德川幕府末期社会的主要矛盾是农民和封建领主阶级的矛盾，这个矛盾的社会基础是商品经济发展和封建领主土地所有制间的矛盾。封建的幕藩领主土地所有制不仅严重地阻碍商品生产的发展，也阻碍农民和寄生地主获得土地的机会；另一方面商品货币经济日益瓦解着以自然经济为基础的农奴制度，促使幕藩统治阶级加紧封建剥削，逼得农民无法活下去。在欧美资本主义列强的侵略下，幕府进一步暴露出它的腐朽和反动面目，民族矛盾使日本社会各阶级间本来的矛盾更加紧张而复杂化起来。

首先，广大农民及城市贫民反对封建剥削压迫的斗争规模愈大，带有全民族的性格。这是德川封建体制下根本的阶级矛盾。农奴长期受超经济剥削，周期性饥馑疫疠迫使他们出卖田地妻女，堕胎杀婴乃至逃亡。幕末农政学者佐藤信渊曾指出农民破产离村，造成土地荒废，人口减少的现象。[34]开港后，农民生活更恶化，起义次数激增，万延、文久（1860—1863）4年间发生34件，元治、庆应（1864—1867）4年间激增到59件，[35]性质也从总百姓起义演变为改革世间起义，[36]这是以贫农为基础的反抗幕藩领主制、地主制、商业高利贷资本等剥削阶级的斗争。除了反封建外，还具有建立民主社会的目标。他们已不再上诉，而采取直接行动，捣毁地主豪农、豪商宅院，夺回抵押品，要求减免租役、自由贩卖农产品，主张平分土地财产，平等选举村吏。为了实现他们要求的目的，农民烧毁“检地账”（征收地租的账册），这是否定领主土地所有权的土地革命的表现。[37]斗争带着日本古来人民起义所具有的民主传统，如罢免村吏，驱逐代官，实行自治。城市贫民的捣毁运动，大部分是反对幕藩领主商人囤积粮食，投机涨价，加紧掠夺的抢米暴动。也有反对外侵的起义，如1861年对马岛农民、渔民武装抗击帝俄军舰侵略的同时，坚决反对企图妥协的藩主和幕府官吏，最后迫使俄舰接受英舰队要求而撤退。[38]

农民和城市贫民是德川社会最受压迫的阶层，是反封建剥削和反外国侵略斗争的主力，贫农在斗争中尤其表现得坚决，在某些起义中，由于贫农掌握了领导权，克服了中农层的动摇，取得了胜利。他们的斗争虽由于缺乏先进阶级的领导，带有一定的自发性，不能为革命运动指出正确的方向，队伍中包括了中农以上的富农、村吏层在内，领导权经常落在后者手中，[39]更没有将农村和城市的斗争严密统一地组织起来，尽管有这些缺点，但由于他们不断进行声势浩大的斗争，终使幕藩领主统治崩溃，赋予明治维新以革命的意义。

其次是富农、地主和工商业者（草莽志士）反幕藩领主制的斗争。富农（豪农）、豪商及寄生地主是商品货币经济发达下产生的新的社会阶层。如前所述，他们在经营农业的同时，一般还兼营农村中的商业高利贷和行庄制家庭手工业，这一阶层是明治维新中最值得注意的力量，他们代表着新生产方式的萌芽，在不少具体政策上同幕藩领主统治对立，具有反封建的倾向，但德川时代封建的小农经济和锁国政策，阻碍着资本主义的发展，使他们不能像英国圈地运动后的自耕农那样成为租地农业家或工业资本家。不论富农豪商或寄生地主，在幕藩领主经济下都具有二重性：一方面他们多兼为村吏，依附封建制度进行剥削，少数人还买得武士身份，或任藩吏，因而具有反动的性格，受农民的攻击；另一方面，他们的经营带有资本主义的性质，作为半封建的地主富农和产业资本家的前身，又具有变革的倾向。开港后各地的商品生产都受到刺激而发展，豪农豪商有的经营经济作物的栽培，有的经营制丝工业，[40]农村直接生产者中也有兼作商人的。[41]他们积累了财富，而幕藩领主实施国产物专卖，勾结特权商人垄断运输和贸易、压抑商品生产等政策，日益威胁他们的切身利益。他们本出身于百姓，身受领主制的剥削压迫，和农民有共同的利害，所以也和中世纪时的名主（富农兼村吏）一样，参加甚至领导了总百姓起义。尊王攘夷运动展开后，他们要求改革，为逃避中农以下贫雇农的攻击，并为着自己的政治目的，将农民起义的锋芒引向反对幕藩体制，和激进的武士、浪人一道，参加到政治斗争中去，成为所谓“草莽志士”。仔细研究一下幕末各地武士浪人发动的起义，都有豪农、豪商的背景。如关东方面，水户藩士1860年的樱田门事变，宇都宫及水户两藩士1862年的坂下门事变，水户天狗党1864年的筑波山起兵；关西方面，1863年尊攘派武士公卿在大和、生野的起义以及内战中各地农兵的参加讨幕，背后就都受着本藩豪农、豪商的支持。[42]东北越后各藩还有不少豪农、豪商的勤王派出资组织农兵，参加讨幕战争。[43]长藩方面，支援改革派建立农兵的下关贸易商白石正一郎，山田尻町的棉商冈本三右卫门，绸缎商秋本新藏等，都是豪农出身的大商人及村吏层。[44]他们在地方上和封建统治者勾结压榨农民，在维新运动中也不能避免农民的反对，因此大和、生野等反幕起义一旦失败，就都变为农民对村吏层的捣毁运动。[45]由于豪农这一地富、高利贷和商业资本家三位一体的阶级性，规定它在反封建领主制斗争中具有一定的积极性，他们和尊攘派武士的同盟，领导了农民起义转向尊攘倒幕；而当革命转向反对封建地主制时，就暴露出极大的动摇性和反动性。

