就在“安政条约”签订的时候，幕府中以德川齐昭、松平庆永、岛津齐彬为盟主的改革派强藩诸侯武士，和以彦根藩主井伊直弼（1815—1860）为首的专制保守派诸侯武士（德川家臣、大名）间的斗争，围绕将军继承问题日趋尖锐化。由于将军家定病弱无子，改革派推选前水户藩主德川齐昭之子庆喜（1837—1913）为继承人。保守派则拥立纪伊藩主德川家茂。改革派利用外交问题鼓吹攘夷锁国论，攻击幕府当权保守派的妥协无能。1857年阿部正弘死，堀田正睦对缔结条约不敢负全责，于1858年1月进京奏请天皇批准。但皇室倾向改革派，堀田没有得到敕许而归。4月，保守派为维护幕府独裁，由井伊直弼出任大老，不顾皇室和各藩主的意志，推举德川家茂为将军。6月，幕府断然批准了《日美修好通商条约》。于是改革派大愤，齐昭和德川庆胜、庆喜、松平庆永指斥直弼不待敕许擅自签约是违敕。直弼答复：如与英、法开战，必蹈清朝覆辙。朝廷了解这种详情后，自会体谅允许签订，否认有违敕之理。7月，直弼乘将军家定病危，逼他下令对齐昭、庆胜、庆永及庆喜，作了严厉处分。10月25日德川家茂正式为将军。

以外交和继嗣问题为转机，天皇地位提高了。幕藩对立两派都派人到朝廷争取支持本派。各藩武士、浪人也聚集京都，要求朝廷抑制幕府的独断专行。但直弼一派坚决抗拒皇室利于改革派的措施，诬告齐昭为私利拥立庆喜，密通外夷，阴谋内乱。老中间部诠胜借口“公卿惑上”，于安政六年至七年（1858—1859），对改革派公卿、家臣及在京都的武士浪人实行大镇压，捕40余人，押送江户。同时在江户及其他地方也搜捕多人。审讯结果，于1859年8月判处志士桥本左内（松平庆永信赖的开明藩士）、吉田松阴（长州藩改革派领导者）、水户藩士茅根伊予之介、鹈饲吉左卫门及文学家赖三树三郎[294]斩首罪，水户藩士鹈饲幸吉枭首示众，同藩藩士安岛带刀切腹。其他皇室公卿、家臣、武士、儒者、藩士、处士等多人各处流刑、徒刑。萨摩藩士西乡隆盛被逐，投水自杀未成，也被流放。知名浪士梅田云滨等死于狱中。朝廷方面，逼令公卿4人引咎辞退，并幽禁4人。改革派诸侯齐昭、庆笃、庆喜、山内丰信，幕府高官太田资始、堀田正睦、松平忠固、间部诠胜、岩濑忠胜、川路圣谟等都被处禁闭、免取、削禄、左迁。此外连坐者百余人。由此保守派肃清了全部政敌。这一“安政大狱”是日本封建末期空前的恐怖专政。幕府迫害大批有为之士，加速了自己的崩溃。井伊直弼于第二年（万延元年，1860）3月3日在樱田门被水户、萨摩两藩士刺死。11月，天皇下大赦令，赦免了大狱中幸存的受难者。[295]