与农民运动相呼应，城市中兴起的市民运动，则成为冲击幕藩制的另一支力量。幕藩领主通过货币改革、垄断和专卖特产品、强制商人捐献等方式，压榨城市市民。而大商人则通过收买官吏、囤积货物、操纵物价等手段，把负担转嫁给占城市人口三分之二的、被称为“租房户”或“租地户”的下层市民，即临时工、手工工匠、仆役和小商贩等。尤其当荒年米价暴涨时，下层市民的生活就更难维持，城市市民与幕藩领主及与其相勾结的特权大商人的矛盾愈演愈烈。早在延宝三年（1675）4月，江户市民就向町奉行所展开了请愿斗争，提出“因米价上涨无法生活，要求借米”，迫使町奉行所允诺借米4万俵。[213]正德三年（1713）6月，江户市民又向町奉行所提出申诉，要求采取措施降低米价，并制止奸商囤积。享保十七年（1732），发生“享保大饥馑”，江户米价暴涨，而与幕府勾结的米商高间传兵卫却囤积米谷，高价出售。江户市民要求幕府增加拨给江户的米量，取消由特定的批发商垄断稻米贩卖的办法，但未被采纳。享保十八年（1733）1月26日夜，不愿坐以待毙的2000余下层市民，高呼“拿米来！”“不许囤积！”等口号，冲进高间传兵卫的住宅和仓库，捣毁财物，撕碎账簿。在幕府将军身边发生如此大规模的群众斗争，终于迫使政府在3天后下令准许稻米自由买卖，满足了市民的要求。[214]

不断高涨的农民、市民运动，出现联合斗争的趋势。元文三年（1738）12月16日，但马藩生野银矿，1000余矿工及家属起义，反对官吏与奸商勾结，减少矿工收入。但马全藩农民也于12月28日武装起义。幕府慌忙调集12个藩的军队前往镇压。因史料所限，虽未发现矿工与农民直接联系的事实，但它预示了两者联合斗争势头的不可避免。

德川中期后，农民起义的锋芒除直指幕藩领主外，也指向了“名主”或“庄屋”等村吏和地主富商。这说明商品经济发展，推进了农村阶级分化，贫苦农民身受领主、地主、商业高利贷资本的重重压榨。幕藩领主则依靠大商人和地主镇压城乡贫苦大众的斗争。市民与农民的斗争呼应，共同冲击着幕藩体制，使日本封建社会在18世纪晚期逐渐走向崩溃。