最后，下级武士反对幕藩体制统治的斗争：和中世纪末期欧洲的骑士由于火药武器的改善、工业的进步及货币的需要而趋于灭亡一样，幕末日本的下级武士也成为日趋没落、走投无路的阶层，他们本来是封建社会的特权阶级，是幕藩体制的重要支柱，但当时日本的形势决定他们不能再向幕藩体制求出路，只能从社会制度的改造求生机，和德国的容克不同，德川时代的武士从来不直接支配土地，只是住在城市里领禄米。下级武士本来就受门阀制度的压抑，政治地位和经济收入都较低微。当商品经济日益瓦解封建社会的经济基础时，特别是开港后物价飞涨，幕府统治者不但无法救济贫困武士的生活，反用“半知”“减知”的办法，尅扣禄米，致使他们“恨主如恨敌”。[46]对旧社会深怀不满，武士只得靠典卖武器衣服，或和家属私下作点副业（如糊伞、糊灯及木屐加工）维持生计，一部分人转而依附豪商、寄生地主及城市町人阶级，[47]甚至脱离藩籍，成为浪人（如长州藩的吉田松阴等）或自由职业者。由于“士”在中世日本除了担当军务外，还是垄断学问的一个阶层，所以有不少武士浪人成为儒学、国学或洋学的学者，设塾授徒，培养出成批具有不同见解的年青一代藩士。这些人身份低，接近农民和工商业者，他们所处的职业地位，基本上已可不靠禄米生活，实际是向城市小资产阶级转化。他们吸收了较多的新知识，关心国内外大势，当发现幕府统治已不能挽救民族危亡和武士阶级前途日趋没落时，对封建领主制不但无所留恋，反要求学习西方迅速改革，因而站在“激进派”的立场，对幕藩领主制进行了果敢的斗争。随着开国后内外形势的复杂化，幕藩为适应新局面，不得不打破门阀限制，“登用人才”，在萨摩、长州、水户、土佐、肥前等藩，这些下级武士的一部分便被吸收到藩的改革事业中来。他们代表地方商人地主及富农的利益，反对过去改革中的保守路线，采取发展农民商品生产、创建洋式军队及企业的富强政策，同代表领主门阀的下层武士展开尖锐的斗争，逐渐获得地位。这些藩还任用了一些豪农、豪商出身的人，和下级武士一道发展为管理经济军事的近代官僚和技术家。他们的开明政策，改变了藩的贫困落后面貌，其中一部分先进分子，如越前藩的桥本左内，萨摩藩的五代友厚，已能超越藩的利益，公开批判幕藩体制的不合理，提出改造整个国家和社会制度的见解，成为维新前的改革派。

大体看来，明治维新时期是日本国内各阶级力量分化消长，迅速改组，展开激烈斗争的时期。以贫农为主导的农民和城市农民，反对封建和外国侵略，进行了坚决的革命斗争。以豪农豪商为主导的富农地主和地方工商业者要求占有土地，发展商品生产和自由贸易，反对领主土地所有制和幕藩限制束缚生产力的各种政策。由于他们所处的剥削阶级地位，使他们在革命中不但不能和农民结成同盟，并且害怕革命会损害自己的利益，只求在不根本改变封建制度下发展资本主义。但在农民反对豪农村吏层的斗争下，他们为逃避农民攻击，和尊攘派武士结成同盟，反而领导了农民起义转向倒幕，以达自己的目的。以下级武士为主导的武士、乡士、浪人和下级公卿，他们在幕末的身份地位最不稳定，大部分走向没落。由于他们在旧社会中长期处在寄生的地位，既不能从事生产，又不甘心放弃统治者的特权，却在生活实践中体验到国内外形势下，不改革就无出路，因此都有变革旧社会的要求。但由于所处条件和思想倾向不同，少数人参加到农民反封建革命的行列里去；属于幕府和亲藩、内藩的武士，除水户等藩外，多数仍企图不触动幕藩领主的统治而进行一些局部改革。在西南强藩中，除一部分倾向公武全体外，大部分则具有较激进的思想，他们在藩内外的斗争中锻炼成长，逐步由藩的改革派中分化出来，代表豪农商人的利益，并和后者结成了政治同盟，走向全面改革和建立民族国家的道路，成为明治维新的领导者。

以上只是幕末日本国内阶级斗争的几个主要方面，这些斗争如何转化并集中为明治维新这一全国性的革命运动，则必须对安政开国后日本国内外形势的变化和革命与反革命双方阶级力量对比的变化做进一步的分析。