由于商品作物的增加，以及部分贡租改由货币交纳和购买肥料的需要，商品货币经济在生产和消费两方面逐渐渗入农民生活，侵蚀农村的自然经济。荻生徂徕（1666—1728）在《政谈》中说：“过去，各地除特殊情况用钱之外，买东西都不用钱，而用米麦……听说近来，从元禄（1688—1703）时起，乡下也用钱买东西了。”[153]18世纪20年代，仙台藩耕种一町步的农户，全年支出33贯589文中，货币支出为20贯936文，其中14贯919文是生活费支出。[154]

农村被卷入商品货币经济后，封建的自然经济进一步瓦解，加速了本百姓的两极分化。一部分富裕农民在“荒年农民艰苦之时，以低价购置良田、山林房屋等……而此类富有之民，五十家、百家之中即有一二家”。[155]他们多半发展为兼有地主、村吏、商人三重身份的“豪农”，向农民放高利贷，将当绝的田地再佃给农民，收取佃租，成为典地地主。于是在领主土地所有制下，产生了典地佃耕（质地小作）关系。[156]破产农民一部分流入城市，大部分沦为“水吞”、“小前”（无地贫农、佃农及雇农），身受领主和地主的双重剥削。马克思说：“高利贷有两重作用，第一，总的说来，它同商人财产并列，形成独立的货币财产；第二，它把劳动条件占为己有，也就是说，使旧劳动条件的所有者破产，因此它对形成产业资本的前提是一个有力的杠杆。”[157]在日本则不同，封建势力强大，压制生产自由。又由于长期锁国，对外贸易备受限制，商业高利贷资本不能向工业资本发展，唯有凭借幕藩领主权力，经营实物年贡的买卖，保证领主的贡赋和家臣武士的消费，在此基础上剥削农民、手工业者乃至武士们。所以这种寄生于领主经济上的商人，宁愿保留封建制，阻碍生产方式瓦解。如上所述，幕府为维持封建小农经济，以确保收入来源，虽颁布禁止买卖土地永为私有的法令，但贫苦农民迫于生计，仍不能不典当土地、向富者借高利贷，一旦当绝，就沦为佃农，所以典当实无异买卖。武阳隐士的《世事见闻录》写道：“当今贫富不均优劣差异如此之甚，富裕者一人，其周围贫苦农民达二三十人。”到17世纪末，在近畿种棉地区，佃户已占自耕农的一半。1702年，在尾张藩（今爱知县）的尾浓江领地，120189家农户中，有土地的是90048户，没有土地的是28041户。[158]

商品经济的发展，促进农村手工业的发展。贫苦农民仅靠土地收入难以生活，必须靠出售家庭手工业产品，增加货币收入，才能度日。农民的家庭手工业渐渐被卷入商品流通中。到18世纪初，手工业的社会分工日趋完备，商品经济更加发达，自然经济在开始瓦解。

总之，18世纪中期以前，在闭关自守和强力的封建束缚下，商品生产在各地发展。元禄、享保年间（1688—1735），农村阶级关系在迅速分化。但从全国范围看，商品经济的发展是不平衡的，而且尚未达到对封建体制发生重大破坏的程度。[159]