元和二年（1616）4月，德川家康死，他在死前消灭了丰臣遗族一家。8月，幕府对各诸侯颁发了所谓“元和二年禁教令”，要全国上下直到农民，铲除教会、严禁信教，除明船外，信教的外国商船一律只限在平户、长崎两地经商。荷英两国人则不准在内地经商、居住。这一命令把禁教和统制外贸结合起来，已经显露了锁国的开始。幕府所以在这时加强禁教，无非为防止家康死后可能发生的内乱，以“耶稣为夷狄之邪法”作借口，威胁各地诸侯彻底归顺“神国”日本的将军秀忠。幕府这一禁令，使禁教进入一新阶段，对教会的迫害扩大到一般教徒身上。规定窝藏教士的人，火刑处死，没收家产。由五人组作连环保。于是九州地方不少教徒乃至暗中支持他们的人陆续被捕杀。1620年，一艘从马尼拉回日本的朱印船被英荷商船队在台湾海峡捕获，报告了幕府，船上载有两名西班牙籍教士，连同船长日人平山被百般拷问，两年后（1622）在长崎受火刑，船员12名被斩首。事后不到一个月，幕府又在长崎集体屠杀外国教士。日本教徒及被牵连的朝鲜人、中国人55人，世称“大殉教”。[105]

各地诸侯为保全身份地位，都对教徒进行迫害。估计从元和五年（1619）到宽永十二年（1635），被处刑的日本教徒为数约达28万人。刑罚极其残忍，结果大部教徒被迫改宗。但仍有一部分坚持信仰，参加称为“组”、“讲”及“众会”等秘密的信教组织。这些教徒被捕处刑时，还迷信“抵抗而被杀就不算殉教”的教条，毫不抵抗地死去。由此幕府更加感到天主教的危险，宽永五年（1628）起，越发加强禁教，甚至实施“踏绘”[106]的办法。但迫害愈厉害，反抗力量也愈大，不久就在长崎地区爆发了大规模的岛原起义。