萨长两藩为争夺全国政局的领导，曾存在尖锐矛盾。后来形势改变，两藩处境和认识渐趋一致，因而采取了相似的内外政策，关系逐步接近。在第一次征长战争时，担任幕军征长参谋的西乡隆盛，对幕府持异议，力主撤回征长军，从轻处理长州藩，迈开了萨长接近的第一步。1865年1月，萨长为对抗幕府独占外贸，恢复了中断的两藩贸易，联合对抗幕府。在加强萨长合作方面，发挥重大作用的是土佐藩的倒幕派坂本龙马[337]和中冈慎太郎[338]。经两人斡旋，1866年1月，长州的木户孝允和萨摩的西乡隆盛、小松带刀，在京都达成缔结萨长军事同盟条约六条。密约规定在幕府第二次征讨长州时，萨藩要协助长藩，并共同举兵反幕。[339]

这时全国各地农民为反对再次征长纷纷起义，各大城市捣毁运动高涨。7月萨摩藩主岛津忠义用父亲久光名义，向关白递呈长文意见书，要求处长藩以宽典，迅息兵端，以缓争乱纷崩之局。还提出秉“公议正论”，“变革政体”，加强军备，以成“中兴大业”等意见。[340]自此，萨长联系依靠坂本龙马“社中”的活动，从萨摩购运武器接济长藩，又从长州购运粮食接济萨藩，两藩所需武器都由英方提供。11月，木户孝允和萨摩的五代友厚，又经坂本斡旋，在下关签订《商社会谈议定书》，建立了萨长经济同盟。[341]田中彰指出，萨长两藩以萨摩、长崎、下关为中心（可扩大到大阪）的西南日本贸易圈，有切断幕府支配的国内商业网，形成全国性市场的企图。[342]倒幕派在政治军事联合的基础上，又增强了经济的结合，由此形成了以萨长同盟为核心的举国讨幕的局面。