德川幕府的对外政策由积极的贸易开放转变为闭关锁国，主要基于两方面的原因。首先是天主教问题，这涉及从思想意识直至政治和国防的重大关系，必须加以禁绝，包括断绝日本和海外的交通，已如上述。其次是贸易统制问题，这关系到幕藩封建统治的基础。对外贸易发达必然促进国内工商业繁荣，从而破坏自给自足的领主经济。加以西南诸侯和豪商经营外贸日趋富强，也威胁幕府安全，因此必须统制外贸。幕府为保证其封建剥削体系，必须在小农经营的条件下，榨取实物地租，通过货币经济，促进农业的再生产。幕府于1630年起积极建设三都（京都、江户、大阪），扶植特权商人，奖励各地商业性国产物的生产，使三都起中央市场的作用，[107]由此控制了全国经济。与此同时，开始实行全面锁国，逐步限制并独占了对外贸易。

幕府的锁国政策是逐步展开的。如上所述，1616年即所谓元和二年禁令只是禁止外船（除明船外）在平户、长崎两港以外靠岸。1620年，禁日人搭乘外船航海及输出武器；1622年屠杀外籍及日本教士后，次年驱逐葡人出境；1624年禁止西班牙人来日通商。宽永十、十一年（1633—1634），幕府发布第一、第二两次锁国令，实行“奉书船”[108]制度。规定除持有特许证的船外，严禁日人日船出国。同时，严格统制外贸，外船来日本，立刻受监视，限期交易，到期离境，丝价由长崎确定（其他商品按生丝标准定价），禁止官吏直接购买外货，还严令拘捕西、葡籍（南蛮人）教士，规定告发教士者的奖励办法。结果朱印船贸易只为幕府特许商角仓、茶屋（京都）、末吉（大阪）、三浦按针等七家独占。生丝特许证制由堺、长崎、京都及江户、大阪的商人加强了统制。宽永十二年（1635）发布第三次锁国令，禁止包括特许船在内一切日船驶往海外，侨外日人归国者，不问理由一律处死。宽永十三年（1636）发布第四次锁国令，除第一次禁令内容外，又增加了西、葡人在长崎所生子女及收留或匿救这些混血儿童的人一律处死的罚则，以及加强搜捕外籍教士的规定。这样，随着禁教而加强的外贸统制逐步严厉，经过岛原起义的镇压，最后完成了德川锁国的体制。锁国体制的成立意味着国家垄断海外贸易关系的形成，它和日本对朝鲜、琉球、阿伊努（北海道）的华夷秩序建立一起，成为幕藩体制国际关系的准则。