“8月18日政变”和以后一系列事件证实了久坂玄瑞在1862年的预言——“诸侯不足恃，公家不足恃”[320]，使尊攘派认识到，依赖保守庸愚的天皇攘夷是不行的。尤其在同殖民主义者直接交锋后，更了解到不根本推翻腐朽的幕藩体制，摆脱封建束缚，发展先进科学技术，建立富强的近代民族国家，绝不能克服民族危机，只有倒幕才是挽救日本的先决条件。以后，尊攘派以中国在鸦片战争后，因积弱而被列强宰割作为教训，决定奋起自强。自强首先要振兴工商业，实行开国，扩大对外贸易，以集中政治军事资金。支持尊攘派的西南豪农富商在开港后企图发展独立自主的经济，也要求放弃盲目排外政策。在此以前，尊攘派为攘夷而尊王，攘夷是中心口号。到了此时，根本战略应由攘夷转为倒幕，并为倒幕而要求开国，于是放弃了攘夷论。就这样，尊攘派变成了倒幕派。这是幕末政治斗争形势的第二次转变。

随着人民反封建斗争的高涨，倒幕派下级武士在包括地主富商等阶层的革新势力中树立了更坚实的领导权。他们已不再仅仅依靠“草莽崛起”，而致力于依托西南各藩的“割据富强”，壮大倒幕实力。

倒幕派首先控制了长州藩，和上层豪农商结成同盟，通过他们，动员群众，组织到人民武装（诸队）中来。1864年12月，高杉晋作等潜返下关，指挥伊藤博文等率领的诸队，发动了夺取藩保守派权力的内战。濑户内海沿岸的豪农商支持新军的斗争，抵制保守派解散诸队的命令。小郡农兵队创建者豪商秋本新藏鼓励高杉晋作和兼重让藏说：“假若你们的部下不能取胜，新藏就发动农民起义，来恢复国家（指藩），无论出现任何事情，请兼重先生都不必顾及。”[321]像这样的草莽志士（豪农商、村长、教师、僧侣、神官等）在各地发挥了很大的宣传动员作用。他们牺牲一切，为爱国倒幕组织各种民兵队，参加到新军里来。庆应元年（1865）2月，倒幕派获胜，重掌长州藩权力。

高杉晋作和木户孝允进行“割据富强”的改革。他们录用农村医生出身精通西方军事的大村益次郎（1824—1869）改革军制：一律更换新兵器；解散旧式军队，编成近代步炮兵，大名和藩士的家臣兵卒都脱籍参加；解除主从关系，更吸收农商出身青年，受新式军事训练；“奇兵队”等则作为新军基干，全部纳入藩政府控制下。另一方面，藩厅为防范群众，又组织以“世禄之士”为中心的“干城队”，并禁止组织新的农兵队，[322]显示倒幕派武士的局限性。在改革军制的同时，从1865年10月起，藩政府新建了造船、冶铁、炼油等藩营手工业工场。[323]早在1864年下关战争失败后，长州舆论已倾向“开国”。实行军事改革和增强军备，需要大量输入西洋武器，于是扩大商品经济和对外贸易。长州和一些外商不顾幕府禁令，进行下关至上海的秘密贸易。[324]在此期间，长州藩与英国逐渐接近。长州藩的“庆应改革”，形式上仍像过去的藩政改革，但实际上已包含了否定幕藩体制原则，积蓄倒幕的物质力量，预示以后明治政府采取的方向。