商品货币经济侵蚀农村，不但引起农民生活的变化，而且由于贡租苛重，商人高利贷兼并土地，寄生地主制发展，农民的土地经营愈加零细化，贫困农民不断沦为佃农、雇农，享保年间（1716—1735）佃农已达农村人口的一半。[209]幕藩为克服财政困难，继续铸造劣币，滥发不兑现的“藩札”；对农村提高年贡额，并丈量土地，增加固定产额的租率。他们向农民提前一年征收年贡（“前纳”）甚至提前征收第三年的年贡（“前前纳”），加重剥削。地主对富农则征收“用金”（摊派）。

17、18世纪间（元禄、享保期），典地农民日多，本百姓为不再失地，要求领主减少剥削，到处发生斗争。他们结合在农村共同体之下，要求领主减少年贡课役。幕藩规定农村有控诉事件须由村长逐级上告，但地方官总不理会，最后往往只得由担任村吏的自耕农带领群众或代表全村人民越级控诉。这种斗争形式称为“代表越级请愿”。[210]17世纪中叶，松木长操和佐仓宗吾领导的农民斗争即其著例。松木是若狭（今福井县西部）地方一个16岁的庄屋（村长），1640年他代表本村农民反对增征大豆为年贡，向藩厅请愿。他英勇不屈，坚持斗争12年，最后在临刑前仍鼓励人民群众斗争到底。[211]还有，至今日本人民中仍有口皆碑的佐仓宗吾的传说，也反映了当时农民斗争的情况。约17世纪中期，下总（今千叶县）佐仓藩上岩桥村农民，本名木内惣（总）五郎，通称佐仓宗吾，代表200余村农民向幕府执政拦轿控诉领主堀田横征暴敛，要求减轻负担。无效，宗吾一人向将军直诉，终被接受，但宗吾夫妇和4个儿子都被处死。据说宗吾被缚上刑架时，还怒斥领主。日本文学史上留下很多歌颂宗吾的作品，如《地藏堂通夜物语》《花雪佐仓曙》等，为游方僧所咏唱或上演于歌舞伎中。此外还有《宗吾郎实录》《佐仓义民传》等史料传世。

这一时期普遍存在的农民逃散和强诉，主要是提出经济要求，但当强诉无效时便实行暴力——起义。据统计，德川时代的农民起义，1599至1867年的270多年间，约有1240次，[212]其中1052次发生在18世纪以后，中间有3次**，即享保（1716—1735）、天明（1781—1788）和天保（1830—1843）年间的起义，分别为90次、114次、157次。