备在20日举行让位式时，将各卖国大臣全部杀尽，因计划暴露被镇压。但当天群众袭击卖国贼李完用的住宅，并将它烧毁。暴动迅速蔓延各地，龙山、公州、晋州、安城、大邱、釜山等城市都发生了反日运动，仅京城一地的斗争，就坚持了7天。李完用勾结日军，进行疯狂的镇压，日军占领了各地的火药库，冲入朝鲜兵营搜缴弹药，企图制止军队的暴动。

7月24日，李完用在伊藤博文指使下签订了《日韩新协约》（又称《丁未亡国条约》）七条，规定朝鲜的行政权和司法权全部由日本统监掌握，朝鲜高级官吏的任免和外国人的聘用都须经日本统监批准，朝政府须任命日本统监所推荐的日本人为朝鲜官吏。从此政府各部次官都由日本人担任，全国各级机关都任命了大量的日本官吏，判任官以上达3000名。根据这一条约，日本帝国主义完全掌握了朝鲜的政权，同时加紧了对朝鲜人民的恐怖统治，毁灭了朝鲜的固有文化和民族意识。不久更逐步掌握了朝鲜的司法权及警察权，大举屠杀朝鲜爱国人民。正如列宁所说，“在那里把沙皇政府的一切办法、一切最新技术，同纯粹亚细亚式的刑法和空前的残暴行为结合起来了”[209]。

日本帝国主义者对朝鲜军民的反抗运动，早就企图彻底镇压。当朝鲜政府被迫签订《日韩新协约》时，伊藤博文为消灭朝鲜人民的武装力量，首先策划了解散朝鲜军队的阴谋。在订约同时，和李完用秘密换文，约定在朝鲜实施新设法院，“改正”监狱制度，整理军备及任用日人为朝鲜官吏等一系列镇压朝鲜人民的措施。[210]其中“整理军备”一项就是解散朝鲜的军队。

朝鲜军队在日俄战争后，由于日本一再逼令实行“减兵策”，原有的军队（训练队）都已裁撤，剩下的已不到1万人。根据日本官方的材料，解散前的朝鲜军队配备地区及人数如下：

侍卫步兵联队2个，驻京城，即中央禁军。每联队约1800人，共计3600人。此外骑、炮、工、辎等兵种约400人。

镇卫步兵大队8个，驻全国8个道，即地方军队，每大队约600人，共计4800人，各大队尚附有分遣队若干。[211]

日本对朝鲜仅有的这9000人左右的军队都不容保留，1907年7月31日夜日本统监伊藤博文和军司令官长谷川通过朝奸李完用、李秉武（军部大臣）发布诏敕，将朝鲜军队除护卫皇室的侍卫队一大队外全部解散。8月1日先在京城训练院举行侍卫队的解散仪式。这天清晨，日军部署完毕，各兵营的朝鲜军队2000人在日本教练官指挥下紧急集合，徒手前往训练院，李秉武读完解散的诏敕，日军立即上前将朝鲜兵士的肩章军帽脱下，士兵们在毫无准备的情况下发觉这一阴谋，登时发出悲壮的呼声，有的伏地痛哭，有的脱去上衣，和日军搏斗。这时南大门内侍卫第一联队第一大队长朴星焕悲愤自杀，激起了全体官兵暴动。和它邻接的第二联队第一大队官兵也响应加入，坚决反对去训练院。1300多名军队和日军展开激烈的巷战，给敌人沉重的打击。其后日军不断增援，并从南大门城墙上用机关炮的密集炮火射击。战斗继续了四五天，杀死日军100多名。朝鲜军队在寡不敌众、弹尽援绝的情况下被血腥镇压，官兵战死者100余人，负伤者数百人，有500人被日军俘虏。[212]

日本帝国主义在解散京城的各部队后，紧接着从8月3日起解散各道的八个镇卫大队，到9月3日北青的镇卫第八大队被解散为止，原州、江华、忠州、堤川、骊州等地，都不断发生解散军人的暴动。

地方镇卫大队中最早被解散的水原镇卫队江华分遣队于8月3日就首先发难，反抗解散命令，袭击日宪兵驻在所，在激战后退入山中，参加了义兵部队。8月6日江原道原州镇卫队250人在解散命令到达前，就在正校闵肯镐指挥下暴动，夺取兵器库的武器，杀死日寇和朝奸，与当地起义人民合流，组成了坚强的义兵部队，转战邻近各地。[213]

朝鲜的义兵运动就这样由于各地“解散军人”暴动的合流而进入一个新的时期。义兵的武装斗争，不论在其组织和装备上都更壮大充实。随着日帝奴役和掠夺的加紧，朝鲜广大爱国人民加深对日寇和卖国贼的愤怒，纷纷投入民族解放斗争的洪流，各地起义军民组织成一二百名乃至五六百名的武装部队，到处袭击日本宪兵派出所和邮政代办所，破坏日本人的电讯设备，对日军和亲日分子展开激烈的游击战争。

义兵运动再次发展为全国的斗争，从时间和地域看，如果暴动开始的1907年八九月间，活动还限于三八线以南以车岭山脉为中心的京畿、江原、忠清三道的边区，逐渐沿京釜铁路向东南发展，那么斗争的**时期即10月至11月间，整个朝鲜南部乃至北部的平安、咸镜等道直至鸭绿江沿岸，义兵已到处蜂起。

在邻接我国东北的咸镜道方面义兵以三水、甲山一带为中心，到1908年12月间，在洪范图领导下发展了广泛而顽强的游击战。洪范图是当地的贫农出身，当过猎人和矿工。这支部队与人民有密切的联系，他们白昼袭击甲山守备队和惠山警察署，给敌人以重大打击。他们又和平民出身的车道善、宋相凤、许瑾等人领导的义兵队联合，以机智而果敢的战斗，不断打败敌人的“讨伐队”。例如，一次在咸镜南道北青的厚峙岭迎击前来“讨伐”的敌军宫中部队，结果就将讨伐队全部歼灭，当时他们在义兵中获得了常胜部队的称号。

义兵运动的扩大与深入，逐渐威胁到日本帝国主义者在朝鲜的统治。义兵一见日寇就杀，到处破坏敌人的设施，亲日官僚和朝奸组织“一进会”的会员也常被杀掉，家产被没收。据估计，1907年9月到1908年8月的一年间，被义兵处死的一进会员达968名。义兵活动的地区，交通通信全被杜绝，一切行政陷于麻痹状态。如1907年10月26日的《皇城新闻》的记载说：“近日骚乱猖獗之地，悉成旷官[215]。税务、邮政、诉讼、教育等一切行政事务，难免停废，到处地方骚乱，不知胡底……中央政令不得通行于民地。（观察使、宣谕使等）层层催促郡守赴任，而事态之处理极为困难。”[216]

在这种情况下，日本帝国主义者也不得不通过朝鲜卖国内阁，不断“下诏”劝民，禁止“妄动”，派宣谕使到各道对朝鲜军民施行怀柔政策，企图消灭人民的反日活动，迫使义兵“归顺”。[217]但所有这些手段，都不能动摇义兵的斗争意志。